Штурм крепости был отложен. По приказу Пугачева восставшие вышли из города через Арское поле, остановились в 7 верстах от Казани, у села Царицына, где и встретили правительственные войска. Разыгралось кровопролитное сражение. Упорство и отвага восставших вначале поколебали ряды карателей, но в конечном итоге хорошо вооруженные царские войска, имеющие большой военный опыт, взяли верх. Бои под Казанью продолжались 13 и 15 июля. Но силы были неравны. Правительственные войска были хорошо вооружены и имели опытных военачальников. В армии Пугачева только часть заводских крестьян, казаков ~ и башкир имели ружья, а большинство были вооружены пиками, саблями и дубинами. Кроме того, у восставших не было воинской дисциплины, так как их армия росла так быстро, что Пугачев не имел времени заняться обучением крестьян, тем более, что его преследовали отряды правительственных войск.

Потери восставших были очень велики. Пугачевцы потеряли убитыми и пленными свыше 7000 человек. В плен попали Иван Белобородов и Федор Минеев.

После поражения под Казанью Пугачев двинулся по Волге.

Начался третий, последний этап крестьянской войны.

«Пугачев бежал, но бегство его казалось нашествием» (А. С. Пушкин). 18 июля остатки Главной армии переправились через Волгу. Теперь в войске «Третьего императора» оставалось мало горнозаводских и прочих «работных людей» и «заводских мужиков», еще меньше башкир и калмыков. Только яицкие, илецкие и прочие казаки составляли по-прежнему ядро Главной армии и занимали в ней командные должности. Идя через крестьянский край на правобережной Волге, войско Пугачева пополнялось за счет крестьян: русских, татар, чувашей, мордвы, кое-как вооруженных и совсем не знавших военного дела. На смену полкам Главной армии первого периода крестьянской войны приходили крестьянские отряды бесчисленных «пугачей». Кроме того, преследуемый по пятам регулярными войсками, Пугачев шел так стремительно, что вскоре он вынужден был отказать в приеме в войска всем пешим, а об организации войска нечего было и думать.

После поражения под Казанью казаки говорили Пугачеву, что «время вам идти в Москву принять престол!». Пугачев отвечал: «Нет, детушки, нельзя! Потерпите! А когда будет, так и я сам без вашего зову пойду. Но я-де теперь намерен идти на Дон, — меня там некоторые знают и примут с радостью». И Пугачев двинулся на юг, на Дон, к казакам, оставляя за собой горящие дворянские усадьбы, мятежные села и деревни.

19 июля Пугачев обратился к народу с манифестом, в котором жаловал всех крестьян вольностью и свободой и «вечно казаками», землями и угодьями, освобождал от рекрутской повинности и каких-либо налогов и податей, призывал расправляться с дворянами и обещал «тишину и спокойную жизнь». В этом манифесте наиболее ярко отразился крестьянский идеал — земля и воля.

Все Поволжье полыхало пожарищем крестьянской войны. Всюду действовали отряды восставших крестьян: русских, чувашей, татар, мордвы. Они создавались и развивали свои боевые действия вне связи с Главным войском Пугачева, по инициативе самих крестьян и поводом к их выступлению часто являлась лишь весть о том, что идет «государь Петр Федорович», несущий крестьянам волю.

В ряде мест восстание поднимали полковники и атаманы Пугачева. Среди предводителей многочисленных отрядов «пугачей» отличались своими энергичными действиями беглый солдат Илья Аристов, донской казак Александр Суходольский, украинские казаки Гузенко и Каменский, русские Петр Евсевьев (Евстигнеев), Фирс Иванов, Марк Петров, Иван Иванов, Федор Чумаков, Иван Родионов и другие. 20 июля колокольным звоном встретил Пугачева Курмыш, через три дня Алатырь, 27 июля Саранск, 1 августа Пенза, 5 августа Петровск. Пугачеву оказывали всяческие почести, а он раздавал соль и деньги, освобождал заключенных, конфисковывал имущество дворян и, сидя в кресле, под охраной казаков с топорами и булавами творил суд и расправу над помещиками и чиновниками. Уходя, Пугачев забирал с собой «охочих» и «набранных», пушки, порох, ядра.

Перешел на сторону Пугачева отряд его земляков — донских казаков, а под Саратовом — часть поселенных здесь колонистов — главным образом немцев («саксонов»), швейцарцев, шведов.

Из Петровска Главное войско Пугачева двинулось на Саратов — крупный торговый город Поволжья с населением не менее 7000 человек. Комендант города полковник Бошняк имел 15 пушек и около 800 человек солдат и офицеров. Это была серьезная сила, но в самом Саратове население ожидало Пугачева. Украинские казаки из Покровской слободы, расположенной на правом берегу Волги у Саратова, саратовские казаки, работные люди уходили к Пугачеву. Поднимали восстание окрестные крестьяне. Крестьянская война докатилась до стен Саратова. По приказу Бошняка лихорадочно возводились укрепления, устанавливались артиллерийские орудия.

6 августа трехтысячное войско Пугачева с 20 пушками подошло к городу. Желая избежать кровопролития, Пугачев отправил Бошняку указ с предложением не оказывать сопротивления, но Бошняк разорвал указ. Та же участь постигла и второй указ Пугачева. Между тем пугачевцы установили пушки на Соколовой горе. Здесь же находился и сам Пугачев. Он ждал ответа на свое второе письмо. С горы он видел, что гарнизонные войска готовились к бою, а жители хотя и были все на валу, но не двигались с места. Поскольку ответа на манифест не было, Пугачев приказал стрелять. На валу началось движение: народ повалил в город, а конные купцы — к Пугачеву. Саратовские войска не двигались. С их стороны раздалось лишь несколько ответных выстрелов. Пугачев приказал А. Овчинникову перейти Глебучев овраг, чтобы поставить пушки как можно ближе к противнику. Затем ударили пушки из пугачевского обоза. После канонады пугачевские казаки пошли в атаку. Бошняк подпустил их на пушечный выстрел и затем приказал поручику Буданову стрелять из мортиры. Но Буданов, умышленно сделав выстрел малым зарядом, заклепал мортиру и ушел к Пугачеву. Однако и этот выстрел заставил пугачевских казаков изменить свое направление и выйти на Симбирскую дорогу. В этот момент пошла в атаку пугачевская пехота. Атака решила все дело: саратовские солдаты и фузелеры во главе с офицерами перебежали на сторону повстанцев. Пугачевцы ворвались в город через ворота, открытые им солдатами, и рассыпались по улицам. Остатки войска во главе с Бошняком ушли по Волге в Царицын.

К 7 часам вечера 6 августа войско восставших овладело всем городом, однако Пугачев не остался в нем, а вывел свое войско в открытое поле за Соколовой горой. В Саратове Пугачев «творил суд» над дворянами, раздавал населению соль, муку, овес. И вновь к Пугачеву потянулись крестьяне, казаки, работные люди окрестных мест. Главное войско восставших выросло на несколько тысяч человек. 580 человек привел атаман Тимофеев, 900 украинских казаков — Гузенко. Десятки повстанческих крестьянских отрядов долгое время действовали в Саратовском крае даже после того, как Пугачев ушел из Саратова. В состав Главной армии Пугачева влилось до 1500 крестьян Малыковской волости, сравнительно хорошо вооруженных и имевших лошадей. Посадив до тысячи повстанцев на суда, снабженные пушками, Пугачев с остальным войском по берегу Волги двинулся на юг.

11 августа Главная армия вступила в Дмитровск (Камышин), где к ней присоединились поселенные здесь украинцы и волжские казаки. Пугачев поднял против властей часть волжских калмыков. Через день на реке Пролейке пугачевцы разбили правительственные войска. Это была последняя победа восставших.

21 августа Главная армия подошла к Царицыну. Пугачев вел-переговоры с донцами, стремясь убедить их перейти на его сторону. Казаки колебались, а тут еще один из них крикнул: «Здорово, Емельян Иванович!» «И сын его здеся!» — сразу же нашелся Пугачев. Овладеть Царицыным не удалось, а 24 августа у Сальниковой ватаги, близ Черного Яра, Главная армия Пугачева потерпела жестокое и последнее поражение.

К чему же стремился восставший трудовой люд? О чем мечтало мятежное крестьянство? К чему призывал его Емельян Иванович Пугачев?