Предводитель крестьянской войны, подлинный вождь мятежного крестьянства, он был и оставался казаком. Он бился не на жизнь, а на смерть за народ, за «всю чернь бедную», но в бою ценил не столько плохо вооруженное и не умеющее сражаться крестьянство, сколько казачество. Вот почему на следствии Пугачев говорил, что он имел людей «сколько для меня потребно, только люд нерегулярный». Когда он потерпел поражение под Татищевой крепостью, то оставил при себе казаков, а «оставшейся же толпе… большей частью из мужиков» сказал, «чтоб они убирались кто куда хочет». В этом сказалось отношение казаков к крестьянству. Казаки были плотью от плоти крестьянства, но они прошли суровую школу полной опасностей жизни и создали свою военную организацию. Это и дало им основание смотреть свысока на вооруженного топором, копьем, дубиной крестьянина. В устном творчестве яицких казаков это нашло отражение в рассказе о том, что под конец восстания у Пугачева была большая рать «да все из крестьян — что толку-то? С такой ратью ничего не поделаешь, хотя бы и совсем ее не было», ибо «российский народ не воин».

Пугачев на следствии подчеркнул, что к тому времени «надежных в его полке», т. е. яицких казаков, оставалось мало, а остальные «оробеют и разбегутся». Пугачев ошибся — выдали его именно яицкие казаки, а не «мужики», — последних в его войске уже не было.

Пугачев обладал живым и веселым характером. Любил шутку, крепкое словцо, песню. Предание говорит, что Устинья Кузнецова тем и остановила на себе выбор Пугачева, что сложила о нем песню, которую и исполнила на смотринах. «Песня была такая жалостная, все насчет него, как он страдал за правду и как бог незримо за добро его навел на добрых людей, которые рады жизни свои за него положить». Народное предание говорит о том, что Пугачев будто бы очень любил песню:

Среди пугачевцев была популярна песня-поговорка:

«Яицкие казаки певали песню», составленную ими в честь Пугачева, величая его «государем». Любил Пугачев и музыку и часто слушал игру на скрипке.

Пугачев умел говорить хорошо, живо и убедительно, пересыпая речь поговорками. Говорил он на наречии донских казаков: «робята», «здеся», «сюды», «откель ты?», «погоди трохи» и т. д. Пугачев легко и быстро возбуждался, был вспыльчив и отходчив, обладал живым умом, склонным к фантазиям, которым он сам начинал верить.

Человек, которому дворянство приписывало все смертные грехи, именуя его «тигром», «извергом», «ехидной», «бунтовщиком», «разбойником», «кровопийцей» и т. п., на самом деле был не только не жесток, но, наоборот, добр и отзывчив и своим заступничеством спас жизнь многим людям из враждебного лагеря. Он избегал ненужного кровопролития, рассылая повсюду свои манифесты и указы, «увещевая» губернаторов и комендантов крепостей, генералов и офицеров, чиновные власти и духовенство «добровольно приклониться» ему. Если так и происходило, он не только не трогал ни офицеров, ни чиновников, но «жаловал» их и зачислял себе «в службу». Герой «Капитанской дочки» А. С. Пушкина Гринев явился литературным двойником многих дворян-офицеров. Только под конец крестьянской войны, видя террор и жестокость царских властей, он ожесточился сам.

Власти подсылали к нему людей, которые должны были захватить или убить его. Пугачев не только простил Хлопушу и Перфильева, чистосердечно все рассказавших, но и сделал их полковниками в своем войске.

Пугачев обладал завидной физической силой, здоровьем и выносливостью. Он мог по двое суток не сходить с седла, стойко переносить холод и жару, голод и жажду. Ходил он легко и быстро. Любил лошадей и хорошую конскую сбрую. Одевая на себя дорогое платье, делал это отнюдь не из щегольства, но прежде всего потому, что «императору» не пригоже было ходить в простом, обычном казачьем одеянии.

До нас дошло много портретов Пугачева, написанных с натуры современниками, и много описаний его наружности. Паспорт, выданный Емельяну Пугачеву в августе 1772 г. на Добринском форпосте, так характеризует внешний облик Пугачева: «Росту два аршина четыре вершка с половиной… волосы на голове темно-русые и борода черная с сединой, от золотухи на левом виску шрам…» Первая жена Пугачева Софья Дмитриевна Недюжева о наружности своего мужа на следствии говорила следующее: «Росту среднего, долголиц и сухощав, волосы на голове русые, а борода черная, с проседью, клином, глаза карие…» По показанию одного из соратников Пугачева Максима Шигаева, Пугачев был «среднего росту, лицом продолговат, смугл, глаза карие, волосы темно-русые, пострижены по-казацки. Борода черная, с сединою, плечист, но в животе тонок». Стройную фигуру Пугачева подметил и корнет Пустовалов: «В плечах хотя и широк, но в пояснице очень тонок, лицо имеет смуглое, но чистое, глаза острые…» По рассказам пугачевца Верхоланцева, Пугачев был «среднего росту, корпусной, в плечах широк, смугловат, борода окладистая, глаза черные, большие». Уральская казачка, видавшая Пугачева, рассказывала: «Как теперь на него гляжу: мужик был плотный, здоровенный, плечистый, борода русая, окладистая, ростом не больно высок и не мал». Некоторые люди, знавшие Пугачева, к этому согласному описанию его наружности добавляют, что у него «лицо… смуглое и сухощавое, нос горбом… левый глаз щурит и часто им мигает».

А. С. Пушкин, ездивший на Урал собирать пугачевский фольклор, много общавшийся с казаками и казачками, знавшими и видевшими Пугачева, в «Капитанской дочке» со слов очевидцев грозных событий крестьянской войны дал такое описание Пугачева: «Он был лет сорока, росту среднего, худощав и широкоплеч. В черной бороде его показывалась проседь; живые большие глаза так и бегали. Лицо его имело выражение довольно приятное, но плутовское. Волосы были острижены в кружок…» Когда П. И. Чайковский хотел написать музыку к задуманной им опере «Капитанская дочка», он опасался вмешательства цензуры, ибо писать по Пушкину, давшему объективную и благожелательную характеристику Пугачеву, это означало вывести Пугачева «удивительно симпатичным…»

В 17 верстах от Черного Яра с двумя сотнями яицких казаков, с первой женой и сыном (дочери попали в плен) Пугачев вплавь переправился на степной левый берег Волги. Он не пал духом и предлагал казакам уйти к терским или запорожским казакам, к калмыкам, в Сибирь или за море «подымать орды» и продолжать борьбу. Казаки наотрез отказывались, заявляя, что в чужие земли не пойдут и звали на Яик, где оставались их семьи и дома. Среди казаков зрел заговор. Душой заговора являлись Творогов, Чумаков, Железное, Федульев, Бурнов. Они совсем не думали о простом народе и «чернь содержали в презрении». Их мечты стать «первым сословием в государстве» развеялись, как дым. Надо было думать о собственном спасении, а сделать это было можно путем выдачи Пугачева.

На двенадцатый день тяжелого пути достигли Узеней. Далеко не все казаки находились «в сговоре», и заговорщики пытались изолировать Пугачева от верных ему людей. Когда Пугачев поехал к старикам-бахчевникам за дынями, с ним направились и все главари заговорщиков. Чумаков заговорил первым: «Что, ваше величество? Куда ты думаешь теперь идти?» «А я думаю, — отвечал Пугачев, — идти по форпостам и, забрав своих людей, двигаться к Гурьеву городку. Тут мы перезимуем и, как лед скроется, то севши на суда, поедем на Каспийское море и тамо подымем орды, они верно за нас вступятся». «Иван, что задумал, то затевай!» — крикнул Федульев Бурнову. Бурнов схватил Пугачева за руки. «Что это вы вздумали? На кого руки подымаете?!» — закричал Пугачев. На него набросились, отобрали оружие. Пугачев вырвался, вскочил на лошадь, понесся к камышам, но его перехватили и связали. В дороге, когда его на время развязали, он схватил шашку и пистолет, направил его в грудь Федульева, но курок дал осечку. Пугачева сбили с ног, связали и вместе с женой и сыном посадили в телегу.