Отдав должное Турции, следует сказать, что ее правительство сохраняло выдержку и прилагало много усилий к урегулированию конфликта. Но несмотря на это, противостояние усилилось. По решению ведущих держав, имевших свои флоты в Средиземном море, их объединенные силы блокировали остров Крит — основной очаг напряженности. Главной задачей блокады явилось недопущение провоза на остров регулярных войск. В блокировании острова приняли участие и российские корабли, дав тем самым знать дружественной Греции, что Россия, придерживаясь строгого нейтралитета, не пойдет на обострение отношений с ведущими державами. В самой Греции участие России в блокаде вызвало бурю негодований у простого населения.
Конфликт тянулся долго, и весь 1897 г. основной задачей отряда оставалась блокада Крита. В это время отряд постигла трагедия. 3 марта во время стрельб в кормовой башне «Сисоя Великого» произошел взрыв, унесший жизни 2 офицеров и 16 матросов. Подобной трагедии еще не знал Российский флот. «Сисой Великий» ушел на ремонт в Тулон, который продлился до конца 1897 г.
Плавание же отряда в «греческих водах» продолжалось до 5 апреля, когда в Суде корабли расстались. «Наварин», стоя в бухте, начал грузиться углем для того, чтобы продолжить блокаду, а «Александр II» ушел в Ретимо для подготовки к докованию в одном из мальтийских доков. 24 мая в 15 часов 45 мин. «Александр II», незадолго до этого вновь прибывший в Суду, снялся с якоря и медленно вышел из бухты. Его курс лежал на Мальту — крупнейшую английскую военно-морскую базу.
По пути на Мальту произвели артиллерийскую стрельбу. Ночью 27-го вахтенным открылись огни входного маяка Ла-Валетта. В 6 часов утра броненосец вошел в порт Ла-Валетта и по указанию лоцмана встал на бочки, ошвартовавшись кормой к берегу. Переход протяженностью 504 мили благополучно завершился.
Взору моряков предстал живописный рейд с застывшими на водной глади английскими броненосцами «Худ» и «Нил» и двумя малыми крейсерами. По «обочинам» гавани теснилось множество миноносцев и вспомогательных судов, a из доков виднелись мачты и трубы новейшего броненосца «Ривендж», знакомого нам по кильским торжествам, и броненосец-таран «Руперт».
Салютовав в 8 часов утра «нации» и старшему на рейде контр-адмиралу, чей флаг виднелся на блокшиве «Хиберия», командир «Александра II» капитан 1 ранга Никонов с российским консулом на Мальте коллежским советником Саксом отправился на блокшив. Согласовав с адмиралом свои действия по вводу корабля в док, командир вернулся назад, и уже после обеда команда начала выгружать боезапас.
Тяжелые 305-, 229- и 152-мм снаряды таскали на носилках и сгружали талями на пришвартованные к бортам баржи. Эта изнурительная работа не обошлась без происшествий. При подъеме 229-мм снарядов из кормового погреба один из них, будучи поднят до высоты жилой палубы, соскочил с совка и, упав, сильно повредил ногу комендору Ивану Малышеву. Комендора отправили в госпиталь, где ногу ампутировали выше колена. Стоянка в красивейшем порту обернулась для команды тяжелой работой и трагедией для одного из матросов.
На подготовку «Александра II» отводилось около двух недель — именно за это время английские власти планировали окончить докование тарана «Руперт».
28 мая капитан 1 ранга К. П. Никонов и консул Сакс совершили визит к губернатору острова генералу Фримантлу. Бесперебойно продолжавшуюся выгрузку боезапаса окончили 1 июня. Но для экипажа это не означало наступление отдыха. Работ еще предстояло очень много. Боезапас же отправили к береговым складам, где его уже будут выгружать портовые рабочие, труд которых, правда, будет оплачен русским консульством. Англичане выдвинули подобные условия для того, чтобы обеспечить работой своих простаивающих рабочих, a главное — с целью не допускать ни под каким предлогом наших моряков в свои артиллерийские арсеналы. По той же причине весьма логичным был и отказ от хранения в арсеналах мин Уайтхеда и сфероконических мин заграждения. Поэтому мины, более взрывоопасные при хранении, чем снаряды, с корабля не выгрузили, и они оставались на борту на весь период докования. Произошло это потому, что сложные и дорогие мины могли храниться на берегу только под охраной специальных вахт с броненосца, присутствие которых в своих арсеналах англичане считали недопустимым.
Согласовав все свои действия, утром 2 июня командир корабля с помощью двух буксиров ввел «Александра II» в док Сомерсет. Сразу же докеры, искусно работая, выровняли диаметральную плоскость броненосца с осью дока, a носовые и кормовые очертания стали строго против своих отметок, из него начали откачивать воду. По мере ее «опускания» по бортам «Александра II» ставили специальные упоры, a само днище обливалось из шлангов и спешно соскабливалось скребками. При доковании любого корабля эта работа считалась авральной, и в ней участвовал весь свободный от вахт экипаж. Быстро работая скребками, моряки счищали еще не ставшие каменными траву и ракушки, покрывшие ровным 5 -6-см ковром все днище. К вечеру док осушили, a подводную часть очистили.
Осмотр днища показал, что фальшкиль совершенно изъеден червем-древоточцем, весьма распространенным в теплых водах, и во многих местах продавился киль-блоками и оказался даже «провисшим и измочаленным». К исправлению фальшкиля приступили английские рабочие. Ежедневно их ра- ботало с утра до позднего вечера до 50 человек.
Тем не менее докование затянулось, и только 21 июня «Александр II» вновь «увидел» воду. 24 июня его уже встречали в Суде. Здесь на его борт прибыл командующий эскадрой в Средиземном море контр-адмирал П. П. Андреев, и его флаг взвился на гафеле. Плавание между греческими портами или, как тогда говорили моряки, «плавание в греческих водах» возобновилось. 14 июля в Суде «Александр II» встретился с «Николаем I», a спустя неделю с минным отрядом посетил порт Ретимо, где для учений собралась вся эскадра. Утром 9 сентября, будучи флагманом, «Александр II» повел за собой «Николая I», «Наварин», «Грозящий» и весь минный отряд на учения. Так оставшуюся часть 1897 г. броненосец провел в непродолжительных переходах из порта в порт, учениях и стрельбах.
В декабре к отряду присоединились крейсера «Россия», «Владимир Мономах». В начале 1898 г. по- явилась острая необходимость усиления эскадры Тихого океана, базировавшейся на Порт-Артур, и отремонтированный в Гавре «Сисой Великий», a также и «Наварин» ушли на Дальний Восток. В конце марта «Николай I», находившийся в дальнем плавании с мая 1893 г. и побывавший за это время на Дальнем Востоке, с изрядно изношенными механизмами отправили в Кронштадт для ремонта и замены котлов. В Средиземном море остался лишь один «Александр II», который вместе с «Грозящим», «Уральцем» и «Посадником» продолжал участвовать в затянувшейся осаде Крита. Только в конце сентября к ним присоединился крейсер «Герцог Эдинбургский». Его вместо дальнего похода по Атлантике с учениками машинных школ направили в Средиземное море.
В течение плаваний в машине приходилось производить обычные для механиков работы: исправлять топочные двери, кое-где менять дымогарные трубки. В целом машины, несмотря на длительную их работу, находились в удовлетворительном состоянии, и происшедшая 2 июня 1898 г. катастрофа стала все же явлением более случайным, чем закономерным. В левом бортовом коридоре у угольных ям произошел взрыв, в результате которого пострадало восемь кочегаров. Двоих из них спасти не удалось. Через несколько дней они умерли в лазарете.
При выявлении причин взрыва оказалось, что он произошел от возгорания скопившихся углеродистых газов, проникших в коридор из соседней ямы. Ничего не подозревавшие кочегары знали как следовало обращаться с огнем в самой яме, но, потеряв бдительность, зажгли в темном смежном помещении свечу, что и вызвало сильный взрыв. Этот случай еще раз подтвердил, насколько взрывоопасны бесчисленные трюмные отсеки большого корабля.
Однако, несмотря на утраты, плавание «Александра II» продолжалось. 28 октября на борт броненосца, стоявшего в Судской бухте, поднялся новый командующий эскадрой контр-адмирал Н. И. Скрыдлов — ветеран средиземноморского отряда.