Центром европейской медицины был тогда Лейденский университет, где работал выдающийся естествоиспытатель и ученый-медик Герман Бургаве (1668–1738), читавший курсы лекций по теории медицины, химии, ботанике, физиологии, общей и специальной патологии, хирургии, офтальмологии, фармакологии и творчески работавший во всех этих областях. Этот ученый энергично добивался применения в медицинской теории и практике достижений современной химии, ботаники, анатомии и физиологии. Будучи талантливым врачом и экспериментатором (он, например, первым применил термометр и лупу), Бургаве далеко продвинул вперед практическую медицину. Внедрение в различных странах Европы сочетания лечения больных с медицинскими научными исследованиями и с преподаванием медицинских знаний происходило в значительной мере под влиянием Бургаве, создавшего первую научную клинику. К прославленному Бургаве в Лейден, в эту «медицинскую Мекку» XVIII в., поспешил юный Ламетри сразу по окончании медицинского факультета (1733).

Общение с ньютонианцем Бургаве имело важное значение не только в формировании медицинских воззрений Ламетри, но и в становлении его философских взглядов. Бургаве отвергал характерные для старой медицины догматизм и преклонение перед авторитетами. Это был яркий пример реализации принципа, противопоставляемого XVIII веком умозрительным концепциям предшествующего столетия, — принципа, ставящего на место построений, дедуцируемых из заранее принятых положений, выводы, прочно опирающиеся на данные опыта.

Между тем обветшалые традиции, отброшенные Бургаве и его учениками, продолжали прочно держаться на родине Ламетри. Преподавание на медицинских факультетах носило еще печать средневековых словесно-схоластических методов. Будущих врачей заставляли черпать знания главным образом в медицинских трудах многовековой давности. Рутина в среде французских медиков была так сильна, что многие из них считали ниже своего достоинства заниматься анатомированием трупов. Шарлатанство оставалось повседневным, обычным явлением в медицинской практике Франции XVIII в.

Решительная борьба с таким плачевным состоянием отечественной медицины — вот с чего начинает Ламетри, возвратившись в Сен-Мало после двухлетнего пребывания в Лейдене. Чтобы перенести на французскую почву новейшие достижения медицины, он переводит на французский язык и публикует одно за другим важнейшие произведения Бургаве. Одновременно он приступает к практической работе врача и ведет исследовательскую деятельность как ученый. В первый же год своей врачебной практики он публикует «Систему г-на Германа Бургаве относительно венерических болезней», затем переводит и издает еще шесть трудов своего учителя. Эти переводы привлекли к себе внимание, разошлись при жизни философа в нескольких изданиях и существенно способствовали прогрессу медицины в стране. Принимая больных на дому, а также работая в больницах «Отель Дье» в Сен-Мало и «Лопиталь женераль» в Сен-Серване, Ламетри, опираясь на результаты, полученные передовыми медиками его времени, и на собственные наблюдения и эксперименты, проводит самостоятельные исследования. За восемь лет работы в Сен-Мало он публикует несколько своих научных работ. К переводу работы Бургаве о венерических болезнях он прилагает «Рассуждение переводчика о происхождении, природе и лечении этих болезней» (1735). Эта работа философа стала поводом острого конфликта между Ламетри и главой парижского факультета. Через год он издает небольшую брошюру на латыни о головокружении, а годом позже — «Трактат о головокружении», обширное исследование, выдержавшее несколько переизданий. В 1738 г. выходят «Письма» Ламетри «об искусстве сохранения здоровья и продления жизни», а в следующем году — «Новый трактат о венерических болезнях» (существенно отличный от небольшой работы 1735 г.). Много своего внес Ламетри в книгу, основу которой составляет перевод работ Бургаве, Сиденгема и других ученых об оспе. Но особенно интересен в научном отношении его обширный труд «Соображения относительно практической медицины» (1743): он содержит подробное описание 111 историй болезни главным образом его собственных пациентов, наблюдения течения различных болезней и результатов примененных автором лечебных мероприятий.

Переехав в 1742 г. в Париж, провинциальный врач Ламетри сразу получает почетную и высокооплачиваемую должность полкового врача королевской гвардии. Сам этот факт свидетельствует о том, что, несмотря на молодость, Ламетри составил о себе уже некоторое представление в медицинском мире и как успешно практикующий врач, и как автор научных работ, положительно оцененных специалистами. В качестве военного врача Ламетри принимает участие в сражении при Деттингене (1743), в осаде Фрейбурга (1744) и в битве при Фонтенуа (1745). Теперь у него все основания быть довольным высоким положением, какого ему удалось достичь, и «почить на лаврах». Но Ламетри по натуре — борец, и он не ограничивается в борьбе за преодоление отставания отечественной медицины публикацией работ Бургаве и своих медицинских трактатов. Он пишет целую серию язвительных памфлетов, бичующих рутину, невежество и шарлатанство в среде его коллег, он нападает на влиятельных медиков (особенно на Ж. Астрюка — медицинского советника Людовика XV и декана парижского медицинского факультета), которые поддерживали эти порядки, возглавляя корпорацию врачей. Такое выступление требовало большого мужества: хотя памфлеты издавались анонимно, автор вскоре становился известным. В этом образе действий Ламетри нашли свое выражение его характерные черты: безоглядная отвага и непримиримость в борьбе против всего порочного, что он находил в поведении окружавших его людей и в идеях, владевших их умами.

На страницах памфлетов Ламетри выведены псевдоврачи, которые кичатся своим положением в обществе, своим богатством, даже своими пышными и дорогими нарядами, ничего не смысля в своем ремесле. Эти остроумные, язвительные, талантливо написанные произведения, которые философ создавал и издавал одно за другим в течение десяти лет, пользовались большим успехом. Первый раздел самой крупной из этих сатир — «Работы Пенелопы», озаглавленный «Бесполезность всех частей медицины», в пяти главах с беспощадной иронией «доказывает», что врачу незачем знать ни физику, ни химию, ни ботанику, ни анатомию, ни хирургию. В следующем разделе, «О полезности знаний, чуждых медицине», семь глав разъясняют, как важно для врача знать все, не имеющее касательства к его профессии. Впечатление, производимое памфлетами Ламетри, было тем больше, что их автором, как вскоре стало известно, выступал врач, отлично знающий научный уровень и нравы своих коллег.

Важнейшим событием описываемого периода в жизни философа является создание и выход в свет в 1745 г. его первого философского труда — «Естественной истории души», книги, явно провозглашающей материализм и прикрывающей свои нападки против всех религий лишь тонким флером ортодоксальной фразеологии, книги, в которой лояльные заявления не столько смягчают остроту крамольных идей, сколько оттеняют их. Понимая, что этих благочестивых заверений недостаточно, чтобы спасти книгу и себя от ярости святош, Ламетри издает ее в качестве перевода на французский язык сочинения, написанного вымышленным лицом — англичанином Д. Черпом. Но эта предосторожность не помогла: имя автора становится известно. Поднимается буря, разъяренные ревнители веры добиваются немедленной расправы с богопротивной книгой и ее создателем. На заседании парижского парламента обвинитель Жильбер де Вуазен предъявляет книге обвинение, согласно которому в ней содержится умысел внушить читателям еретические представления о душе, «сводя природу и свойства духа человеческого к материи и подрывая основы всякой религии и всякой добродетели», и требует публичного сожжения богопротивного произведения рукой палача. 9 июля 1746 г. парламент вынес приговор, который был приведен в исполнение 13 июля на Гревской площади.

Святотатцу, разумеется, не место в гвардии. Более того, Ламетри вынужден покинуть пост инспектора военных лазаретов в Лилле, Брюсселе, Антверпене и Вормсе; ему грозит тюрьма, и он вынужден бежать сначала в Гент, затем в Лейден. Возмущение святош увеличивалось еще и оттого, что книга имела большой успех. Весь ее тираж вскоре был распродан, и потребовалось новое издание. Но в печати ни один голос, хотя бы отчасти поддерживающий автора, не прозвучал. Зато одно за другим стали публиковаться выступления против книги и ее автора. Аббат Ф. Тандо опровергает ее в брошюре «Письмо г-ну… магистру хирургии относительно естественной истории души, 1745 г.». Яростные нападки на эту «Историю» публикуют периодические издания во Франции и Германии.