Одной из первых мер, предпринятых новым властелином, стало учреждение в 1180 году «ведомства самураев» (самурай-дохоро). Эта должность досталась Вада-но Ёсимори. Ведомство держало под своим наблюдением несмирившуюся знать и подчеркивало первостепенное место, которое заняли воины. Воинственный дух и в самом деле пронизывал новое правительство. Понятие «бакуфу» («правительство из шатра [военной палатки]»), которым позднее обозначали местонахождение администрации, говорило о том, что саму новую администрацию следует рассматривать как генеральный штаб военного главнокомандующего. После того как в 1192 году Ёритомо был избран императором под именем Го-Тоба (1183–1198) на должность «главнокомандующего против варваров» (сэйи-тай-сёгун), реорганизация Японии, находившейся в состоянии анархии, должна была рассматриваться как дело общественного спасения, для которого была необходима перегруппировка и твердое руководство.

В 1184 году была создана должность монтидзё, нечто вроде министра юстиции. Она была предназначена для осуществления обычного права путем силы, чтобы заставить уважать это право хотя бы на землях Минамото. Кроме того, возникает ведомство архивов (кумондзё) (такое ведомство уже имелось в Киото), и во главе этого ведомства был поставлен известный ученый Оэно Хиромото (1148–1225). Вскоре оно было реорганизовано, получив название «ведомство дел управления» (ман-докоро). Оно превратилось в верховное правительственное учреждение, которое руководило всеми остальными государственными органами.

Ёритомо, имевший твердое намерение превратить власть ослабленную, если не угасшую в результате политики двора, в сильную, назначил во всех центральных районах страны двух военных управляющих, которые дублировали императорские кадры, фактически отстраненные.

Управители-протекторы (сюго) были обязаны обеспечивать правосудие, отвечать за военные вербовки и командовать новыми войсками. Военные наместники (дзитё) помогали сюго в решении фискальных и административных вопросов. Дзитё, направленные и в провинции, сначала в государственные владения, а затем и в частные земли, собирали налоги, требовали исполнения сельскохозяйственных и других работ, необходимых для обеспечения государства, и в пределах компетенции вершили правосудие в государственных владениях. На самом деле дзитё стали заменой «хозяина поместья» (рёсю) эпохи Хэйан, эта двойная администрация сюго и дзитё присвоила себе забытую власть старинных кокюси, должностных лиц, подчиненных двору.

Разумеется, одинаковые причины должны были порождать и сходные следствия, и со временем новая система, в свою очередь, утратила эффективность. Система удерживалась благодаря личным качествам людей, назначаемых на должности. Ёритомо хватило мудрости не ограничиваться при назначении на должность только своими соратниками и воинами. Он понимал, что следует привлекать в Камакуру способных людей, которые были разочарованы двором, или занимали незначительное место, или же имели настолько низкое происхождение, что не могли даже надеяться на достижение высших должностей. В новом мире Камакура Ёритомо предоставлял полномочия и награды скорее за талант, чем за происхождение. Новая администрация, следовательно, представлялась эффективной и, более того, выгодной даже для двора, который возглавлял государство номинально, но сохранял все полагающиеся почести и средства. В конце концов в обществе с изумлением обнаружили, что деятельность должностных лиц, за возможными нарушениями которых надзирал корпус инспекторов, была справедливой.

Успеху Минам ото способствовала сама богатая равнина Канте, то есть поддержка пятисот поместий, имевших разный юридический статус, в том числе и на государственных землях. Там и зарождается слой гокэнин, бывших по происхождению владельцами поместий. После того как гокэнин доказали свою военную пригодность в рядах войск Минамото, они в конце концов добились привилегированного положения вассалов сегуна. Именно сёгун обеспечивал им свое покровительство, передаваемое от отца к сыну в обмен на их верность. В Японии официально устанавливался феодализм. Феодальная зависимость была прямой и казалась тогда особенно прочной, потому что Ёритомо сам лично был связан с каждым из своих вассалов. Без сомнения, это важнейшая причина успеха сегуна. Владения Минамото располагались в прибрежной полосе и вскоре приобрели важную роль в торговле с Китаем эпохи Сонг. Находясь вдали от официальных кругов, сосредоточенных на самих себе, представители рода Минамото с давних пор получали из Китая товары и идеи. Их динамизм и жажда совершенства стимулировались воздействием извне, и все это побудило род Минамото вести свою страну по пути прогресса. Таким образом, и принятие идей дзэн-буддизма не только вызвало философское и религиозное обновление духовной жизни монастырей, но и предоставило каждому человеку выбор нового образа жизни. Сёгунат Камакура пробудил в Японии стремление к героической доблести, которая навсегда стала ее отличительной чертой. Но если установленному режиму суждено было продолжаться полтора столетия, то личный триумф Ёритомо завершился сразу после его смерти в 1199 году: его сын Ёриэ, который был побежден своими родственниками Ходзё, не сумел наследовать его власть и авторитет. Ёритомо, опасаясь, что родственники его клана могут отнять у него власть, систематически истреблял их, совершив тем самым непоправимую ошибку. А когда вопрос о наследстве стал явным, его сын, не имея поддержки в силу указанной причины, превратился в мишень для множества лиц, жаждущих власти, число которых увеличивалось из-за его слабости. Именно так торжествовал род Ходзё, представители которого, приняв титул регента при сёгуне (сиккэн), правили до 1333 года. В 1219 году в Камакура привезли очень юного потомка рода Фудзивара, который стал воплощением номинальной власти сёгуна. Начиная с 1252 года подобным образом призывались на трон принцы из императорского дома — марионетки, за спиной которых вершилась политика Ходзё.

Конечно же, первые представители Ходзё — Токимаса и его сын Ёритоки, безжалостно перебившие всю линию Ёриэ, предоставили в распоряжение нового правительства богатства своих общих владений, расположенных недалеко от столицы. Благодаря этому большая часть земель между Камакура и Киото впредь оставалась во владениях сёгунов. Но хотя Ходзё и могли гордиться своим влиянием при дворе, они вынуждены были участвовать в непрекращающихся дворцовых интригах и в результате сами подложили мину под регентство и сёгунат. Время поглотило энергию начального периода становления феодализма. Феодализм постепенно загнивал, его структуры все более усложнялись и дробились. В Камакура создавался свой двор, который прилагал все усилия для того, чтобы походить на двор императорский. Власть сёгуната, которая состоялась некогда благодаря поддержке народа, постепенно утрачивала свою животворную связь с ним.

Тем не менее Ходзё, несмотря на попытку императора ГоТоба, отрекшегося в 1198 году (события, известные под названием «изменения эпохи Дзёкуи», 1219–1221), снова взять власть в свои руки, укрепились более чем на полтора столетия. Поражение энергичного образованного императора, каковым был Го-Тоба, еще более ослабило политическое влияние императора и утвердило принцип делегирования его политической власти. Двор сёгуна на много столетий превратился в подлинный центр управления, что в общих масштабах страны означало триумф феодализма. Учрежденная императорская служба сторожевой охраны была препоручена специальному префекту (рокухара тандай), который должен был обеспечивать спокойствие в Киото. Однако Ходзё постепенно стали занимать все ключевые посты сёгуната. Хиодзёсю (учреждение для контроля, созданное сёгунатом в 1225 году) должно было влить свежую кровь в администрацию сёгуната, но на деле оно само сразу же оказалось под властью всемогущего семейства регентов. Этим подлинным главам государства оставалось только создать свои своды законов, приспособить уже имевшееся право к потребностям общества того времени и поставить на нем свою печать.