По приказу царя Фёдора Москва стала готовиться к обороне. На стенах Белого и Земляного города устанавливались пушки.

31 мая отряд казачьего атамана Корелы обошёл заслоны правительственных войск на Оке в районе Серпухова и разбил лагерь в десяти верстах к северу от столицы, на Ярославской дороге. На следующий день посланцы самозванца дворяне Гаврила Пушкин и Наум Плещеев в сопровождении казаков проникли в Москву и собрали на Красной площади большую толпу. С Лобного места Пушкин зачитал грамоту самозванца, написанную на имя бояр Мстиславского, Василия и Дмитрия Шуйских и других, окольничих и граждан московских. Лжедмитрий напоминал в ней о присяге, данной его отцу, Ивану IV, о притеснениях, причинённых ему в молодости Борисом Годуновым, о своём чудесном спасении (в общих, неопределённых выражениях), прощал бояр, войско и народ за то, что они присягнули Годунову, «не ведая злокозненного нрава его и боясь того, что он при брате нашем царе Феодоре владел всем Московским государством, жаловал и казнил, кого хотел, а про нас, прирождённого государя своего, не знали, думали, что мы от изменников наших убиты». Самозванец напомнил о притеснениях, какие были при царе Борисе «боярам нашим и воеводам, и родству нашему укор и поношение, и бесчестие, и всем вам, чего и от прирождённого государя терпеть было невозможно». В заключении Лжедмитрий обещал награды всем, кто его признает, и гнев Божий и свой царский в случае сопротивления.

Народ взволновался. Бояре сообщили патриарху Иову о мятеже, тот умолял бояр выйти к народу и образумить его. Бояре вышли на Лобное место, но ничего не могли поделать. Толпа потребовала от князя Василия Шуйского сказать правду, точно ли он похоронил царевича Димитрия в Угличе? Шуйский ответил, что царевич спасся, а вместо него убит и похоронен попов сын. Ворота в Кремль не были заперты, толпа ворвалась туда и захватила царя Фёдора с матерью и сестрой. Их отправили в старый дом Бориса Годунова, где он жил, будучи боярином. К дому был приставлен крепкий караул.

Другие толпы москвичей кинулись грабить дома Годуновых и их родственников, заодно были разбиты винные подвалы и кабаки. Началось повальное пьянство.

Получив известие о перевороте в Москве, Лжедмитрий 5 июня 1605 г. прибыл в Тулу. Там его встретили как царя. Лжедмитрий отправил обращение к боярской думе с приказом выслать в Тулу князя Мстиславского и прочих главных бояр. По постановлению думы 3 июня в Тулу отправились князья Н. Р. Трубецкой, А. А. Телятевский и Н. П. Шереметев, а также думный дьяк Афанасий Власьев. Туда же отправились все Сабуровы и Вельяминовы, чтобы вымолить себе прощение Лжедмитрия. Пётр Басманов, расположившийся в Серпухове, именем государя не пропустил родню Годунова в Тулу.

Басманов повсюду искал изменников своего нового государя и беспощадно карал их. По его навету все Сабуровы и Вельяминовы (37 человек) были ограблены донага и брошены в тюрьму.

Лжедмитрия привело в бешенство неподчинение главных бояр его приказу явиться в Тулу лично.

В начале июня к Лжедмитрию на поклон приехал с Дона казачий атаман Смага Чертенский с товарищами. Чтобы унизить посланцев боярской думы, самозванец допустил к руке казаков раньше, чем бояр. Проходя мимо бояр, казаки ругали и позорили их. Самозванец милостиво разговаривал со Смагой. Затем к руке были допущены бояре, и Лжедмитрий «наказываше и лаяше, яко же прямый царский сын».

Боярина Телятевского практически выдали казакам на расправу. Казаки избили его до полусмерти и бросили в темницу.

Из Тулы Отрепьев отправился в Серпухов. Дворовыми воеводами при нем состояли князь И. В. Голицын и М. Г. Салтыков, ближними людьми — боярин князь В. М. Мосальский и окольничий князь Г. Б. Долгоруков, главными боярами в полках — князь В. В. Голицын, его родственники князь И. Г. Куракин, Ф. И. Шереметев, князь Б. П. Татев, князь Б. М. Лыков. Из Серпухова на встречу Лжедмитрия выехали князья Ф. И. Мстиславский и Д. И. Шуйский, стольники, стряпчие, дворяне, дьяки и столичные купцы — гости.

В Серпухове самозванец организовал несколько пышных пиров для своих приближённых и московских бояр. В промежутках между пирами Лжедмитрий вёл напряжённые переговоры с боярами.

Ещё в Туле самозванец издал манифест о своём восшествии на престол. Рассчитывая на неосведомлённость большинства жителей Московского государства, Отрепьев врал, что он-де был узнан патриархом Иовом, всем Священным собором, Боярской думой и прочими чинами, как «прирождённый государь». 11 июня Лжедмитрий, будучи ещё в Туле, на своей грамоте пометил: «Писана в Москве». Вместе с этим манифестом самозванец разослал по городам текст присяги. Это был сокращённый вариант присяги, составленной при воцарении Бориса Годунова и его сына Фёдора. Лжедмитрий использовал тот же приём, к которому прибегли Борис и его сын. Борис, сразу же после смерти царя Фёдора Ивановича, велел принести присягу на имя вдовы его царицы Ирины и на своё имя. Фёдор Борисович в своей присяге тоже поставил на первое место вдовую царицу — свою мать.

Во время пребывания в Польше и северских городах России Лжедмитрий ни разу не упомянул о своей матери Марии Нагой, заточённой в Горицком Воскресенском женском монастыре под именем инокини Марфы. Теперь ситуация изменилась. Отрепьев знал о ненависти инокини Марфы к Годуновым и поэтому рассчитывал на её признание.

Самозванец велел разыскать Нагих или их родственников. Нашли лишь отдалённого родственника Марии Нагой дворянина Семёна Ивановича Шапкина. В Туле Отрепьев торжественно произвёл Шапкина в постельничии, заявив, что «он Нагим племя». Затем Шапкин с эскортом был экстренно направлен в Горицкий монастырь.

После беседы с Шапкиным с глазу на глаз инокиня Марфа признала сына. Трудно сейчас установить, что больше повлияло на её выбор — ненависть к Годуновым или нежелание быть отравленной или утопленной по дороге. В Горицком монастыре хорошо помнили судьбу княгини Ефросиньи Старицкой и великой княгини Юлиании, жены Юрия, родного брата Ивана Грозного.

Присяга на имя вдовы Грозного была рассчитана на эмоции малограмотных людей. Как могла царствовать монахиня, даже если она и была 20 лет назад седьмой женой царя Ивана?

Из текста присяги самозванцу, по сравнению с присягой Годунову, были исключены запреты добывать ведунов и колдунов, портить его «на следу всяким ведовским мечтанием», насылать лихо «ведовством по ветру» и т. д. Подданные только кратко обещали не «испортить» царя и не давать ему «зелье и коренье лихое». Вместо пункта о Симеоне Бекбулатовиче и «воре», называющем себя Димитрием Углицким, в текст присяги вводился новый пункт о «Федьке Годунове». Подданные обещали не подыскивать царство под государями «и с изменники их, с Федкой Борисовым сыном Годуновым и с его матерью и с их родством, и с советники не ссылаться письмом никакими мерами».

Самозванцу было неудобно являться в Москву, пока там находились члены семьи Годуновых. Будь жив царь Борис, Лжедмитрий мог рассчитывать на какие-то политические дивиденды, устроив над ним судилище и приписав ему чудовищные преступления. Однако ни царица, ни царевич не успели совершить ничего ни хорошего, ни плохого, так за что же их казнить?

Однако время поджимало, и самозванцу пришлось пойти на мерзкое с точки зрения морали и глупое в политическом отношении убийство. В Москву была послана специальная карательная комиссия в составе князя В. В. Голицына, члена путивльской «воровской» думы В. М. Мосальского и дьяка Б. Сутупова. Вместе с комиссией в Москву был направлен П. Ф. Басманов.

Прибыв в столицу, комиссия немедленно начала чинить расправу над противниками самозванца. Начали с патриарха Иова. Патриарх в Успенском соборе Кремля готовился к совершению литургии, когда в храм ворвались вооружённые люди. Иова выволокли из алтаря и потащили на Лобное место. Там сторонники самозванца пытались линчевать патриарха за то, то он-де «наияснейшего царевича расстригой называет». Однако из Кремля сбежались попы и церковные служки, которые подняли крик в защиту патриарха. На помощь Иову кинулась и часть горожан. Стало ясно, что убийство патриарха приведёт к побоищу с непредсказуемыми последствиями. Тогда кто-то из агентов Отрепьева крикнул: «Богат, богат, богат Иов патриарх, идём и разграбим имения его!» Довод был неотразим, и толпа кинулась грабить патриаршие палаты.