По приказу князя Пожарского у Пушечного двора (близ современной гостиницы «Москва») была устроена большая осадная батарея, которая открыла с 24 сентября интенсивный огонь по Кремлю. 3 октября открыла огонь осадная батарея, построенная первым ополчением у Никольских ворот.

21 октября поляки предложили русским начать переговоры и прислали к Пожарскому полковника Будилу. Однако переговоры затянулись, рыцарство требовало почётной капитуляции, то есть выпуска поляков из Кремля с оружием и т. п. Пожарский же был согласен лишь на безоговорочную капитуляцию.

Казаки узнали о переговорах и решили, что их лишают части добычи. 22 октября без команды главных воевод они бросились к стенам Китай-города. Поляки не ожидали нападения и растерялись. Казаки ворвались в Китай-город и выбили из него ляхов. Среди убитых были знатные паны Серадский, Быковский, Тваржинский и другие.

Потеря Китай-города несколько сбила спесь с поляков. Они вновь запросили переговоров. На сей раз переговоры велись у самой кремлёвской стены. Поляков представлял полковник Струсь, а бояр, сидевших в Кремле, — князь Мстиславский; со стороны осаждающих были Пожарский и Трубецкой.

В начале переговоров бывший глава Боярской думы Мстиславский покаялся и бил челом «всей земле», а конкретно Пожарскому и Трубецкому. Наконец ляхи согласились сдаться.

26 октября распахнулись Троицкие ворота Кремля, и на каменный мост вышли бояре и другие москвичи, сидевшие в осаде вместе с поляками. Впереди процессии шёл Фёдор Иванович Мстиславский, за ним — Иван Михайлович Воротынский, Иван Никитич Романов с племянником Михаилом и его матерью Марфой.

Казаки попытались напасть и как минимум ограбить бояр, но Пожарский с дворянами силой оружия удержали казаков и заставили убраться в их табор.

На следующий день произошла капитуляция польского гарнизона. Принимал капитуляцию Кузьма Минин. Часть пленных во главе с полковником Струсем отдали Трубецкому, а остальных с полковником Будилой — второму ополчению. Казаки перебили большую часть доставшихся им поляков. Уцелевших поляков Пожарский и Трубецкой разослали по городам: в Нижний Новгород, Балахну, Галич, Ярославль и другие.

Поляки совершили столько зверств на русской земле, что властям малых городов не всегда удавалось защитить пленных от самосуда населения. Так, в городе Галиче толпа перебила всех пленных из роты Будилы. То же случилось с ротой Стравинского в Унже. Более удачно сложилась судьба роты Талафуса в Соли Галицкой — её освободил отряд запорожских казаков, случайно забредший туда в поисках добычи.

Польских офицеров во главе с Будилой 15 декабря доставили в Нижний Новгород, где взяли под строгий караул. Позже Будила напишет, что местные власти решили их всех утопить в Волге, и лишь вмешательство матери князя Пожарского спасло им жизнь.

26 октября дворяне и казаки заняли Кремль, но торжественный въезд в Кремль воеводы назначили на 27 октября. С утра казаки Трубецкого собрались у церкви Казанской Богородицы за Покровскими воротами, а ополчение Пожарского — у церкви Иоанна Милостивого на Арбате. Взяв кресты и образа, оба ополчения двинулись с разных сторон в Китай-город. Сошлись ополчения у Лобного места. Там троицкий архимандрит Дионисий начал служить молебен. В это время из Спасских ворот Кремля вышел другой крестный ход во главе с Галасунским (Архангельским) архиепископом Арсением и кремлёвским духовенством. Они несли икону Владимирской Богоматери. После молебна войско и горожане отправились в Кремль. Увиденное за воротами Кремля их ужаснуло. Все церкви были разграблены и загажены, почти все деревянные постройки разобраны на дрова и сожжены. В больших чанах нашли разделанные и засолённые человеческие трупы. Тем не менее воеводы приказали отслужить обедню и молебен в Успенском соборе.

Сразу же после изгнания поляков начались очистка и восстановление Кремля и всей столицы. Трубецкой поселился в Кремле во дворце Годунова, а Пожарский — на Арбате в Воздвиженском монастыре. Кремлёвские сидельцы бояре разъехались по своим вотчинам. Михаил Романов с матерью уехали в свою вотчину — село Домнино Костромского уезда.

Король Сигизмунд в Вязьме узнал о капитуляции польских войск в Москве. Там королевские войска соединились с отрядами гетмана Хоткевича и вместе двинулись осаждать укреплённый городок Погорелое Городище. Местный воевода князь Юрий Шаховский на требование сдачи ответил королю: «Ступай к Москве. Будет Москва за тобою, и мы твои». Король послушался и пошёл дальше.

Основные силы поляков осадили Волоколамск, а конный отряд пана Адама Жолкевского двинулся к Москве. Жолкевский дошёл до села Ваганьково, где был атакован русскими. Поляки были разбиты и бежали. В бою поляки захватили смоленского дворянина Ивана Философова. Жолкевский велел допросить его и узнать, хотят ли по-прежнему москвичи королевича Владислава на царство, полнолюдна ли Москва и много ли там припасов? Философов ответил, что Москва «людна и хлебна», и все готовы помереть за православную веру, а королевича на царство брать не будут. То же самое дворянин сказал и самому Сигизмунду.

Потеряв надежду овладеть Москвой, король решил по крайней мере взять Волоколамск, который обороняли воеводы Иван Карамышев и Чемесов. Поляки трижды штурмовали город, но были отбиты. Третий штурм кончился вылазкой казаков под началом атаманов Нелюба Маркова и Ивана Епанчина. Казакам удалось отогнать ляхов и уволочь у них несколько пушек.

27 октября Сигизмунд приказал войску уходить в Польшу. По дороге от холода и голода поляки потеряли несколько сотен человек.

После поражения войск Ходкевича под Москвой и воцарения Михаила Романова военные действия в России вела исключительно бандитствующая шляхта. Особенно отличился Александр Лисовский. Банды поляков грабили деревни, выжигали городские посады. За ними с переменным успехом гонялись царские воеводы.

Рейды Лисовского стали поводом для царского окружения, чтобы удалить Дмитрия Пожарского из Москвы. Как уже говорилось, Александр Лисовский был отпетым бандитом, приговорённым к смертной казни ещё за разбои в Польше в 1608 г. Его отряд буквально исколесил всю европейскую часть России. Лисовский был смел и хитёр. Его отряд состоял из отборных кавалеристов, которые сами себя именовали «лисовчиками». Лисовский действовал по типовому принципу всех грабителей, хорошо озвученному Шамилем Басаевым: «Набег — отход, набег — отход».

С Лисовским русским, безусловно, надо было кончать, но был ли смысл давать такое поручение Пожарскому? Князь был многократно ранен, что не давало ему возможности, подобно Лисовскому, сутки и более непрерывно скакать, меняя лошадей. А как без этого словить «лисовчиков»? Тут нужен был не стратег, а лихой гусар типа Дениса Давыдова.

Царь Михаил и его окружение были заинтересованы в том, чтобы воевода осрамился и не поймал Лисовского, а в случае удачи тоже невелика заслуга — поймать грабителя.

29 июня 1615 г. Пожарский с отрядом дворян, стрельцов и несколькими иностранными наёмниками, всего не более тысячи человек, двинулись из Москвы на ловлю «лисовчиков». Среди наёмников был и известный нам шотландский капитан Яков Шав, которого Пожарский отказался принять на службу в 1612 г. Однако теперь Шав служил примерно, чем завоевал доверие воеводы.

Царь Михаил дал наказ (инструкцию) Пожарскому о методах борьбы с «лисовчиками»: «Расспрося про дорогу накрепко, послать наперёд себя дворян, велеть им на станах, где им ставиться, места разъездить и рассмотреть, чтоб были крепки, да поставить надолбы; а как надолбы около станов поставят и укрепят совсем накрепко, то воеводам идти на стан с великим береженьем, посылать подъезды и проведывать про литовских людей, что они безвестно не пришли и дурна какова не учинили».

Лисовский на какое-то время засел в городе Карачеве. Узнав о быстром продвижении отряда Пожарского через Белёв и Болхов, Лисовский испугался, сжёг Карачев и отправился «верхней дорогой» к Орлу. Разведчики донесли об этом воеводе, и тот двинулся наперерез Лисовскому. По пути к Пожарскому присоединился отряд казаков, а в Болхове — две тысячи конных татар.