Однако не зная всего этого, немцы продолжили планирование операции. Согласно приказу № 28 контроль за ней (операцией) был возложен на главнокомандующего люфтваффе. Проведение самой операции было поручено командующему 4-м воздушным флотом генерал-полковнику Александру Леру. Операция должна была проводиться только силами 11-го авиадесантного корпуса в течение мая, ибо дальнейшее затягивание сроков могло привести к срыву операции «Барбаросса». Но в реальности все вышло несколько иначе.
Чтобы собрать все силы 11-го авиадесантного корпуса, части которого были рассредоточены по разным местам от Германии до Греции, требовалось принять соответствующие меры. В это время в штатном расписании 7-й парашютной дивизий генерал-лейтенанта Вильгельма Зуссмана (15 тысяч стрелков-парашютистов) числились: три парашютно-десантных полка по три батальона каждый; один парашютный танкоистребительный батальон; один парашютный артиллерийский дивизион; один парашютный зенитно-пулеметный батальон; один батальон связи и один парашютный санитарный батальон. Штурмовой (посадочно-десантный) полк генерал-майора Майндля с транспортными планерами в составе четырех батальонов являлся отдельной частью. 22-я пехотная дивизия, также входившая в корпус и расквартированная в Бухаресте, не могла выдвинуться на юг из-за пробок на дорогах. Танковые войска сосредоточивались для наступления на «российском направлении», и, по приказу Гитлера, их нельзя было трогать. В связи с этим в предстоящей операции «Меркурий» было решено использовать находившуюся в Греции 5-ю горнопехотную дивизию (8,5 тысяч горных егерей) генерал-майора Юлиуса Рингеля, усиленную 3-м полком и дивизионом горной артиллерии из 6-й горнопехотной дивизии, также находившейся в Греции. К этим частям добавили подразделения 5-й танковой дивизии (5-я рота 31-го танкового полка) и два зенитных дивизиона подчинения штаба 11-го корпуса. Эти силы планировалось доставить на остров Крит путем выброски и высадки десантов с транспортных самолетов и планеров, а при необходимости и с десантных судов.
В конце концов было определено, что в операции будут участвовать 7-я парашютная и 5-я горнопехотная дивизии с частями усиления и Отдельный «планерный» полк — всего около 25 тысяч человек. В резерве находилась 6-я горнопехотная дивизия.
Транспортные авиасредства у 11-го авиадесантного корпуса имелись: 622 самолета «Юнкерс-52» и около 600 планеров. Для подготовки самолетов к предстоящему сражению потребовалось проявить чудеса технического умения. Большая их часть до этого перевозила грузы на Балканы и в Грецию, и они нуждались в ремонте. Работая круглосуточно, техперсонал привел транспортные самолеты в готовность к назначенному сроку. К операции было подготовлено 550 транспортных самолетов «Юнкерс-52» и 72 транспортных планера DFS-230, а участвовали в ней 493 транспортных самолета Ю-52 и 60 планеров DFS-230.
Германские самолеты военно-транспортной авиации 11-го авиакорпуса были объединены в составе специально сформированных 1, 2, 3-й и 172-й эскадр (транспортной авиации) особого назначения. 1-я эскадра под командованием полковника Вильке и 172-я эскадра действовали с греческих аэродромов Коринф, Дадион и Мегара. 2-я эскадра полковника фон Хейкинга (60, 101-я и 102-я группы особого назначения) и 3-я — полковника Буххольца (40, 105-я и 106-я группы особого назначения) работали с Танагры и Тополи. С Танагры, буксируемые «Юнкерсами», также взлетали 60 планеров DFS-230, имевшихся в составе 1-й эскадры группы буксировщиков планеров. Забегая вперед, следует сказать, что за время всей операции с помощью этих сил на Крит было сброшено около 10 тыс. парашютистов. Общая численность войск, перевезенных по воздуху, составила 23 464 человека, кроме того, самолетами были доставлены 353 орудия, 771 мотоцикл (главное транспортное средство германских парашютистов), 5358 десантных контейнеров с оружием и снаряжением и 1090 тонн различных грузов. Обратно на материк было вывезено 3173 раненых.
Транспортный самолет «Юнкерс-52» вмещал 12–18 парашютистов, в полете сидевших на сиденьях вдоль фюзеляжа. Кроме того, один транспортный «Юнкерс» мог буксировать несколько планеров (обычно 4, но в некоторых случаях и 7–9). Таким образом, вместо 20 парашютистов, используя Ю-52, можно было доставить в район высадки 30, а то и 50 десантников.
Основным легким планером для высадки личного состава парашютно-егерских войск был легкий планер DFS-230. Эта машина имела размах крыльев 20,9 м при длине 11,3 м. Планер мог транспортировать 8 человек с полным снаряжением. В крыше пассажирской кабины имелся люк, приспособленный для установки турельного пулемета MG-15. Для пикирования DFS-230 снабжался тормозным парашютом, объем купола которого мог изменяться при помощи специального стропа. Как правило, планеры буксировались транспортными самолетами при помощи троса. Однако только планеров и самолетов 11-го авиадесантного корпуса для проведения десантной операции было недостаточно.
8-й воздушный корпус ВВС генерала авиации фон Рихтгофена добавил две эскадры бомбардировщиков (180 самолетов), одну эскадру пикирующих бомбардировщиков (120 самолетов «Юнкерс-87»), одну эскадру истребителей (110 самолетов Ме-109), одну эскадру истребителей дальнего действия (60 самолетов Ме-110) и две группы разведывательных самолетов (около 50 машин разных моделей). Без транспортников и планеров общая численность авиации двух корпусов достигала 433 бомбардировщика и 235 истребителей, а также 50 разведывательных самолетов.
В конце апреля, в соответствии с планом, началось «воздушное наступление» на остров. Его результатом стало фактическое уничтожение английской истребительной авиации на Крите — 19 мая последние 7 самолетов Королевских ВВС вынуждены были перебазироваться в Египет.
Морской транспорт был задействован для перевозки тяжелого вооружения и техники, которые невозможно было доставить по воздуху. Для формирования морского конвоя было выделено 63 единицы самоходных плавсредств и 7 пароходов. Защита этих судов была поручена итальянским ВМС, которые для этой цели привлекли 4 подводные лодки, 4 патрульных торпедных катера типа MAS, 8 тральщиков и 12 торпедных катеров. Однако эти морские силы не сыграли никакой роли в сражении, поскольку часть из них уничтожили британские королевские ВМС, а часть вынуждена была вернуться на свои базы. Теперь основной расчет строился только на возможностях люфтваффе.
Все войска, участвующие в операции, были разделены на три группы, которым были определены объекты для атаки: Западная группа (под руководством командира Отдельного воздушно-штурмового полка генерал-майора Майндля) — аэродром в Малеме; Центральная группа (генерал-майора Зуссмана, командира 7-й парашютной дивизии) — аэродромы Кания и Ретимнон; Восточная группа (полковника Бауэра, замененного позднее генералом Рингелем) — аэродром Гераклион.
Для высадки всех сил сразу имевшихся транспортных самолетов и планеров было недостаточно. Поэтому было решено наступать тремя волнами. Первая волна захватывала Малеме и Канию, вторая — Ретимнон и Гераклион, третья имела задачу доставить подкрепления на все четыре аэродрома.
На острове были намечены четыре района высадки, три из которых приходились на основные авиабазы. Парашютные и планерные части 11-го авиакорпуса должны были стать авангардом сил вторжения. Первыми на Крит должны были ступить солдаты и офицеры десантно-штурмового полка генерал-майора Майндля, в задачу которых входили захват и удержание аэродрома Малеме и многочисленных дорог, мостов и позиций зенитной артиллерии, расположенных в окрестностях административного центра острова Крит — города Кания или Хания (разница в русскоязычном написании критской столицы объясняется тем, что различные авторы пользуются либо немецкими, либо английскими источниками; по-немецки это название пишется Chania — Хания, а по-английски Cania — Кания). Операции в этом районе должны были осуществляться при поддержке подразделений 3-го парашютного полка (7 пдд) полковника Хайдриха. Необходимость захвата Кании обуславливалась пребыванием в городке основных британских штабов, органов управления войсками гарнизона, а также размещением там резиденции греческого короля.