Первый серьезный тревожный звонок прозвучал 18 сентября, когда фрегат ВМС США, находившийся в Средиземном море у берегов Туниса, запросил советское торговое судно о характере его груза.
— Сельскохозяйственные машины! — ответил капитан.
Однако его палубный груз состоял из трех крупных упаковок неправильной формы, в которых находились разобранные части фюзеляжей трех средних бомбардировщиков Ил-28. Американцы заподозрили неладное и доложили по команде, что палубный груз напоминает замаскированные самолеты. Советским торговым судам было приказано, в случае запроса о характере груза, говорить, что это изделия автомобильного экспорта или сельскохозяйственные машины, следующие в Гавану. Первоначально капитаны судов, выходя в море, не знали своего конечного пункта прибытия, им предписывалось общее направление движения на Азорские острова, и там, в определенной точке, им надлежало вскрыть запечатанные конверты, в которых содержались указания о дальнейшем маршруте вплоть до пунктов прибытия на Кубе. Таким образом, не достигнув Азорских островов в центре Атлантики, не было возможности ненароком узнать свой конечный пункт. На судах, которые перевозили на Кубу личный состав четырех мотострелковых полков, запрещалось одновременно выпускать на верхнюю палубу более 25—30 человек, остальные должны были оставаться внизу, в условиях крайне повышенной температуры и влажности, которые становились непереносимыми в Саргассовом и Карибском морях. После первой ходки туда и обратно и находясь под загрузкой для последующего выхода в море, большинство капитанов уже прекрасно знали, что они будут совершать рейсы только в кубинские порты.
Тем временем военные суда и самолеты-разведчики США начали проявлять интерес к проводимым масштабным морским перевозкам и предпринимать более энергичные усилия по идентификации груза советских судов. В тех случаях, когда размеры и конфигурация груза — такого как самолеты, вертолеты, грузовые автомобили и БТРы — вынуждали перевозить эту технику на палубе, то оборудование накрывалось, а самолеты разбирались, упаковывались в контейнеры и также накрывались. Однако полностью скрыть все грузы было невозможно, и вскоре разведывательные корабли и самолеты США определили, что началась масштабная переброска военных грузов морским путем. Военнослужащие на борту судов были в гражданской одежде. На Кубе разрешалось носить кубинскую военную форму, однако большинство из них оставались в штатском. Связь между Министерством обороны и судами, привлеченными к морским перевозкам, обеспечивалась через курьеров, радио и телефон для передачи сообщений не применялись.
19 сентября ГК ВМФ адмирал флота С.Г. Горшков доложил в Министерстве обороны о натовских учениях «Фоллекс-62», район проведения которых охватывал всю Европу, Средиземное море и Северную Атлантику. Горшков сделал вывод, что учения являются частью текущих маневров, в ходе которых силы НАТО отрабатывают переход к полномасштабной ядерной войне.
Штаб ВМФ с опаской наблюдал за усилением активности ВМС США в Атлантике. Помимо этого учения началось одновременно и крупномасштабное совместное амфибийно-десантное учение флота и морской пехоты США. Учение носило наименование «Операция «Ортсак», т.е. Кастро, если прочесть справа налево. Десантирование отрабатывалось на острове Вьекес вблизи Пуэрто- Рико. Но было совершенно очевидно, что это явная отработка вторжения на Кубу.
19 сентября 1962 года, в связи с усилением разведывательной активности со стороны Соединенных Штатов и втайне опасаясь, что секрет грузов будет раскрыт, премьер Хрущев обязал советский Генеральный штаб послать всем советским торговым судам телеграмму со следующими инструкциями: «Советские суда являются частью Советского Союза и любое открытое нападение на них со стороны иностранных кораблей или самолетов представляет собой акт агрессии против СССР. В случае обстрела иностранными самолетами или кораблями, капитан имеет право открыть огонь. Капитан судна, подвергшегося нападению, обязан принять все необходимые меры по поддержанию порядка. При докладе об атаке со стороны противника сообщение об атаке подлежит кодированию».
Маршал Малиновский настоял на том, чтобы «Операция «Кама» продолжалась по плану, без привлеченная крейсеров и эсминцев, и что нам достаточно иметь в районе Кубы, в качестве сдерживающего фактора, несколько подводных лодок с ядерными торпедами на борту.
Чрезвычайные меры скрытности способствовали успеху этапа переброски операции «Анадырь», но когда суда разгрузились, а личный состав и техника перебазировались на пусковые позиции, прятать их стало все труднее и труднее. Из-за частых полетов американских самолетов-разведчиков советские военнослужащие на Кубе передвигались к своим казармам только в ночное время и были прозваны кубинцами «ночные ползуны».
В связи с усилением американской разведки торговых судов, участвующих в «Операции «Анадырь», всем судам советского Морфлота 27 сентября была передана следующая телеграмма:
«В том случае, когда невозможно защититься от вооруженной атаки вашего судна со стороны иностранных военнослужащих, силой проникающих на него, старший перевозимого судном воинского подразделения должен уничтожить все имеющиеся на борту документы, содержащие военные или государственные секреты. При угрозе захвата наших судов иностранными судами капитан и старший перевозимого воинского подразделения противодействуют атаке и проникновению на судно и, в случае необходимости, топят его, используя все средства для спасения экипажа — в соответствии с указаниями Морфлота».
Однако время шло, и все нарастающий поток транспортов на Кубу не мог ускользнуть от внимания Пентагона. Американцы энергично принялись выяснять характер перевозимого груза. Начались облеты судов самолетами. Чтобы лучше разглядеть, что же находится па палубах советских транспортов, американцы летали на столь малой высоте, что едва не задевали верхушки мачт.
Лихачество не осталось безнаказанным. В конце сентября США понесли свою первую потерю в надвигающемся кризисе. Облетая теплоход «Ленинский комсомол», не справился с управлением и врезался в волны американский патрульный самолет. Тем временем благополучно завершили свой переход из Североморска на Кубу транспорты «Индигирка» и «Александровск», за передвижением которых следили особо, в трюмах «Индигирки» и «Александровска», перевозились ядерные боеголовки.
А Кеннеди продолжал стягивать кольцо своих сил вокруг острова. Вооруженные силы США получили приказ об открытии ответного огня по кубинским кораблям и самолетам на поражение в случае, «если они будут обстреливать транспортные средства США в нейтральных водах и воздушном пространстве».
На кубинской военно-воздушной базе Сан-Хулиан в это время уже в спешном порядке выгрузили из контейнеров и собрали шесть первых машин Ил-28 морской авиации. Помимо обычных бомб и торпед каждый Ил мог брать к себе на борт и атомную бомбу мощностью в двенадцать килотонн. Таких бомб в боезапасе полка было шесть. А ведь каждый удачно нанесенный ядерный удар означал неминуемый конец любого, даже самого мощного, американского авианосного соединения. Остатки растерзанных атомными взрывами эскадр должны были добивать ракетные катера, также уже доставленные на остров. Два их дивизиона базировались на порт Мариель, а один на Банес. Успешно был перевезен на Кубу и полк ракет «Сопка». Ракетные дивизионы быстро заняли позиции на острове Пинос, в Санта-Крус-дель-Норте, Сьенфуэгосе и Банесе, надежно прикрыв все десантоопасные направления. К «Сопкам» тоже доставили ядерный боезапас, не оставив тем самым американским морским пехотинцам ни одного шанса на успех.
Активизация американской авиации, начавшей облет почти каждого идущего к Кубе судна, вызвала озабоченность руководства Министерства обороны СССР и правительства. 25 сентября на заседании Совета Обороны было решено во избежание обострения ситуации в Атлантике отменить поход на остров формирующейся эскадры надводных кораблей и отряда вспомогательных судов из состава Северного, Балтийского и Черноморского флотов.