Прежде всего надо было отразить новое наступление польских войск. Магнаты Речи Посполитой не отказались от своих планов захвата Российского государства. Сигизмунд III и его сын Владислав, собрав войско в 1300 всадников польской шляхты и 3 тысячи немецких ландскнехтов, в конце ноября из Смоленска двинулись к Москве. В Вязьме к королю присоединились остатки войска гетмана Ходкевича.

Население и гарнизоны русских городов оказывали интервентам героическое сопротивление. Польский король пытался взять Волок Ламский (Волоколамск), но три штурма его войска успешно отразил гарнизон этой крепости, который возглавляли казачьи атаманы Нелюб Марков и Иван Епанчин. Город не сдался. Даже маленький городок Погорелое Городище устоял против натиска интервентов. Вновь большое беспокойство им доставили партизанские отряды из вооруженных крестьян, которые своими действиями держали поляков в постоянном напряжении.

В конце ноября к столице подошло посольство Сигизмунда III с тысячным отрядом. Польский король настаивал на «законных правах» королевича Владислава и добивался его воцарения на русском престоле. Пожарский в переговоры с посольством вступать не стал, а отряд был разгромлен и отогнан от Москвы. Между тем наступили морозы. Сигизмунд не имел средств вести зимнюю кампанию. В довершение всего высланный из Москвы под Волок Ламский большой конный отряд русских войск совместно с местными повстанческими отрядами народных мстителей в двухдневном бою разбил отборное войско короля, потерявшего только пленными более тысячи человек. К тому же короля смутили показания дворянина Философова из рати Пожарского, захваченного поляками. Этот патриот на допросе под пытками умышленно преувеличил численность народного ополчения и уверял в том, что русские люди скорее умрут, чем признают иноземного королевича. Похвальбы Сигизмунда III «великое Российское государство под себя и под Польшу… привести» не осуществились. Узнав о капитуляции кремлевского гарнизона, король ушел обратно в Польшу.

После освобождения Кремля Пожарский поселился в кельях Воздвиженского монастыря, вблизи лагеря земского ополчения. Князь Дмитрий Трубецкой поспешил занять большой дворец, построенный для царя Бориса Годунова. Они вместе с испытанным соратником князя Дмитрия «выборным человеком» Кузьмой Мининым и составляли московское правительство. Теперь под властью «Совета всея земли» находилась почти вся территория страны, за исключением захваченных польскими интервентами западных пограничных волостей, оккупированной шведами Новгородской земли и Юго-Восточного Поволжья, весьма отдаленных от Москвы.

Решая государственные дела, Пожарский и Минин в Смутное время проделали большую организаторскую работу в целях очищения Московского государства от вооруженных отрядов польских и русских «воров». Это были и остатки войска Ходкевича, и отряды других польских панов, и люди атамана Ивана Заруцкого. Едва гетман 24 августа отступил от Москвы, как из его войска ушли казаки и часть шляхтичей, которые отправились на север грабить незащищенные русские города. 22 сентября они напали на богатый торговый город Вологду. Там их не ждали, и «воры» захватили богатую добычу.

Подобных разбойных отрядов поляков, «черкасов» и казаков зимой 1612/13 года по стране ходило немало. Например, в районе Белоозера и Каргополя находился отряд пана Просовецкого, под Старицей и Устюжкой — казачьего атамана Наливайко. В Сольвычегодске разорял и грабил местное население отряд атамана Яицкого. Несколько польских отрядов действовало в Кашинском, Угличском и Костромском уездах. На пути их движения оставались сожженные посады, села и деревни, разоренные и посеченные мирные жители. В декабре 1612 года поляки захватили Путивль, а Гонсевский в январе 1613-го пытался захватить Осташков. На юге страны бесчинствовала бежавшие из-под Москвы казачьи отряды Ивана Заруцкого.

Для борьбы с ними Пожарский снаряжал отряды ополченцев во главе с опытными воеводами, организовывал самооборону на местах. Во вновь освобожденные города и уезды из Москвы назначались новые, надежные воеводы. Одновременно руководители ополчения принимали срочные меры для пополнения русских войск и снабжения их вооружением, одеждой и продовольствием. В рассылаемых грамотах требовалось отправлять в Москву служилых людей «с готовыми запасами на службу», а население городов и сел призывалось к вооруженной борьбе с интервентами и разбойными шайками.

Много безвестных народных героев сложили свои головы при защите родной земли в Смутное время. История донесла и обессмертила имя одного из них. В начале марта 1613 года крестьянин деревни села Домнино близ Костромы Иван Осипович Сусанин был насильственно взят проводником польским отрядом. Костромской крестьянин, сознательно идя на смерть, завел отряд иноземцев в 60 конников в непроходимое лесное болото, где они и погибли, замерзнув. Погиб и Сусанин, зарубленный шляхтичами. Его подвиг стал примером для многих патриотов Российского государства.

Сильно беспокоила военная опасность со стороны Швеции. Новгород и прилегающие к нему земли оставались в руках шведского наемного войска под командованием Делагарди. Не имея достаточных сил для его изгнания, Пожарский стремился посредством переговоров удержать шведов от захвата других северных городов.

Швеция, как и польский король, под предлогом отсутствия на Руси царя стремилась посадить на русский престол своего королевича. В Москву прибыли шведские послы во главе с Богданом Дубровским и заявили, что королевич Карл-Филипп уже прибыл в Выборг и собирается в Новгород, где он хочет венчаться на царство русское. На это предложение послы получили достойный ответ князя Дмитрия Пожарского: «Того у нас и на уме нет, чтобы нам взяти иноземца на Московское государство… мы рады с вами… биться и идти на очищение Новгородского государства».

В конце 1612 года шла подготовка по решению «Совета всея земли» всенародного избрания на престол нового русского царя. Это должен был сделать Земский собор. В пригласительных грамотах предлагалось прислать от каждого города с уездом по «десяти лучших и разумных» людей из всех сословий населения.

Всего в Москву съехалось свыше 600 членов Земского собора, который начал заседать в середине января 1613 года. Почти все его члены настаивали на избрании царя из русских княжеских и боярских родов. Разгорелись споры. Родовитая знать предлагала кандидатуры князя Федора Мстиславского и князя Ивана Голицына. Казаки настаивали на князе Дмитрии Трубецком. Лишь 7 февраля стало ясно, что большинство членов Земского собора высказываются за шестнадцатилетнего Михаила Романова. На его избрании настаивали дворяне — наиболее многочисленная группа собора, которых поддерживали сторонники Романовых среди боярства и казачества. Кандидатуру Михаила поддержали и влиятельные круги православной церкви.

23 февраля 1613 года Земский собор провозгласил Михаила Романова русским царем. 11 июля того же года произошло царское венчание в Успенском соборе. Новый самодержец и его ближайшее окружение понимали, что не видеть бы роду Романовых царского престола, если бы войско Пожарского не очистило Москву от врагов. Члены собора и народ требовали признания заслуг выборного земского воеводы. Царь подписал указ о даче боярства двум стольникам: царскому родственнику князю Ивану Черкасскому и воину-освободителю князю Дмитрию Пожарскому.

На другой день царь пожаловал «выборного человека» Кузьму Минина в думные дворяне. Ему, как и Пожарскому, обязана была Москва своим освобождением. Теперь он заседал в Боярской думе — высшем совете Российского государства. Выше его по званию там стояли только бояре и окольничие. В течение 1614–1616 годов Кузьме Минину было не раз вверено «сбережение» Москвы во время отъезда царя. Он подписывал все грамоты и другие важные государственные документы. Но московская знать всегда помнила о посадском происхождении думного дворянина.

Поселившись в Москве на постоянное жительство, Кузьма Минин часто выезжал по государственным делам как представитель Боярской думы в самые отдаленные города России.