В 1841 г. Бэр получил приглашение читать курс сравнительной анатомии в Петербургской медико-хирургической академии, где он работал в тесном содружестве с талантливым хирургом Н. И. Пироговым и сделал много полезного для улучшения преподавания.
18 (30) августа 1864 г. Академия наук торжественно отпраздновала пятидесятилетний юбилей научной деятельности Бэра и выбила в его честь медаль с его профилем. Вокруг ободка медали — надпись на латинском языке: «Начав с яйца, он показал человеку — человека».
Спустя три года Бэр вышел в отставку и остаток своих дней провел на покое в Дерпте (Тарту), где он когда-то окончил университет. Он умер 16 (28) ноября 1876 г., 84 лет от роду. Родина почтила его тремя памятниками, из которых один поставлен в Дерпте, а два других — в Ленинграде (в здании Зоологического музея Академии наук СССР и в здании Библиотеки Академии наук СССР). В 1928 г. Академия наук ознаменовала столетие со дня избрания Бэра академиком торжественным заседанием и устройством выставки. В 1951 г. исполнилось 75 лет со дня смерти Бэра.
Живя по стечению обстоятельств довольно долго на чужбине, Бэр оставался русским патриотом. Он стремился вернуться на родину и сделал это при первой возможности. Всю свою остальную жизнь он с честью служил интересам России и, занимаясь наукой, старался принести как можно больше пользы своей родной стране. Он повторял это неоднократно, и нет сомнения, что его обширная экспедиционная работа, зачастую сопряженная с лишениями и опасностями, была продиктована этим желанием. К простым русским людям Бэр относился с большим сочувствием и ценил высокие моральные качества русского народа, о чем не раз заявлял печатно. Будучи человеком прогрессивного образа мыслей, антирелигиозным по своим убеждениям, противником крепостного права и самовластия царских чиновников, Бэр разделял передовые взгляды русской интеллигенции. Недаром его другом и единомышленником был такой человек, как Н. И. Пирогов — знаменитый врач и прогрессивный педагог.
Взгляд на Бэра, как на чужеземца, служившего по найму в России, поддерживаемый буржуазной немецкой печатью, является совершенно ложным; можно только пожалеть, что этот взгляд иногда встречается еще и у нас. Внимательное изучение жизни и деятельности Бэра совершенно опровергает это измышление. Бэр был настоящим русским гражданином и патриотом.
Перейдем теперь к рассмотрению деятельности Бэра как сторонника изменчивости видов, предшественника Дарвина. Наш великий ученый был в течение всей своей долгой жизни сторонником трансформизма, но в разное время высказывал это убеждение по-разному, почему в литературе этот вопрос освещен сбивчиво и неясно. Пишущий эти строки в течение нескольких лет изучал взгляды Бэра по материалам его личного архива (который хранится в фондах архива Академии наук СССР) и поэтому может представить этот вопрос в более полном виде.
Впервые Бэр выступил с изложением своих взглядов на происхождение видов и связь их между собою в двадцатых годах XIX в., будучи молодым профессором зоологии. След этих его выступлений остался в виде текста докладов, которые он делал в местных научно-просветительных обществах. Доклады эти, за исключением одного, самого позднейшего, не были в свое время напечатаны, но сохранились в рукописном виде в личных бумагах Бэра. К этому же времени относится сочинение Бэра, посвященное систематике животных, которое начало печататься в 1819 г., но не вышло в свет вследствие материальных затруднений автора.
Эти материалы показывают, что Бэр был сторонником идеи эволюции животного мира в очень широком масштабе. Он с осуждением относился к искусственным системам в зоологии и старался найти основу для построения естественной системы. Такой основой для него служило истинное родство отдельных групп животных друг с другом. Родство это, по мнению Бэра, надо устанавливать на основании не каких-либо отдельных признаков, но всей совокупности данных о строении животных. При этом Бэр, как и Кювье, особо важное значение придавал строению нервной системы, которая, по его мнению, является лучшим критерием для наиболее удачного классифицирования животных.
Таким образом, Бэр считал, что животный мир состоит не из отдельных, изолированных неизменных видов, как думали в то время почти все зоологи, но из родственно связанных между собою групп, причем высшие формы произошли от более простых и несложных.
Эту кровную связь Бэр представлял себе не в виде одного восходящего ряда форм — от простейших до человека, наподобие ступеней лестницы. По Бэру, эта связь гораздо сложнее и скорее может быть представлена в виде ветвей дерева, отходящих от общего ствола. В своей незаконченной книге о классификации животных Бэр даже набросал вчерне подобную схему, представив родство животных графически. Основная линия эволюции идет, по Бэру, от простейших, через кишечнополостных, иглокожих и моллюсков — к хордовым. Для хордовых основным стволом эволюции являются рыбы, которые связаны с млекопитающими через китообразных и ластоногих. Конечно, это была ошибка, которая объясняется недостаточным знанием о строении и развитии животных в науке того времени. Рептилии и птицы, по Бэру, представляют боковые ветви эволюционного ствола.
В другой своей работе, относящейся к 1825 г., носящей название «О родстве животных», Бэр сделал попытку представить наглядно родственные отношения между различными группами класса млекопитающих. Он показал при этом, что между типичными представителями отрядов млекопитающих имеются формы менее типичные, обладающие признаками, которые сближают их с соседними отрядами. Бэр называет такие формы «пограничными». Таким образом, между типичными группами имеются переходы. В целом, наш ученый представлял себе филогенетические отношения млекопитающих следующим образом: основным стволом являются хищные, которые дают много пограничных форм; от этой группы, по выражению Бэра, «идет мост» к насекомоядным, а от последних — к грызунам; с другой стороны, хищные связаны с ластоногими и китообразными через такие формы, как выдра, тюлень, дельфин и т. д.; наконец, от хищных же, — говорит Бэр, — «отходит мост к копытным через крота, ежа и множество иноземных форм».
Эти мысли Бэра о связи через переходные формы хищных с ластоногими и хищных с копытными, а также грызунов с насекомоядными, высказанные в то время, когда палеонтология и сравнительная анатомия млекопитающих находились еще в начале своего развития, следует считать замечательным научным предвидением.
В одном своем докладе, относящемся к 1822 г. и озаглавленном «Как развилась жизнь на земле», Бэр подходит к этому же вопросу с точки зрения истории Земли. Все данные, какие имеются по этому вопросу, — говорит Бэр, — «показывают нам, каким образом при образовании живого организма последний по мере развития своих частей делается все совершеннее, и позволяют предполагать, что, при согласном ходе природы во всех операциях, сперва образовались на земле простейшие организмы и что человек замыкает этот ряд… Если это справедливо, — говорит автор, — то история животного мира должна быть древнее, чем история человечества, а история земли древнее, чем история животного мира».
Таким образом, Бэр вносит в изучение животного мира исторический критерий, т. е. рассматривает вопрос с эволюционной точки зрения.
Опираясь на данные геологии и палеонтологии — науки об ископаемых организмах, — Бэр рисует перед глазами слушателей картину постепенного развития жизни на Земле в различные геологические периоды. При этом он решительно отбрасывает всякую мысль об участии в этом деле каких-либо проявлений сверхъестественных высших сил. Жизнь на Земле возникала естественным путем: «Естествознание, — говорит Бэр, — не может видеть ничего кроме земли (разрядка моя. — Б. Р.) в качестве производительницы всего на ней живущего».
По словам Бэра, жизнь на Земле не могла возникнуть, пока не образовались твердая поверхность, вода и атмосферный воздух. В самых низших слоях Земли не сохранилось никаких следов органических остатков. Очевидно, был длинный период, когда поверхность нашей планеты была необитаема. Потом появились низшие организмы, не похожие на ныне живущих. Постепенно возникали существа, имеющие все более совершенно строение. Автор останавливается на описании ископаемых кораллов, моллюсков, иглокожих и т. д. Позднее появились существа, имеющие позвоночный столб. Бэр упоминает о многочисленных древних пресмыкающихся и под конец описывает некоторых известных тогда ископаемых млекопитающих — мегатерия, мастодонта, эласмотерия, палеотерия, аноплотерия и, наконец, мамонта, на котором останавливается более подробно. Обезьяны и человек появились, по словам Бэра, в позднейшую эпоху.