Зимой пришло известие о смерти дяди, Василия Дмитриевича. Первой о несчастье узнала Лиза и сообщила Дмитрию: «Любезный брат Митенька. Я у Жуковских (петербургских родственников жены брата Ивана. — М. Б.) и узнала печальную весть, что добрый наш дядюшка умер, которого числа не знаю еще, и так вновь Господь послал нам горе и лишил нас родного и благодетеля нашего, но да будет воля Божия, прошу тебя, приходи в воскресенье к обедни в Мариинскую больницу, там буду служить панихиду по доброму дядиньке. Я так много плакала, что сегодня сильно болит голова, да, теперь еще менее средств жизни у нас, помощи тетеньки нельзя и надеяться, но что делать, сегодня пишу к ним. Приходи же в воскресенье к обедни, будь здоров и не забывай сестру Елизавету Менделееву». Сиротский страх больной девушки был напрасным — Надежда Осиповна будет их поддерживать и после смерти мужа.

Между тем о Василии Дмитриевиче скорбели не только его родственники. Из некролога, подписанного Погодиным: «Конечно, многие не только в Москве, но и в разных концах России помнят истинно Русское хлебосольство В. Д. Корнильева. Он не был литератором, но был другом и приятелем многих литераторов и ученых. Наука и Словесность возбуждали в нем искреннее к себе уважение. Во всяком общественном деле, которое касалось пользы Искусства, Науки, Литературы, он был всегда верным, всегда готовым участником, на которого заранее можно было положиться. Всякий деятельный журнал, всякая замечательная современная русская книга имели в нем усердного чтеца и покупателя. Хлебосольство было для него радостию жизни; гости за столом — весельем, украшавшим его семейное счастие. Если же в числе их хозяин угощал у себя профессора, писателя, художника, то казался еще счастливее. Сам всегда скромный и умеренный в суждениях, он оживлялся их беседою и вкушал ее как умственную пищу. Семейные его качества ценит его семья, которая осталась после него безотрадною… Прощай же, добрый человек. Мир праху твоему! Благодарим тебя за твою русскую хлеб-соль, за твой всегда радушный привет гостям, за твою готовность к участию во всяком общественном деле и за твое доброе сердце…» Что касается фамильной корнильевской иконы, то, по всей видимости, Мария Дмитриевна успела оставить распоряжение о возвращении ее законному наследнику, поскольку известно, что после смерти Василия Дмитриевича его вдова отдала икону в Алексеевский монастырь, на кладбище которого он был похоронен.

Переписка живших по соседству брата и сестры была связана не только с закрытостью учебного заведения, в котором учился Дмитрий. Петербургский климат оказывал на них явно губительное воздействие. У Лизы после переезда обострилась чахотка, а Митя с начала учебного года страдал болями в груди и обильными горловыми кровотечениями, из-за которых он целыми месяцами не покидал институтского лазарета. Все, кто видел Менделеева в этот период, отмечали его крайнюю болезненность. А. Ф. Брандт, сын одного из профессоров, знавший Менделеева студентом, писал: «Он представлялся нам настолько больным, что при встрече впоследствии с уже признанным ученым он мне казался выходцем с того света. Во всяком случае, никак нельзя было ожидать, что судьба на этот раз смилостивится над великим русским гением и даст ему дожить до почтенного старческого возраста». Институтский врач Кребель полагал, что у юноши последняя стадия чахотки, и однажды во время больничного обхода, подведя директора института И. И. Давыдова к постелям Менделеева и его однокашника Бётлинга, сказал: «Ну, эти двое не встанут». Проснувшийся Дмитрий услышал свой приговор, однако сел на кровати и, спросив разрешения, достал тетради, чтобы тут же углубиться в занятия. Добросовестный Кребель добился того, чтобы больного юношу проконсультировал придворный медик, опытнейший профессор Медико-хирургической академии Николай Федорович Здекауэр, и тот с сожалением подтвердил страшный диагноз. Правда, окончательно его могла подтвердить только смерть больного. А он, хилый и двужильный одновременно, продолжал жить и учиться.

Руководство института начало ходатайствовать о переводе казеннокоштного студента Менделеева на тот же факультет Киевского университета Святого Владимира в надежде, что благодатный малороссийский климат замедлит бурный ход его болезни. Решение о переводе было получено, но больной студент отказался покидать стены института. Он уже нашел здесь своих профессоров, которые, в свою очередь, видели в нем своего лучшего ученика. Прервать эту связь для Менделеева было, по всей видимости, хуже смерти. Даже уход из жизни сестры Лизы через полтора года после смерти матери не заставил Дмитрия изменить отношение к собственному здоровью. Конечно, молодой Менделеев не мог не понимать, что раз отец и три сестры погибли от чахотки, то у него, по всей видимости, плохая наследственность. Однако он всё более погружался в странное состояние, в котором болезнь и сиротство сплетались с трудом познания так тесно, что, проникая друг в друга, рождали ни с чем не сравнимое чувство бесстрашной свободы.

«1851 и до выхода болел, но работал много в больнице. Доктор Кребель. Товарищ Бётлинг, вместе со мной кровью харкал и, заболевши, скончался. Меня считали отпетым. Ф. Ф. Брандт, Степ. Сем. Куторга и Ал. Абр. Воскресенский много о мне заботились. У Брандта учил летом детей. С Шиховским ботанизировал. Одно лето провел в Млёве (на Мсте), Тверской губ. Директор Ив. Ив. Давыдов напрасно осуждается, человек добрый и внимательный. Еще лучше инспектор Александр Никитич Тихомандрицкий», — вспоминал Менделеев.

Главным своим институтским учителем Дмитрий Иванович всегда называл Александра Абрамовича Воскресенского. Основательный, лишенный всякого внешнего блеска Воскресенский сделал для него, пожалуй, больше, чем все остальные преподаватели, в число которых входили настоящие научные светила того времени. Александр Абрамович помог самолюбивому юноше побороть врожденную застенчивость и по-хозяйски уверенно встать к лабораторному столу. Дмитрий чувствовал к Воскресенскому особое доверие, потому что Александр Абрамович тоже был земляком отца и вообще имел с Иваном Павловичем много схожего. Отец Воскресенского был дьяконом и рано умер, оставив жену с детьми без средств существования. После окончания духовного училища и Тверской духовной семинарии, где будущий профессор учился за счет епархии, талантливый юноша поступил в Главный педагогический институт, давший ему возможность стать одним из самых известных отечественных химиков, по сути, основоположником русской химической школы. Серьезный ученый и настоящий педагог, Воскресенский, к счастью, оказался и понятным, близким человеком для только что осиротевшего юноши. Их дружба продолжалась до самой смерти Александра Абрамовича. О том, какой это был ученый и человек, лучше всех сказал сам Дмитрий Иванович в любовно написанной биографии «дедушки русской химии»: