Даже бурный роман с богатым предпринимателем Саввой Морозовым был изначально запланирован В. И. Лениным и Л. Б. Красиным, чтобы выкачать из него побольше денег на революцию. Андреева и сама была заинтересована в этой интрижке — в творческом плане. Под покровительством влюбленного мецената она могла прочно занять ведущее место на театральных подмостках Москвы. Не оставляя ни подпольной, ни сценической деятельности, Мария Федоровна окунулась в создание Московского художественно-общедоступного театра, где она должна была быть единственной примой. Морозов выделил на строительство 500 тыс. рублей и стал совместно с В. И. Немировичем-Данченко содиректором и крупнейшим пайщиком МХТ. Ради прекрасных глаз возлюбленной Саввушка влезал не только в финансовые дела театра, но и в репертуар, требуя для своей обожаемой Машеньки главных ролей. Станиславский, понимая «полезность» Андреевой, соглашался с требованиями щедрого мецената, а Немирович-Данченко отстаивал негласную царицу Художественного театра и свою ученицу О. Книппер-Чехову.

Конечно, Марию Федоровну это очень обижало, ведь она по праву была соучредительницей театра, участвовала в подготовке Устава, привлекала меценатов, договаривалась с подрядчиками. Станиславский спокойно переложил на ее плечи ведение рутинных дел и целиком отдался творчеству. Андреева несколько лет мужественно выполняла эти обязанности, лишь бы играть ведущие роли в профессиональном театре. За шесть сезонов она с боем отстояла для себя 15 главных ролей в пьесах Чехова, Островского, Гауптмана, Ибсена, Шекспира. Пресса превозносила ее до небес. Театральный критик С. Глаголь после возобновленной постановки «Потонувшего колокола» писал: «Г-жа Андреева, чудесная златокудрая фея, то злая, как пойманный в клетку зверек, то поэтичная и воздушная, как сказочная грёза». А С. Васильев в газете «Новости» добавлял, что в роли Оливии «она была так изящна и красива, настолько соответствовала шекспировскому образу, что напрашивалась на полотно художника».

Этапной ролью в творчестве Андреевой стал образ Кете в пьесе Гауптмана «Одинокие» (1899 г.) — в нем с особой силой проявилось ее лирическое дарование. В этой роли она выходила на сцену 73 раза. Известная актриса В. Л. Юрьева вспоминала свое впечатление от игры Марии Федоровны: «Я до сих пор помню лицо Кете после самоубийства Иоганнеса: Кете падает на пол с зажженной свечой, и пламя играет в ее расширенных, застывших от ужаса глазах. Вообще М. Ф. Андреева в этой роли была так трогательно беспомощна, нежна и прекрасна, что обычное сравнение страдающей женщины со сломанным цветком на этот раз вполне выражало то, что видела публика».

Актриса была несравненной Ириной в «Трех сестрах» Чехова, необузданной, демонической Эддой Габлер, сказочным Лелем, тоскующей по любви Верой Кирилловной («В мечтах» Немировича-Данченко)… В сезоне 1902–1903 гг. доминирующее положение в театре с подачи Андреевой и Морозова заняли пролетарские пьесы Горького. В «Мещанах» роли ей не нашлось. Режиссеры утверждали, что ее внешние данные не подходят для изображения людей из народа. Но в пьесе «На дне» Мария Федоровна потребовала и получила роль Наташи. Писательница Щепкина-Куперник говорила, что все герои спектакля «целиком вырваны из жизни и перенесены с Хитровки на сцену. А посреди них, как цветок на пожарище, Наташа — Андреева, кутающаяся в свой длинный платок».

Но все чаще и чаще до Марии Федоровны доходили слухи, что она актриса «полезная», а О. Книппер — «до зарезу необходимая». Излишнее самолюбие не позволяло ей ужиться с не менее талантливой актрисой, а тем более уйти на второй план. Интриги с ее стороны и вмешательство Морозова только накаляли обстановку. Савва Тимофеевич и Немирович-Данченко — два содиректора — даже перестали здороваться. Андреева с возмущением и обидой писала Станиславскому, что он ее неправомерно обвиняет «в небрежном отношении к театру» и в том, что она стала «банальной актрисой». «Мое самолюбие не раз приносилось в жертву, раз это было нужно вам или делу». Конечно, и Станиславский, и Немирович-Данченко часто бессовестно эксплуатировали неотразимую красоту актрисы и поощряли ее связь с Морозовым, пока театр становился на ноги. А теперь Константин Сергеевич, не задумываясь, обидел Андрееву, написав ей в письме: «Отношения Саввы Тимофеевича к Вам — исключительные. Это те отношения, ради которых ломают себе жизнь, приносят себя в жертву, и Вы знаете это и относитесь к ним бережно и почтительно. Но знаете ли Вы, до какого святотатства Вы доходите? Вы хвастаетесь публично перед посторонними тем, что мучительно ревнующая Вас Зинаида Григорьевна (жена Морозова) ищет Вашего влияния над мужем. Ради актерского тщеславия Вы рассказываете направо и налево о том, что Савва Тимофеевич, по Вашему настоянию, вносит целый капитал… ради спасения кого-то. Если бы Вы увидели себя со стороны в эту минуту, Вы согласились бы со мной…» Конечно, это было правдой. Но упрекнул ее в этом человек, спокойно получающий деньги из ее рук, которые Морозов давал только ради своей несравненной Машеньки.

Разрыв Андреевой с театром был горьким, ведь она стояла у истоков его создания, отдавала все силы служению сцене. Да, ее не хватило полной мерой на творчество. Мария Федоровна была натурой увлекающейся и верящей в свое актерское предназначение, она не понимала, как можно жить только одним театром, когда вокруг бурлят политические страсти, не могла спокойно выходить на сцену, зная, что товарищи по подполью гниют в тюрьмах. Революционная деятельность притягивала Андрееву как магнитом, щекотала нервы, требовала не меньшей отдачи, чем сцена. Мария Федоровна ушла из театра (1904 г.), написав Станиславскому — человеку, который так много значил в ее актерской судьбе: «Художественный театр перестал быть для меня исключением, мне больно оставаться там, где я так свято и горячо верила, что служу идее… Я не хочу быть брамином и показывать, что служу моему богу в его храме, когда сознаю, что служу идолу, и капище только лучше и красивее с виду. Внутри него — пусто». Конечно, она преувеличивала, но обида клокотала в ней. Напоследок она сумела рассорить Станиславского и Немировича-Данченко и, громко хлопнув дверью, увела за собой Морозова. Савва Тимофеевич демонстративно вышел из правления театра, впрочем, он еще не догадывался, что для любимой Машеньки он тоже пройденный этап.

Актриса увлекла его планами создания нового театра совместно с Горьким, труппой Комиссаржевской и антрепризой Незлобина, с которой она играла в Старой Руссе. Эту идею по многим причинам осуществить не удалось. Андреева выступала в провинциальных театрах, по-прежнему пользовалась огромным успехом у зрителей и прессы, но после отточенных постановок МХТ наспех готовящиеся спектакли не удовлетворяли ее. Да и роль провинциальной актрисы не соответствовала ее амбициям. Кроме того, Мария Федоровна избрала для себя сцену политической борьбы. Ей импонировали экстремальные условия жизни — пароли, явки, обыски, спасение раненых большевиков (Баумана). И во всем ей помогал Морозов: субсидировал издание ленинской «Искры», газет «Новая жизнь» в Петербурге и «Борьба» в Москве, нелегально перевозил типографские шрифты, прятал и устраивал на работу на своих фабриках наиболее ценных товарищей — словом, собственными руками «рыл яму» своему делу.

Безоглядно влюбленный Савва Тимофеевич даже не заметил, как между Марией Федоровной и его другом А. М. Горьким вспыхнуло настоящее чувство. Андреева познакомилась с Алексеем Максимовичем еще в 1900 г. в Ялте, как и в случае с Морозовым — по поручению Ленина, чтобы привлечь к революционной деятельности пролетарского писателя. «Наша дружба все больше крепла, — писала Андреева, — нас связывали общность во взглядах, убеждениях, интересах. Мало-помалу я входила во все его начинания, знала многих, стоявших к нему более или менее близко. Он присылал ко мне людей из Нижнего с просьбами устроить их, сделать то или другое… Я страшно гордилась его дружбой, восхищалась им бесконечно…» «Любезный Саввушка» был потрясен, когда на одном из приемов он прочитал дарственную надпись к поэме Горького «Человек»: «У автора поэмы крепкое сердце, из которого любимая женщина может сделать каблучки для своих туфель». Экземпляр принадлежал Андреевой. Это был жестокий удар по чувствам Морозова, но ради счастья любимой женщины он был согласен и на роль друга.