Освоив доступную в Киеве книжную премудрость, семнадцатилетний Елисей-Феофан, с благословения знавшего его с раннего детства Киевского митрополита Варлаама Ясинского, отправляется в Европу для пополнения знаний, по пути зарабатывая себе на пропитание. В 1698 году он оказался во владениях Речи Посполитой, на Волыни. Чтобы получить рекомендации и поступить в католическое учебное заведение, он формально переходит в униатство и принимает постриг в Битевском василианском монастыре, получив новое имя Самуил. В иезуитском коллегиуме во Владимире-Волынском он преподает поэтику и риторику, параллельно овладевая католической теологией и совершенствуясь в польском языке. Получив положительные рекомендации, он пешком, с остановками во Львове, Вене, Венеции и Флоренции, добирается до папского Рима.
В Вечном городе Самуил-Елисей Церейский три года слушал лекции в иезуитском коллегиуме св. Афанасия, специально открытом для принявших католицизм молодых людей из православных стран. Его имя в регистрах этого заведения значится с 14 ноября 1698 года. Самуил глубоко изучает античную классику, обстоятельно знакомится с западной теологической и философской литературой, посещая огромную, собиравшуюся не одно столетие Ватиканскую библиотеку. При этом он все более утверждается в мысли о том, что Аристотель и Фома Аквинский, при всем их величии, все же принадлежат прошлому, поэтому их авторитет, восстановленный в католической церкви во времена Контрреформации, не должен препятствовать развитию свободного, критического исследования, успехи которого во всех сферах знания продемонстрировала западная наука и независимая от схоластического богословия рационалистическая философия XVII века.
Подметившие особую одаренность Самуила Церейского иезуиты пытались соблазнить его блестящей карьерой в Ватикане, ему даже разрешили пользоваться секретными фондами библиотеки и слушать лекции не только в коллегии св. Афанасия, но и в Collegium Romanum. Такой чести удостаивались немногие!
В октябре 1701 года состоялась публичная защита диссертации Самуила, на которой присутствовал сам папа Римский Климент XI. Соискатель продемонстрировал столь блестящие познания, что ученый совет сразу, минуя магистерское звание, присвоил ему степень доктора богословия.
Но затем случилось неожиданное: в ночь на 28 октября 1701 года Самуил Церейский исчез из Рима. Найти его так и не смогли, но спустя некоторое время Ватиканская библиотека получила экземпляр изданного в Киеве памфлета «Описание иезуитов» некоего Феофана Прокоповича, в котором раскрывались и бичевались лживость, лицемерие и ханжество членов этого ордена, тонкие и изощренные методы воздействия на людей, к которым там прибегали. Эту сторону деятельности иезуитов мог знать лишь тот, кто сам жил в Риме и ежедневно общался с ними. Авторство сомнений не вызывало…
Тайком покинув Папскую область, Самуил-Елисей попал в трудное положение. Опасаясь быть разоблаченным вездесущими иезуитами, ему с величайшими предосторожностями пришлось выбираться из Италии. В Европе разгоралась война за испанское наследство, в которой Франция престарелого Людовика XIV, пытавшегося посадить на трон в Мадриде своего внука, противостояла Австрии, опиравшейся на союз с Нидерландами и Англией. Надо было возвращаться домой, минуя театры боевых действий. Пришлось выбирать самый трудный, но наименее опасный в военном отношении путь — через Альпы. В конце 1701 года он преодолел уже покрытый снегом перевал Сен-Готард, перезимовал в Швейцарии и с наступлением весны отправился в Австрию, затем обошел многие университетские города Германии, свободный и веротерпимый дух которых покорил его. Протестантская установка на самостоятельное, свободное от навязываемых авторитетов постижение Библии в сочетании с уважительным отношением к независимому от догматов научному знанию с этого времени навсегда вошла в душу Елисея-Самуила.
Пора было возвращаться домой. В 1702 году, уже в Украине, в Почаевской лавре, незадолго перед тем прославившейся на весь христианский мир героической обороной от турецких полчищ, Самуил отрекся от униатства и возвратился в лоно православной церкви.
Маскарад кончился: униатство открыло ему доступ к твердыне католицизма, и киевский юноша вполне освоил все его премудрости и тайны, тщательно скрываемые от посторонних глаз. В 1704 году, вступая в Киевское братство, он принял монашество. Отказавшись от своего униатского монашеского имени Самуил, он берет имя воспитавшего его дяди и называет себя Феофаном Прокоповичем.
По поручению ректора Киево-Могилянской академии Иннокентия Покровского и с благословения митрополита Варлаама Ясинского, знавшего и ценившего Феофана с детских лет, он сразу же становится профессором пиитики, а через два года и риторики в этом прославленном заведении. Академик Санкт-Петербургской академии наук Теофил Байер написал о Прокоповиче: «Науки методом новым, ясным и доступным излагать начал, которыми все поколения к гуманизму и великодушию будил». Критикуя в своих лекциях схоластику, Прокопович пытается сблизить философию с естествознанием, опытом, идеологической борьбой того времени.
Расцветает и литературный талант Феофана Прокоповича. Особый успех имела его трагикомедия «Владимир», на премьере которой 5 июня 1705 года присутствовал прибывший в Киев гетман Иван Мазепа. В конфликте князя-крестителя и невежественных языческих жрецов-шарлатанов нетрудно было уловить отголоски борьбы, которую Петр I в России и И. Мазепа в Украине вели с представителями консервативного лагеря. В ней едко высмеивались обскурантизм и умственная леность, четко проводилась мысль о том, что как во времена Владимира Русь нуждалась в христианском обновлении, так и теперь необходимы реформы, направленные на ее европеизацию. Гетман был в восторге от драмы. С этого момента у них с Прокоповичем установились доверительные отношения.
В 1706 году в Киев для осмотра городских укреплений (ввиду приближения к Днепру театра боевых действий затяжной Северной войны) пожаловал сам Петр I. По поручению ректора Феофан Прокопович 5 июля 1706 года выступил перед царем с торжественной речью. Составленная по всем правилам ораторского искусства, она не уступала тем, которые царю доводилось слышать от Стефана Яворского. Но на этот раз внимание самодержца было сосредоточено сугубо на военных задачах и аллегорические славословия мало занимали его. Тем не менее знакомство киевского интеллектуала и российского монарха состоялось.
В 1707 году Феофан занял вторую (после ректора) по значимости должность в Академии, став ее префектом. Тогда же он начал читать подготовленный им полный курс философии, а вскоре взял на себя труд по разработке и чтению курса теологии.
Богословские произведения Ф. Прокоповича того периода отмечены критичностью, рационалистичностью и историчностью, отражающими усвоение приемов современной ему западной теологии и философии. «Катехизис» Прокоповича, изданный Георгием Конисским, сыграл впоследствии важную роль в полемике православных с униатами.
В размеренную академическую жизнь врывались вихри Северной войны. В сентябре 1708 года Карл XII повернул войска на Украину и к концу года, соединившись с незначительными, пошедшими за И. Мазепой силами казаков, расположился на левом берегу Днепра между Киевом, Полтавой и Харьковом. Перевес сил был явно на стороне Петра, тем не менее военный гений шведского короля многим казался бесспорным, и потому исход войны оставался неясным до самого Полтавского сражения.
Киевские профессора и церковные иерархи, теснейшим образом связанные с Иваном Мазепой на протяжении всех лет его четвертьвекового гетманства, были к нему весьма расположены. Однако и они не ожидали от этого осторожного, расчетливого, умудренного опытом человека столь резкой смены политической ориентации. После разгрома А. Меншиковым шведского корпуса Левенгаупта под Лесной и последующего уничтожения гетманской столицы Батурина скорее можно было ожидать победы Петра. Киев с примыкающей к нему Печерской лаврой превратился в мощную крепость, в которой располагался сильный российский гарнизон. Времени и сил для осады города у Карла XII не оставалось. Поэтому если часть киевлян и поддерживала И. Мазепу в идее о создании независимого, ориентированного на союз со Швецией украинского государства, публично это никак не проявлялось. И когда после Полтавской «виктории» опьяненный успехом царь вступил в древний город, раскинувшийся на днепровских кручах, население во главе с высшим духовенством и руководством Киево-Могилянской академии встречало его триумфально.