Приветствуя царя в Софийском соборе, Феофан Прокопович блеснул не просто приевшимся царю красноречием, но и концептуальной глубиной произносимых фраз. Никто ранее столь ясно и красочно не формулировал государственные задачи, никто не мог столь убедительно возвестить миру о том, какой хотел видеть Россию царь. С этого дня Феофан Прокопович приобрел в лице российского самодержца могущественного покровителя.
В 1711 году Петр I отправился в неудачный для него Прутский поход против турок. В походе царя сопровождал Феофан Прокопович, оставивший стихи, посвященные этой кампании. Месяцы, проведенные в обстановке боев и военных тягот, окончательно сблизили их. В 1712 году вернувшийся в Киев тридцатилетний профессор был назначен ректором Киево-Могилянской академии и, по установившейся традиции, игуменом Братского Богоявленского монастыря. Эта вершина послужила Феофану Прокоповичу трамплином для последующей карьеры всероссийского масштаба. В 1713 году Феофан пишет панегирическую «Историю Петра Великого от рождения до Полтавской баталии», приведшую царя в восторг.
Сам Феофан, более для вида, нежели искренне, подчеркивал свое желание стоять в стороне от государственных дел. Он не мог не понимать, какие опасности подстерегают его на тех вершинах власти, к которым он приблизился. Как человек творческий, он высоко ценил имевшуюся у него в Киеве возможность заниматься философско-богословскими изысканиями и литературной деятельностью, чередуя их с лекциями по им самим избранным предметам.
Однако в Киеве человеку его масштаба уже было тесно, а с падением И. Мазепы Украина сохраняла лишь видимость прежней автономии. Поэтому Прокопович не мог устоять против искушения власти и, получив от Петра приглашение явиться ко двору, отправился в северную столицу. В октябре 1716 года он уже выступал с проповедями в Александро-Невской лавре, поражая российскую публику красноречием, эрудицией и глубокомысленными рассуждениями.
Впечатления от созданного на болоте по царской воле города, а еще более от уровня образованности его жителей были безрадостными, и Феофан весьма саркастически описывал их в посланиях своим киевским друзьям. Тем не менее он быстро сориентировался в расстановке сил и, всецело поддерживая Петра, намерения которого искренне разделял, довольно скоро вошел в круг доверенных лиц государя, бесспорно превосходя всех знаниями и масштабом мышления.
С этого времени Ф. Прокопович становится первым советником царя в вопросах реорганизации церкви и распространения образования, постепенно отодвигая на второй план Стефана Яворского, тогдашнего местоблюстителя патриаршего престола, пытавшегося обвинить Феофана в протестантской «ереси». Стефан был сторонником сохранения патриаршества, тогда как Петр хотел закрепить власть государства над церковью по образцу протестантских стран и планировал учреждение прямо подчиненного ему Св. Синода.
Считая католицизм главным врагом православия, Прокопович видел в протестантах естественных союзников, широко заимствуя у них антипапистские аргументы. К тому же протестанты выгодно отличались искренностью и живым стремлением самостоятельно постичь библейские истины, контрастируя с ханжеством и лицемерием, с которыми молодой Феофан столкнулся в Риме.
В церковных вопросах Ф. Прокопович был полностью на стороне царя в его противостоянии косной старомосковской боярско-церковной оппозиции. В свою очередь, царь-реформатор остро нуждался в этом образованном и широко мыслящем человеке, знакомом с порядками в государствах Европы.
По мере усиления влияния Феофана росло и количество его врагов, неизменно упрекавших Прокоповича в еретическом отступничестве от православия в сторону протестантизма. Их лагерь состоял не только из московских бояр и священнослужителей, но и из киевлян, занявших при Петре высокие посты в государстве и церкви (таких, к примеру, как Гедеон Вишневский, Маркелл Радышевский или ставший ректором Московской Славяно-греко-латинской академии Феофилакт Лопатинский).
В Киеве у Феофана появлялись многочисленные энергичные сторонники и последователи. Среди них особо следует назвать его ученика в Киево-Могилянской академии Якова Маркевича, сына лубенского полковника Андрея Маркевича. Яков был женат на дочери влиятельного черниговского полковника Павла Полуботка, провозглашенного после Ивана Скоропадского гетманом Украины (но позже замученного в Петербурге). Из писем Ф. Прокоповича к Якову Маркевичу многое можно узнать о его настроениях и обстоятельствах жизни после переезда в северную столицу.
Находясь в гуще политических событий, Ф. Прокопович не мог оставаться в стороне от громкого, потрясшего основы дворцовой жизни, дела царевича Алексея. В отличие от связанного с консервативными боярско-церковными кругами С. Яворского, пытавшегося умилостивить гнев монарха и выхлопотать прощение опальному престолонаследнику, Ф. Прокопович решительно поддержал Петра, концептуально обосновав не только право единоличной власти царя, но и необходимость подчинения церковных структур самодержавной воле.
Фактически Ф. Прокопович, опираясь на современные ему теории государственного права и учитывая давние традиции Московского царства, создал и обосновал концепцию российского просвещенного абсолютизма, заложенного Петром I, укрепившегося при Елизавете и расцветшего в годы правления Екатерины II. Эта концепция стала идейным фундаментом государственной системы Российской империи, и не вина Ф. Прокоповича в том, что далеко не все монархи, побывавшие на петровском престоле, действительно были просвещенными и достойными венца и скипетра.
Просвещенный абсолютизм в первые века Нового времени был явлением общеевропейским и без него встряхнуть, просветить и реорганизовать Московское царство, привить ему азы западной образованности и вывести его на уровень передовых европейских стран в военно-политическом и культурном отношении было невозможно. Сочетание самодержавной воли с просвещенностью и политическим рационализмом персонифицировалось в близости Петра и Феофана.
Литературная и ораторская деятельность Ф. Прокоповича с его переездом в Петербург всецело была направлена на разработку политических, церковных и культурно-просветительских программ петровских времен. Первостепенное значение в этом плане имело его «Слово о власти и чести царской» (1718), посвященное обоснованию идеи неограниченной власти монарха как персонификации абсолютистского государства и правомочности суда над царевичем Алексеем. В предисловии к «Морскому уставу» (1719) и в «Слове похвальном о флоте российском» (1720) Феофан доказывал необходимость создания и укрепления русского флота, прославляя его победы.
В 1718 году Ф. Прокоповича назначили епископом Псковским и Нарвским. Эта должность была почетной и необременительной, к тому же предполагала его постоянное нахождение в Петербурге рядом с Петром. В 1719–1720 годах Феофан работает над «Духовным регламентом», в котором обосновывает новую для России систему управления церковью во главе с подчиненным государю Св. Синодом вместо патриарха. В одном из писем Я. Маркевичу он сообщал:
«Наконец я написал для главной церковной Коллегии, или Консистории, Постановление, или Регламент, где содержатся следующие восемь глав: а) причины, по которым постоянное синодальное управление предпочитается управлению церкви одним лицом, то есть патриархом; б) правила общие для христиан всяческого чина; в) правила для епископов; г) правила для академии, семинарии, также для учителей и проповедников; д) правила для пресвитеров, диаконов и пр.; е) правила для монахов; ж) правила для мирян, насколько они подлежат церковному управлению; з) наконец, правила для самих президентов и асессоров коллегии. Всех правил почти триста».
Это был философско-публицистический труд, обосновывающий необходимость и задачи церковной реформы и подводящий под нее теоретическую базу в виде переработанных в монархическом духе положений утверждавшихся в Европе того времени понятий естественного права.