Сначала кодекс включал в себя 28 статей.

Первая статья определяла способ, которым учреждение трибунала будет оповещено в том месте, где он устанавливался.

Вторая статья предписывала обнародование в местной церкви указа, сопровождаемого угрозой церковных кар тем, кто, совершив преступление ереси или вероотступничества, добровольно не донесет сам на себя до истечения дарованного льготного срока, а также тем, кто воспротивится выполнению мероприятий, предписанных трибуналом.

Третьей статьей была определена продолжительность так называемого «льготного срока» в один месяц. Это срок, данный еретикам для объявления самих себя, чтобы предупредить этим конфискацию их имущества (однако это не исключало денежного штрафа, к которому они могли быть приговорены).

В четвертой статье было сказано, чтобы добровольные признания, совершаемые во время месячного льготного срока, делались письменно, в присутствии инквизиторов и секретаря, да еще так, чтобы виновные давали ответы на все вопросы, обращенные к ним. Согласно этой статье, прежде всего виновный должен был назвать своих соучастников и тех, о вероотступничестве которых он знает.

Пятая статья запрещала давать тайно отпущение тому, кто сделает добровольное признание, за исключением единственного случая, когда никто не знает о его преступлении и следует опасаться его огласки.

Шестая статья устанавливала, что часть епитимьи того, кто примирится с Церковью, должна состоять в лишении его возможности занимать почетные должности, а также использовать золото, серебро, жемчуг, шелк и тонкое полотно.

Седьмая статья налагала денежные штрафы на всех, кто сделал добровольное признание.

Восьмая статья гласила, что добровольно кающийся, который явится со своим признанием уже после истечения льготного срока, не может быть избавлен от конфискации своего имущества.

В девятой статье было сказано, что если лица моложе двадцати лет явятся, чтобы сознаться, по собственному желанию, но после истечения льготного срока, и если будет доказано, что они вовлечены в заблуждение своими родителями, то достаточно наложить на них легкую епитимью (публичное ношение в течение года или двух лет санбенито и т. п.).

Десятая статья налагала на инквизиторов обязанность объявлять в их акте примирения время, когда примиренный впал в ересь, чтобы знать, какая часть его имущества принадлежит конфискации.

Одиннадцатая статья гласила, что если содержащийся в секретной тюрьме трибунала еретик, движимый истинным раскаянием, попросит отпущения, то ему можно его даровать, наложив на него в виде епитимьи кару пожизненного заключения.

Двенадцатой статьей утверждалось, что, если инквизиторы подумают, что в случае, указанном в предыдущей статье, признание кающегося притворно, они должны отказать ему в отпущении и объявить его лжекающимся.

Тринадцатой статьей было постановлено, что, если человек, получивший отпущение после своего добровольного сознания, будет хвастать, что скрыл разные преступления, или из собранных сведений станет ясно, что он совершил их большее количество, чем то, в котором он покаялся, его следует арестовать и судить как лжекающегося.

Четырнадцатая статья гласила, что если уличенный обвиняемый упорствует в своих отрицаниях даже после оглашения свидетельских показаний, то он должен быть осужден как нераскаявшийся.

На основании пятнадцатой статьи, когда против отрицающего свое преступление обвиняемого существовала полуулика, он должен был подвергнуться пытке. Если во время пытки он признает себя виновным и затем подтвердит свое признание, то его наказывали как уличенного; если он отказывался от подтверждения, его подвергали вторично той же пытке или присуждали к чрезвычайному наказанию.

Шестнадцатой статьей было запрещено показывать обвиняемым полную копию свидетельских показаний; можно было только давать им понятие о том, что на них было донесено, оставляя их в неведении об обстоятельствах, которые могли бы им помочь узнать свидетелей.

Семнадцатая статья предписывала инквизиторам лично допрашивать свидетелей, когда это для них не невозможно (эта статья была трудновыполнима, так как свидетели и судьи почти всегда находились в разных местах государства).

Восемнадцатая статья велела одному или двум инквизиторам присутствовать при пытке, которой должен подвергнуться подсудимый, кроме случая, когда, будучи заняты в другом месте, они должны обращаться к комиссару для получения показаний, если пытка все-таки должна быть применена.

На основании девятнадцатой статьи, если после вызова в суд согласно предписанным формам обвиняемый не явится, он должен быть осужден как уличенный еретик.

Двадцатая статья гласила, что, если доказано книгами или поведением умершего человека, что он был еретиком, он должен быть судим и осужден как таковой; его труп должен быть вырыт из земли, все его имущество конфисковано в пользу государства, в ущерб его законным наследникам.

Двадцать первой статьей инквизиторам было приказано распространить свою юрисдикцию на сеньориальных вассалов. Если сеньоры откажутся ее признать, то к ним следовало применить церковные кары и другие наказания.

В двадцать второй статье было сказано, что если человек, присужденный к выдаче в руки светского суда, оставляет несовершеннолетних детей, то им даруется государством, в виде милостыни, небольшая часть конфискованного имущества их отца и что инквизиторы обязаны доверить надежным лицам заботу о их воспитании и христианском просвещении.

На основании двадцать третьей статьи, если еретик, примиренный в течение льготного срока, без конфискации имущества, имел собственность, происходящую от лица, которое было присуждено к этой каре, то эта собственность не должна была включаться в закон прощения.

Двадцать четвертая статья обязывала давать свободу христианским рабам примиренного, когда не было конфискации, ввиду того, что король даровал свою милость только на этом условии.

Двадцать пятой статьей запрещалось инквизиторам и другим лицам, причастным к трибуналу, получать подарки под страхом верховного отлучения и лишения должности, присуждения к возврату и к штрафу в размере двойной стоимости полученных вещей.

Двадцать шестая статья предлагала должностным лицам инквизиции жить друг с другом в мире, без стремления к превосходству, даже со стороны того, кто облечен властью епархиального епископа; в случае какого-либо раздора главному инквизитору поручалось прекращать его без огласки.

Двадцать седьмой статьей инквизиторам было рекомендовано старательно следить за своими подчиненными, чтобы они были точными в исполнении своих обязанностей.

Двадцать восьмая статья предоставляла мудрости инквизиторов рассмотрение и обсуждение всех пунктов, не предусмотренных в основных законах.

М. В. Барро в своем очерке о Торквемаде характеризует кодекс инквизиции следующим образом: «Первые три пункта говорили об устройстве трибуналов, о публикации приговоров против еретиков и отступников и назначали „отсрочку милосердия“ для желающих сознаться и обратиться. Шесть последних установили порядок чинопочитания среди инквизиторов, остальные девятнадцать охватили все случаи инквизиционного процесса. Кто сознается до срока, тот мог рассчитывать на помилование, если выдавал других еретиков. Начиная с одиннадцатого пункта, инструкция говорила о еретиках упорных. Если такой еретик сознавался после долгого сидения в тюрьме, то его осуждали на вечное заключение».

О так называемой «отсрочке милосердия» (месячном сроке еретикам для добровольного объявления самих себя) И. Р. Григулевич в своей книге «Инквизиция» пишет следующее: «Всем „новым христианам“, повинным в отступничестве, за добровольную явку в священный трибунал, сознание и отречение было обещано прощение и сохранение имущества. Те, кто попадался на эту удочку, должны были купить свое спасение ценой гнусного предательства, сообщая своим палачам имена, положение, местожительство и прочие приметы всех известных им „вероотступников“ или подозреваемых в вероотступничестве лиц. Эти показания, в конечном итоге, не спасали малодушных от костра, так как, расправившись с упорствующими вероотступниками, инквизиция расправлялась также с этими своими пособниками».