К осени 1918 года обстановка в Сибири резко осложнилась. Это было связано с активизацией в этом регионе Белого движения и появлением его нового лидера в лице вице-адмирала А.В. Колчака, который 4 ноября в поезде английского генерала Альфреда Нокса, одетый в гражданское платье, прибыл в Омск и стал военным и морским министром так называемой Уфимской директории. До сих пор достоверно не известно, какие силы стояли за плечами адмирала, хотя о нем и написано немало книг. Полярный исследователь, прекрасный минный офицер (командир минной дивизии Балтийского флота), командующий Черноморским флотом, в начале июня 1917 года он был отстранен от должности Временным правительством и покинул мятежную Россию. Побывал в Англии и США, тесно пообщался с контрреволюционными кругами, осевшими в Харбине, и только после этого появился в Сибири. А.В. Колчаку было поручено объединить все контрреволюционные силы, действовавшие в то время
в Сибири, на Дальнем Востоке и в Маньчжурии, создать из них белогвардейскую армию и двинуть ее против Советской России.
Но сил для решения такой объемной и сложной задачи было явно недостаточно. В октябре 1918 года белочешские войска и части так называемой «народной армии», созданной Комучем, под ударами Красной армии покатились дальше на восток. Город за городом переходил в руки советских войск. 3 октября была освобождена Сызрань, 7 октября — Самара. В первой половине ноября части Красной армии вернули Ижевск и Воткинск. Успешно развивалось наступление на Уфу, Оренбург и Уральск.
В связи с поражениями на фронте началось моральное разложение вражеских войск и заколебался их тыл. Армия Комуча таяла с каждым днем. Большие потери несли и белочехи. Так, 16 октября 1918 года главнокомандующий белогвардейскими войсками на Восточном фронте генерал Болдырев записал в своем дневнике: «На Самарском фронте плохо. Чехи деморализованы, наши — тоже. Опять появились офицеры-"беженцы". Очень тяжелое положение создается для Уральского войска и Оренбурга. Помочь почти нечем». Дело шло к полному поражению белогвардейских сил в Сибири и на востоке страны.
В Вашингтон, Париж, Лондон, Токио полетели с Урала и из Сибири телеграммы о помощи. «Чехи в буквальном смысле били в набат. Я наблюдал их усилия в Вашингтоне накануне своего отъезда оттуда… Чехи сознавали, что они гибнут в Сибири, и не стеснялись это заявлять», — писал впоследствии в своих «Воспоминаниях» управляющий министерством иностранных дел Колчака Сукин.
В этих условиях, совершив переворот, 18 ноября А.В. Колчак принял титул Верховного правителя Российского государства и звание главнокомандующего. В своем обращении к населению в этот день он писал: «Всероссийское Временное правительство распалось. Совет министров принял всю полноту власти и передал ее мне, адмиралу русского флота Александру Колчаку. Принял крест этой власти в исключительно трудных условиях гражданской войны и полного расстройства государственной жизни, объявляю, что не пойду ни по пути реакции, ни по гибельному пути партийности. Главной своей целью ставлю создание боеспособной армии, победу над большевизмом, установление законности и правопорядка, дабы народ мог беспрепятственно избрать себе образ правления, который он пожелает, и осуществить великие идеи свободы, ныне провозглашенные по всему свету».
Для реализации этих замыслов на территории Урала, Сибири и Дальнего Востока была установлена военная диктатура. После этого началось реформирование всей белогвардейской армии, действовавшей на этой территории.
Следует напомнить, что к концу осени 1918 года в руках белогвардейцев и интервентов на востоке страны продолжала оставаться огромная территория. Они удерживали основную часть Урала и оренбургской губернии. Под их властью находились Сибирь, Дальний Восток и большая часть Степного края (Казахстан), а именно: Акмолинская, Семипалатинская, Тургайская и Уральская области. На этой территории проживало около 22 миллионов человек. Наряду с русскими, составлявшими большинство населения, здесь обитали башкиры, татары, киргизы, буряты, якуты и многие другие народы.
Достаточно хорошо была развита и экономика указанного района. Здесь контрреволюция располагала важным уральским промышленным центром с большим количеством фабрик, заводов, рудников, копей. На Урале добывалось много угля, железа, меди и других металлов. В Сибири и на Дальнем Востоке имелись платина, золото, серебро, медь, свинец, марганец, огромные запасы каменного угля. Так, только в 1912 году в Сибири и на Дальнем Востоке было добыто около 3 тысяч пудов золота. Эти территории были богаты хлебом, мясом, рыбой, драгоценной пушниной.
Основным тылом Колчака была Сибирь, откуда белогвардейцы черпали основные силы. В Сибири в то время проживало более 8 миллионов человек населения, из которых 1 миллион приходился на народы нерусской национальности. Около 90 % населения жили в деревнях и традиционно выступали сторонниками частной собственности. Хозяйство сибирских крестьян в массе своей было мелкотоварным. Однако в нем значительный удельный вес, более, чем в Европейской России, занимали крепкие крестьянские хозяйства. Так, накануне Первой мировой войны Сибирь давала ежегодно более 70 миллиона пудов товарного хлеба и вывозила около 4,5 миллионов пудов продукции животноводства. Получить этот важный источник продовольствия для советской власти было очень важно.
Значительную часть населения Урала, Сибири и Дальнего Востока составляли казаки, являвшиеся в большинстве своем вместе с зажиточными крестьянами главной опорой колчаковщины. В Сибири и на Дальнем Востоке их насчитывалось 550 тысяч. Организационно казаки были объединены в шесть казачьих войск: Сибирское, Енисейское, Иркутское, Забайкальское, Уссурийское и Амурское. Казаки, несмотря на проникшее в их ряды «революционное» разложение, в большинстве своем были сторонниками традиционно сложившегося на из землях уклада, русской государственности и с большим уважением относились к своим командирам и воинским начальникам.
Кроме людских и природных богатств в руках А.В. Колчака и созданного им правительства оказался немалый золотой запас, который летом 1918 года был захвачен белочехами в Казани и передан затем белогвардейцам. Легенд об этом золотом запасе очень много. Но, по всей видимости, он был огромный. Так, известно, что за оружие и другие материальные ценности только в 1919 году Англии было передано 2883 пуда золота, Японии — 2672, США — 2118, Франции — 1225, а всего — более 9200 пудов золота. Таким образом, есть все основания говорить о том, что материальное положение колчаковских войск в конце 1918 года было достаточно прочным.
На основе всего вышеизложенного А.В. Колчаку и его ближайшим помощникам удалось к концу 1918 года на западе развернуть несколько объединений, которые официально назывались армиями. По советским источникам, общая численность этих сил достигала 85 тысяч человек. Но реально их численность была намного меньшей. Белочешскими и белогвардейскими войсками командовал чешский генерал Ян Сырова.
Также следует напомнить, что тыл белогвардейских войск в Сибири и на Дальнем Востоке был очень неспокойный, там активно действовали просоветски настроенные партизаны из числа революционно настроенных солдат, рабочих и крестьян. Они, как правило, выступали под лозунгом борьбы за восстановление на их землях советской власти. Но чаще всего это движение носило стихийный, нередко бандитский характер. В частности, вооруженные отряды крестьян осуществляли охрану родных деревень и сел. Нередко они совершали налеты на города, и железнодорожные стации. Также партизанами контролировались дороги и грабились обозы. Поэтому белогвардейцам постоянно приходилось отвлекать значительные силы с фронта для охраны своего тыла и борьбы с партизанами.
Со стороны «красных» к концу 1918 года на Восточном фронте также сложилась достаточно четкая организация войск, которая с небольшими изменениями существовала до конца Гражданской войны.
Во главе Восточного фронта стоял Революционный военный совет (РВС), который включал трех членов: командующего (С.С. Каменев) и двух политических комиссаров. Руководство войсками осуществлялось полевым управлением, в состав которого кроме Реввоенсовета входили штаб фронта, политический отдел, управление снабжений фронта, инспекторы по различным родам войск, военный контроль и ревтрибунал. Практически все ключевые должности, кроме политических, в полевом управлении фронта занимали военспецы из числа офицеров старой русской армии.