Но вскоре внутри комиссии начались разногласия. М.В. Фрунзе не поддерживал действия многих членов комиссии и докладывал об этом В.И. Ленину. В частности, в одном из писем он сообщал: «…дело с Комиссией обстоит скверно и по личным моментам. Элиава определенно заявляет, что он в силу состояния здоровья не будет летом работать в Туркестане. Рудзутак стремится в Москву, заявляя, что его туда требует центр. Голощекин норовит туда же, оскорбляясь тем, что Туркестан не оценивает его талантов».

Командующему вновь создаваемого Туркестанского фронта М.В. Фрунзе было поручено в короткие сроки разгромить Южную армию Колчака, подавить контрреволюцию оренбургского и уральского белоказачества и присоединить этот край к Советской России.

18 августа Михаил Васильевич отдал приказ о своем вступлении в должность командующего Туркестанским фронтом. Членом Революционного военного совета фронта стал старый знакомый по совместной службе в Южной группе Восточного фронта Валериан Владимирович Куйбышев.

Военно-полевое управление войсками осуществлялось Реввоенсоветом Туркестанской республики и его главным штабом. До завершения операций в Оренбургской и Уральской областях управление Туркестанского фронта и сам М.В. Фрунзе оставались в Самаре. В Туркестан (в Ташкент) Михаил Васильевич послал состоявшего в его распоряжении Ф.Ф. Новицкого с небольшим числом сотрудников. В ноябре 1919 года РВС Туркестанской республики и главный штаб войск были преобразованы в РВС и штаб Турквойск. И только с приездом в Ташкент большей части органов управления Туркфронта штаб турквойск в апреле 1920 года был преобразован в штаб Туркестанского фронта. Вначале начальником штаба был назначен А.А. Балтийский, которого время от времени подменял Ф.Ф. Новицкий. С 18 марта 1920 года эту должность занимал А.К. Андерс, затем — П.В. Благовещенский.

В состав Туркестанского фронта вошли 1-я (Г.В. Зиновьев), и 4-я (Г.К. Восканов) армии, а также все войска, находившиеся на территории Туркестана. Практически это были разрозненные отряды, не подчиненные единому штабу и действовавшие в отдельных районах и на отдельных направлениях, сформированные из добровольцев, из мобилизованных рабочих, членов профсоюзов и отдельных частей Красной гвардии. Поэтому одним из главных вопросов для командования Туркестанского фронта в период его создания было строительство армии.

М.В. Фрунзе сразу же поставил вопрос о создании армии на регулярных началах. По его приказу все войска, действующие в Туркестане, были сведены в дивизии. Позже по этому плану было развернуто несколько стрелковых и кавалерийских дивизий. Но процесс формирования крупных воинских соединений завершить так и не удалось.

Так, Первая Туркестанская стрелковая дивизия начала формироваться в Самаре в конце октября 1919 года из частей 1-й армии, находившихся в Оренбурге и Актюбинске. В ноябре того же года в состав этой дивизии были введены войска так называемого Закаспийского фронта. И только в мае 1920 года начало функционировать штатное управлении этой дивизии. Но 13 июня оно было расформировано, а бригады переданы в непосредственное подчинение управления 1-й армии.

Первая Туркестанская кавалерийская дивизия начала формироваться с середины декабря 1919 года также в окрестностях Самары, а завершала формирование уже в конце мая 1920 года в районе Самарканда. Но использовалась она чаще всего отдельными отрядами, численностью от роты до батальона. Другие соединения также существовали только на бумаге.

Таким образом, М.В. Фрунзе начал свою работу в качестве командующего Туркестанским фронтом, практически не имея в своем распоряжении организованной системы войск. В то же время нужно признать, что перед ним не было и организованного противника. В то же время наличие на территории многих небольших отрядов противников советской власти, их умение и готовность вести партизанскую войну, условия этого края, граничившего с сопредельными государствами, и многое другое делали эту задачу достаточно сложной.

Будучи назначенным командующим Туркестанским фронтом, Михаил Васильевич столкнулся с новыми для себя проблемами. В их число входили проблемы политического, экономического, социального и даже дипломатического характера.

Так, 6 февраля 1920 года в телеграмме на имя В.И. Ленина он пишет: «Прибыл в Актюбинск. Условия передвижения неописуемые, поезд два раза терпел крушения. Дорога в ужаснейшем состоянии. Начиная от Оренбурга все буквально замерзает. На топливо разрушаются станционные постройки, вагоны и прочее. Бедствия усиливаются свирепствующими буранами и заносами. Кроме воинских частей работать некому, а части раздеты и разуты. Сейчас смотрел актюбинский гарнизон, насчитывающий до трех тысяч человек и представляющийся в удручающем виде…»

На первый план выдвигались хозяйственные задачи. Ради их решения М.В. Фрунзе 13 января 1920 года отдает приказ «О переводе 4-й армии и войск укрепленных районов на решение важнейших хозяйственных задач». Под укрепленными районами он понимает места дислокации отдельных воинских частей (Уральский, Оренбургский, Актюбинский), которые должны были подчиняться тылу Туркестанского фронта и выполнять хозяйственные работы.

Опыта решения таких проблем у Михаила Васильевича не было. Но решать их приходилось не в мирных условиях, а в условиях ожесточенной вооруженной борьбы, причем самого сложного вида вооруженного конфликта — гражданской войны и в условиях региона, где отношения между православными и мусульманами, составлявшими основные контрреволюционные силы, как правило, не складывались.

Войска, возглавляемые М.В. Фрунзе, наступали на Туркестан с рубежа реки Урал, из района Уральска и Оренбурга в направлении на Актюбинск и далее на юго-восток. В это время непосредственно на территории Туркестана уже действовали разнообразные революционные формирования. В их числе были части, прибывшие ранее из России (Казанский полк), части, сформированные из бывших военнопленных (так называемые интернациональные), различные территориальные формирования Красной гвардии, мусульманские части, сформированные из добровольцев, и другие. Все эти части входили в состав какой-либо группы или «фронта». Существовали в районе Аральского моря Казалинская группа, в районе Семипалатинска — Сергиопульская группа, в районе Верного — Семиреченский фронт, в районе Бухары и Асхабада — Закаспийский фронт. Все эти силы действовали в отрыве от войск Туркестанского фронта, практически в окружении противника. На каждом фронте и в группе был свой командующий, подбиравший себе заместителей и штаб по собственному усмотрению. Во главе всех сил, находившихся в Туркестане, стоял главком, имевший главный штаб в Ташкенте. Безусловно, что и состав и боеспособность этих сил были очень разные.

Поэтому главной задачей М.В. Фрунзе стало объединение с революционными силами, находившимися в Туркестане. Войска М.В. Фрунзе наносили главный удар вдоль железной дороги Оренбург — Ташкент. Навстречу им продвигались части Каза- линской группы. 13 сентября они соединились. Дорога на Ташкент была открыта.

После этого из всех сил, имевшихся в Туркестане, Михаил Васильевич сформировал три стрелковые дивизии, поставив во главе верных ему людей. После этого данные дивизии были нацелены главным образом на борьбу с басмачеством.

Нужно признать, что особо крупных сил противника в Туркестане не было. Главным противником Красной армии было местное казачество и различные государственные образования (эмираты). Но казачество было приковано к местам проживания, семьям. И, лишившись этих корней, быстро теряло боеспособность. Эмираты представляли собой отсталые феодальные образования, которые не могли иметь передовых по тому времени армий.

В целом советские войска в Туркестане наступали успешно. Можно говорить о множестве войсковых операций. Большинство из них было придумано советскими историками значительно позже. На деле же они представляли собой продвижение войск

Красной армии в условиях слабого сопротивления противника. Об этом говорят незначительные потери советских войск. И уже 5 января 1920 года М.В. Фрунзе докладывал В.И. Ленину о взятии Гурьева.