Прошло более года, как Неронов сослан был в отдаленную Кандалакшскую обитель. И хотя приказано было держать его там на цепи и не давать ему чернил, но он и оттуда в 1655 г. имел письменные сношения с царским духовником Вонифатьевым и с братьями Плещеевыми в Москве и прислал за своею рукою какие-то тетради архимандриту переславльского Данилова монастыря Тихону. Десятого же числа августа того же года Неронов бежал из своего заточения с тремя своими работниками и духовными детьми. На пути с честию был принят архимандритом Соловецкого монастыря Илиею и, снабженный всем потребным в дороге, отпущен на богомольной ладье. Не доезжая до Архангельска, вышел на берег и с одним из работников пешком отправился в Москву, куда и прибыл благополучно, между тем как два остальные работника, пошедшие другою дорогою, были задержаны в Холмогорах и заключены в темницу. В Москве Неронов остановился прямо у царского духовника Вонифатьева и много дней жил у него тайно от патриарха; виделся здесь с многими своими единомышленниками и сам посещал их дома. Вонифатьев доложил о приходе Неронова государю, и государь не только не сказал о том Никону, а еще послал грамоту в Холмогоры, чтобы освободили из темницы двух работников Неронова. Таким образом, Вонифатьев и царь, хотя по-видимому держали сторону Никона в деле исправления книг, но тайно покровительствовали и Неронову в его противодействиях Никону. В 25-й день декабря 1655 г., т.е. на самый праздник Рождества Христова, Неронов пострижен был в монашество архимандритом переславльского Данилова монастыря Тихоном в соборной монастырской церкви по совету и по собственноручной отписке государева духовника, протопопа Стефана, и наречен Григорием. После пострижения прожил еще сорок дней у протопопа Стефана в келье, у Благовещения Пресвятой Богородицы, что у государя на сенях. А потом, в начале февраля 1656 г., удалился на житье в Спасо-Ломовскую Игнатиеву пустынь, где погребены были его родители и куда нередко ездил он и в прежнее время. Между тем Никон, как только получил известие о побеге Неронова из Кандалакшского монастыря, повсюду разослал свои приказы и гонцов, чтобы схватить его, строго наказал игумена и иноков Кандалакшского монастыря и даже архимандрита Соловецкого монастыря Илию, но все наказания и поиски не привели ни к чему. Никон узнал о местопребывании Неронова, когда уже он, сделавшись иноком, поселился в Игнатиевой пустыни. Патриаршие боярские дети немедленно явились туда, чтобы взять беглеца, но он удалился в соседнюю весь Телепшино, где крестьяне скрыли его и не захотели выдать посланным от патриарха, несмотря на все их усилия, и даже оскорбили их. Тогда-то Никон решился созвать Собор в Москве, чтобы судить Неронова заочно. Собор состоялся 18 мая 1656 г., в воскресный день после Вознесенья. На Соборе вместе с патриархом Никоном присутствовал и Антиохийский патриарх Макарий - и это было уже последнее личное участие его в тогдашних Соборах наших, потому что чрез десять дней он уехал из Москвы на родину, щедро наделенный царем и нашим патриархом. Присутствовали также митрополиты: Никейский Григорий, Молдавский Гедеон, а из русских Новгородский Макарий, Казанский Корнилий, Ростовский Иона, архиепископы: Суздальский Иосиф, Тверской Лаврентий, Астраханский Иосиф, Псковский Макарий и епископ Коломенский Александр, также множество архимандритов, игуменов, протопопов, попов и дьяконов. Неронову вменили в вину то, что он: а) будучи сослан в монастырь, не испросил себе прощения у святого Собора, но бежал из монастыря и, обходя тайно разные места, возмущает не утвержденные в вере души; б) написал многое ложное о государе царе Алексее Михайловиче, о патриархе Никоне и о всех четырех Вселенских патриархах, отметаясь греческого православия, и укорил старые святые книги, писанные на хартиях за двести, триста, пятьсот и более лет; в) не испросив благословения и не примирившись с святою Церковию, постригся от своего единомысленника, архимандрита переславльского Данилова монастыря Тихона (это второе лицо из монашествующего духовенства, открыто присоединившееся к четырем протопопам, враждебным Никону). Вследствие всех означенных вин Собор судил отсечь Неронова с его единомысленниками от святой Церкви и постановил: "Иван Неронов, иже ныне в чернцах Григорий, и с своими единомысленники, иже не покоряющеся святому Собору, от Святыя Единосущныя Троицы и от св. Восточныя Церкве да будут проклята". И если Собор Московский 1656 г., начавшийся 23 апреля и закончившийся 2 июня, изрек анафему, как мы видели собственно на не повинующихся Церкви в сложении перстов для крестного знамения, то настоящий Собор изрек проклятие вообще на единомысленников Неронова как не покоряющихся Церкви во всем, в чем не покорялся Церкви Неронов и в чем доселе не покоряются его последователи, с этого Собора началось действительное отделение русских раскольников от православной Церкви, начался русский раскол.

Инок Григорий Неронов, проживая в Игнатьевой пустыни или скрываясь в другом месте, может быть, и не слышал о соборном на него проклятии. Но когда чрез несколько времени он прибыл в Москву, то близкие к нему люди начали умолять его, чтобы он показался патриарху Никону, хотя другие советовали беречься. Григорий решился идти к Никону, взяв с собою недавно изданную книжку "Скрижаль", которая произвела на него глубокое впечатление. В ней было напечатано, что креститься должно тремя перстами, что о том писали Никону все четыре патриарха, а непокорных предали клятве, и Григорий стал размышлять: "Кто я окаянный? Не хочу творить раздора со Вселенскими патриархами, не буду им противен: ради чего мне быть у них под клятвою?" И 4 генваря 1657 г. пришел Григорий на патриарший двор, стал у крестовой палаты и поклонился Никону, когда он шел к Божественной литургии. Никон спросил: "Что ты за старец?" "Я тот, - отвечал Григорий, - кого ты ищешь, казанский протопоп Иоанн, в иночестве Григорий". Никон пошел в церковь, а Григорий, идя пред ним, говорил: "Что ты один ни затеваешь, то дело не крепко; по тебе будет иной патриарх, все твое дело переделывать станет иная тебе тогда честь будет, святый владыко". Никон вошел в соборную церковь, а Григорий остановился на пороге церковном. По окончании литургии патриарх велел Григорию идти за собою в крестовую. Здесь Григорий начал говорить - "Ты, святитель, приказал искать меня по всему государству и многих из-за меня обложил муками… Вот я пред тобою - что хочешь со мною делать? Вселенским патриархам я не противлюсь, а не покорялся тебе одному… Ты писал на меня, как напечатано в книге "Скрижаль", ко Вселенским патриархам, что мы мятеж творим и противимся тебе в вещах церковных, а патриархи тебе отвечали, что подобает креститься тремя перстами, непокоряющихся же заповедали предать проклятию и отлучению. Если ты с ними согласен, то я этому не противлюсь; только смотри, чтоб была истина: я под клятвою Вселенских патриархов быть не хочу". Никон ничего не отвечал, но молчал. Григорий продолжал: "Какая тебе честь, владыко святый, что всякому ты страшен, и про тебя, грозя друг другу, говорят: знаете ли, кто он, зверь ли лютый, лев, или медведь, или волк? Дивлюся: государевой царевой власти уже не слыхать, а от тебя всем страх, и твои посланники страшны всем более царевых…" И Никон отвечал: "Не могу, батюшка, терпеть". И затем, подавая Григорию челобитные (которые поданы были царю протопопами Аввакумом и Даниилом с братиею), сказал: "Возьми, старец Григорий, и прочти". Григорий продолжал: "Святитель, прежде мы от тебя много раз слышали: греки-де и малорусы потеряли веру, и крепости и добрых нравов у них нет. А ныне то у тебя и святые люди и учители закона. Арсений - чернец порочный; Паисий, патриарх Иерусалимский, писал о нем государю, что он, Арсений, еретик, и велел его остерегаться, потому что многие ереси содержит в себе, был и в Римском Костеле и в еллинском зле. И благочестивый царь, посоветовавшись с патриархом Иосифом, сослал Арсения в Соловецкий монастырь. А ты взял его из Соловецкого монастыря на смуту и устроил его учителем и правителем к печатному тиснению. Есть много свидетелей, что он человек порочный". Никон отвечал: "Лгут-де на него, старец Григорий, то-де на него солгал по ненависти троицкий старец Арсений Суханов, что в Сергиеве монастыре келарь, когда послан был по государеву указу и по благословению Иосифа патриарха в Иерусалим и в прочие государства". Григорий: "Добро было бы тебе, святитель, подражать кроткому нашему Учителю Спасу Христу, а не гордостию и мучением сан держать. Смирен сердцем Христос, Учитель наш, а ты очень сердит". Никон: "Прости, старец Григорий, не могу терпеть". Побеседовав еще несколько в том же роде, Григорий просил указать ему место для жительства. И Никон послал своего боярского сына на Троицкое подворье объявить, чтоб очистили там келью для Григория, и он не нуждался ни в чем, и чтоб за ним не наблюдали, куда он будет ходить и кто к нему будет приходить. Скоро возвратился из похода против шведов государь, и когда после обычной встречи его в соборной церкви (эта встреча происходила 14 января 1657 г.) власти провожали его, то он, увидев тут же старца Григория, весело сказал Никону: "Благослови его рукою". Но Никон заметил: "Изволь, государь, помолчать - еще не было разрешительных молитв". "Да чего же ты ждешь?" - спросил государь и отошел в свои палаты. В следующее воскресенье за литургией Никон приказал ключарю ввести в соборную церковь по заамвонной молитве старца Григория и вопросил его: "Старец Григорий, приобщаешься ли святой соборной и апостольской Церкви?" Григорий: "Не знаю, что ты говоришь; я никогда не был отлучен от Церкви, и Собора на меня никакого не было… Ты положил на меня клятву своею дерзостию по своей страсти, гневаясь на меня, как проклял и черниговского протопопа Михаила и скуфью с него снял за то, что он в "Книге Кирилловой" не делом положил, что христианам мучения не будет…" И Никон, ничего не отвечая, горько плакал и начал читать разрешительные молитвы. Плакал также и Григорий, пока читались над ним разрешительные молитвы, и по разрешении причастился Святых Даров из рук Никона. В тот же день устроил у себя патриарх "за радость мира" трапезу, за которою посадил Григория выше всех московских протопопов, а после трапезы, одарив Григория, отпустил с миром. В следующие дни Григорий, посещая Никона, просил разрешить узников, страждущих ради его, Григория, и патриарх тотчас послал грамоты, чтобы освободили всех их, а Григорию отдал все письма, какие писал он на него, Никона, к царю, к протопопу Стефану и к прочим духовным братиям, и примолвил: "Возьми, старец Григорий, твои письма".