Никон, очевидно, желал искренне примириться с Григорием и, после того как он воссоединился с Церковию и покорился церковной власти, готов был делать ему всякое снисхождение, но не так отвечал ему Григорий. Однажды последний сказал Никону: "Иностранные (греческие) власти наших Служебников не хулят (Неронов разумел Служебники, которых сам держался, напечатанные до Служебника Никонова), но и похваляют". И Никон отвечал: "Обои-де добры (т. е. и прежде напечатанные и новоисправленные), все-де равно, по коим хощешь, по тем и служишь". Григорий сказал: "Я старых-де добрых и держуся" - и, приняв от патриарха благословение, вышел. Вот когда началось единоверие в Русской Церкви! Сам Никон благословил его и дозволил первому и главному вождю появившегося у нас раскола, старцу Григорию Неронову, как только он покорился Церкви, совершать богослужение по старопечатным Служебникам. А Григорий? Он не хотел в душе примириться с Никоном и злобствовал на него. В день великомученицы Татианы, 12 генваря, следовательно, уже 1658 г. царь и патриарх были у всенощной в соборной церкви; тут же был и старец Григорий. Когда Никон пошел в алтарь, чтобы облачаться, государь, сошедши с своего места, приблизился к Григорию и сказал: "Не удаляйся от нас, старец Григорий". А старец в ответ: "Доколе, государь, тебе терпеть такого врага Божия? Смутил всю землю Русскую и твою царскую честь попрал, и уже твоей власти не слышат - от него, врага, всем страх". И государь, как бы устыдившись, скоро отошел от старца, ничего ему не сказав. По окончании службы Григорий сказал патриарху: "Время мне, владыко, в пустынь (Игнатиеву) отыти". И патриарх отпустил его, дав довольную милостыню. Чрез несколько времени, в том же 1658 г., старец Григорий опять приехал в Москву из своей пустыни, и, приняв благословение у патриарха, каждый день приходил в его крестовую и в келью, и был принимаем с честию - так продолжалось много дней. Но неожиданно кто-то донес Никону, будто Григорий сожег новопечатный Служебник, и тотчас ведено было сыскать Григория. Посланные от патриарха не нашли Григория в его доме, но захватили многих находившихся там духовных и мирян, повлекли на патриарший двор, допытывали их и заключили в оковы. Услышав об этом, Григорий, сидевший в то время у Рязанского архиепископа Илариона, поспешил к окольничему Федору Михайловичу Ртищеву и закричал на него: "Иуда предатель! С тобою у меня была речь о том, что следует сжечь новый Служебник, а не дело". Ртищев с клятвою уверял Григория, что не был на него клеветником, и оба отправились к патриарху, бывшему за всенощной в соборной церкви. Когда дело объяснилось, Никон по просьбе Григория немедленно приказал освободить всех взятых в его доме и на другой день послал к Григорию от себя стол, довольно пищи и пития, чтобы угостить невинно пострадавших. В 21-й день генваря 1658 г., за всенощной в Успенском соборе, Никон приказал троить аллилуйю и прибавлять: "Слава тебе, Боже". Григорий, бывший тут же, стал укорять Никона и говорить, что преподобный Евфросин Псковский был у Вселенских патриархов, вопрошая о вещи сей, и заповедал двоить аллилуйю. Никон назвал сказание о Евфросине ложным. Но Григорий не успокоился. Он "умолил успенского протопопа с братиею, чтоб аллилуйю в соборной церкви на крилосах не троили. Те послушали старца, говорили аллилуйю на крилосах по дважды, а в третье: "Слава тебе, Боже". Патриарх же ничего им за это не замечал; только при чтении Псалтиря поддьяк троил аллилуйю по заповеди патриарха. Во все дни старец приходил в соборную церковь, и аллилуйю на клиросах протопоп с братиею говорили по дважды до самого отъезда старца из Москвы. Патриарх же во все дни посылал столы к старцу и, отпуская его в пустынь, дал ему довольную милостыню". Таким дозволением двоить аллилуйю даже в Успенском соборе по желанию старца Григория, после того как он присоединился к Церкви и покорился церковной власти, Никон еще раз показал, что готов разрешить своим противникам употребление и так называемых ими старых обрядов, если только эти противники будут в единоверии с Церковию и в покорности ее богоучрежденной иерархии. Никон и Неронов виделись и простились теперь в последний раз: в начале мая старец Неронов был уже в своей пустыни, а 10 июля того же 1658 г. Никон оставил патриаршую кафедру, удалившись в Воскресенский монастырь, и деятельность Никона по исправлению церковных книг и обрядов навсегда окончилась.

Что же должно сказать о всей этой деятельности, от ее начала до конца, если смотреть на нее без предубеждения. Никон не затевал ничего нового, когда решился приступить к исправлению наших церковных книг: исправление этих книг совершалось у нас и прежде, во время печатания их, при каждом из бывших патриархов. Никон хотел только исправить книги лучше, чем исправлялись они прежде. Прежде книги правились по одним славянским спискам, которые теми или другими справщиками признаваемы были "добрыми". Никон пожелал исправить наши церковные книги не по одним славянским, но и по греческим спискам, и притом по спискам, славянским и греческим, древним, чтобы очистить эти книги от всех погрешностей, прибавок и новшеств, какие вкрались в них с течением времени, особенно в два последние столетия, и для многих уже не казались новшествами, чтобы восстановить у нас богослужение в том самом виде, в каком существовало оно в древней Церкви, Русской и Греческой, чтобы привести нашу Церковь в полное согласие с Греческою и вообще со всею Восточною православною, даже по церковным обрядам. И за такое исправление книг Никон принялся не по прихоти или злонамеренности, а по настоятельной нужде. Его укоряли иерархи, приходившие к нам с Востока, в разных отступлениях нашей Церкви от Греческой, каким особенно казалось им двуперстие в крестном знамении. Он сам лично убедился вскоре по восшествии на патриаршую кафедру, что такие отступления действительно встречаются в наших печатных книгах и даже в Символе веры. Он знал, какую важность приписывали некоторым из этих отступлений греки, как признали они еретическими и сожгли на Афоне московские книги, в которых было напечатано учение о двуперстии для крестного знамения. Необходимо было устранить все этого рода несогласия нашей Церкви с Греческою, чтобы они не повели к серьезным столкновениям и даже к разрыву между обеими Церквами. И Никон начал свое великое дело - исправление наших церковных книг, но не сам собою, а по решению и указаниям двух Соборов, Московского и Константинопольского. Никон исправил книгу Служебник, но не прежде напечатал, как подвергнув ее тщательному рассмотрению целого Собора. Напечатал книгу "Скрижаль", но не выпускал ее в свет, пока она не была вся пересмотрена и одобрена Собором. Приготовил к печатанию книгу Требник и до напечатания подверг ее также внимательному обсуждению на Соборе. Никон изрек анафему на непокорных, не повиновавшихся Церкви в сложении перстов для крестного знамения, но изрек не один, а вместе с Собором русских архиереев и уже после того, как на этих непокорных изрекли анафему известные восточные иерархи. Никон предал анафеме Неронова и его единомысленников, сопротивлявшихся церковной власти, но предал с согласия всего Собора, на котором находились и Восточные святители, в том числе Антиохийский патриарх, и следуя наставлению Цареградского патриарха и Собора относительно Неронова. Выходит, что вся деятельность Никона по исправлению церковных книг и обрядов совершалась не им единолично, а с согласия, с одобрения и при живом участии представителей не только русского, но и восточного духовенства и всей Церкви. На Никона нападали, что он был крайне строг к своим противникам. Но он мог быть слишком строгим и даже несправедливым, мог иметь и другие недостатки, мог вредить своею горячностию успехам своего дела, а самое дело исправления церковных книг тем не менее оставалось чистым, законным и святым, не говорим уже, что строгие и суровые наказания вообще были в духе того времени и что противники Никона по своей дерзости против него заслуживали такой строгости.