Ближайшим образом Никону была подчинена его обширнейшая патриаршая епархия. И здесь являлся он самым полновластным владыкою и резко отличался от всех других епархиальных владык. Другие архиереи, митрополиты, архиепископы, епископы, со всем своим духовенством, с монастырями и крестьянами по гражданским, или урядным, делам подлежали Монастырскому приказу; один патриарх со всеми служащими при нем людьми, со всеми своими монастырями и крестьянами был изъят, по самому Уложению, во всяких делах из ведомства Монастырского приказа. И Никон в своей епархии ведал и судил все духовенство, белое и монашествующее, и всех церковных людей и крестьян не только в делах духовных, но и во всяких делах управных на основании известной грамоты, данной еще патриарху Филарету сыном его, царем Михаилом. Несмотря, однако ж, на все это, Никон испросил еще себе в 1657 г. у царя Алексея Михайловича подтверждение как этой грамоты, данной Филарету, так и другой подобной, данной царем Борисом патриарху Иову. Для управления такою обширною епархиею при Никоне, как при Филарете Никитиче и его преемниках, существовали на патриаршем дворе разные приказы "Под патриаршими покоями, говорит Павел Алеппский, - находятся семь присутственных комнат, или зал, в которых заседают семь судей и при них многие чиновники. В каждой присутственной комнате рассматриваются известного разряда дела. В одной разбираются дела, касающиеся монахов и монастырей, и все обвинения против них. В другой - дела белого духовенства: сюда являются все желающие получить свящ. сан и представляют свидетельства о себе от местных прихожан. Есть также присутственная комната и для разбора дел о наследствах… О каждом деле, которое происходит в этих присутственных местах, судьи ежедневно докладывают патриарху и спрашивают, какое ему угодно положить решение… При каждой присутственной зале имеется темница со множеством железных цепей и больших деревянных колодок. Если кто из монастырских властей или из старшего клира совершит какое преступление, то виновного приговаривают к кандалам и осуждают на известный срок сеять муку в монастырской пекарне - мы сами видели их в таком положении. Патриарха окружает множество сановников, состоящих на службе. Некоторым из них он вверяет управление целыми областями (вероятно, где находились его крестьяне и вотчины); другие суть депутаты, казначеи, секретари по разным делам. Иные состоят надзирателями над его казначейством, другие - над подвалами, третьи - над кладовыми, четвертые заведуют приходами, пятые - расходами" и пр. В других местах Павел Алеппский рассказывает о строгостях Никона к подведомому духовенству: "Патриаршие стрельцы постоянно обходят город и, как только встретят священника или монаха нетрезвого, немедленно берут его в тюрьму и подвергают всякому поношению - мы сами видели патриаршие тюрьмы, наполненные этими несчастными, которые находились в самом плачевном положении, обремененные тяжелыми цепями и колодами на шее и ногах… От того отступился Бог, на того изливается гнев его, кто в чем-либо провинился пред патриархом, кто замечен им или в пьянстве, или в нерадивом исполнении пастырских обязанностей, - такой немедленно присуждается к ссылке. В прежнее время монастыри сибирские были почти пусты. Никон же успел наполнить их монастырскими властями, священнослужителями и преступными монахами. Если кто-либо из священников оказывается в чем-либо виновным, Никон тотчас снимает с головы его скуфью, что почти равняется запрещению в священнослужении…" Посетили патриарх Макарий и сын его, архидиакон, Свято-Троицкую Сергиеву лавру, и там "мы сами видели, - свидетельствует последний, - только что выстроенную деревянную келью без окон и без всякого отверстия, кроме дверей, и в ней троих заключенных. На вопрос об них нам сказали, что это бывшие дьяконы, которые, овдовев, оставили места своего служения и поженились в другой раз. Но едва только узнал об этом патриарх, как приказал заковать их, отослать в Сергиев монастырь и здесь посадить в названную келью и не давать им пищи, пока не умрут с голода. Когда мы проходили мимо их, они плакали и издавали такие жалобные вопли, что у нас сердца надрывались. Несчастные подали нашему господину просьбу походатайствовать за них, чтобы им дозволено было поступить в монахи, надеясь хоть этим спастись от горькой смерти. Наш владыка принял в них участие, и по его ходатайству они были освобождены".

Никон как патриарх наследовал от своих предместников огромное количество вотчин и других земельных владений, так что и в этом отношении занимал одно из первых мест в ряду русских владельцев и государственных сановников и равнялся с знатнейшими из них обширностию своей власти. При всем том Никон, пользуясь расположенностию к нему царя Алексея Михайловича, умел еще более распространить свою владельческую область, в которой являлся почти самостоятельным государем. Царь не только жаловал по просьбе Никона новые земли патриаршему дому, или кафедре, как бывало и при прежних патриархах, например в 1653 г. пожаловал два учуга - Комызяк и Чеганчету в Астрахани, но пожаловал в 1654 г. село Антоново и деревню Юрьевку в Курмышском уезде Никону лично "в особ, не в домовыя патриаршия земли". Этого мало. Несмотря на то что по Уложению, против которого так восставал Никон, прямо запрещено было патриарху, как и другим архиереям и всем духовным лицам, умножать свои недвижимые имения посредством покупки, для Никона делались и здесь исключения. Царь дозволял Никону покупать новые земли и вотчины как на его собственное имя, так и для трех новых, основанных самим Никоном и излюбленных им монастырей.

Никону, когда он был еще митрополитом Новгородским, полюбилось во время его ежегодных переездов из Новгорода в Москву одно небольшое и малолюдное село Валдай и находившееся при нем большое озеро Валдайское со множеством островов, покрытых лесом. И у Новгородского владыки тогда еще родилось желание устроить на одном из островов этого озера общежительную обитель. В 1652 г., путешествуя на Соловки за мощами святителя Филиппа, Никон имел однажды на море, как сам рассказывает, сонное видение: ему явился святитель Филипп и укреплял его на то "благое дело". И Никон, пробудившись от сна, дал обет воздвигнуть на Валдайском озере монастырь и в нем две церкви: одну во имя чудотворной иконы Богоматери Иверской, копию с которой он достал себе с Афона, когда был еще новоспасским архимандритом, а другую во имя святителя Московского Филиппа. Возвратившись в Москву с мощами святителя и затем сделавшись патриархом, Никон открыл свое желание и свой обет царю Алексею Михайловичу и просил пожаловать место для построения монастыря. И государь пожаловал из своих дворцовых сел как на устроение монастыря, так и на пропитание будущей в нем братии село Валдай с озером Валдаем, а также окрестные села и деревни с пустошами, озерами и всякими угодиями. Никон отправил надежных людей и во главе их архимандрита новгородского Свято-Духова монастыря Иакова избрать один из Валдайских островов, наиболее пригодный для построения на нем монастыря. Когда остров был избран, Никон, одобрив избрание, прислал в сентябре 1653 г. архимандриту Иакову благословение приступить к постройке монастыря и вместе образ Пречистой Богородицы Иверской пядницу, обложенный чеканным серебром, позолоченный и украшенный драгоценными камнями. А Новгородский митрополит Макарий, в епархии которого находился Валдай, прислал тому же архимандриту по приказанию Никона благословенную грамоту на сооружение как монастыря, так и двух деревянных церквей, соборной во имя Иверской иконы Богоматери и трапезной во имя святителя Филиппа, и два антиминса, с тем чтобы сам архимандрит и освятил обе церкви по окончании их. Валдайское озеро Никон велел в октябре с соизволения государя называть "Святым озером", самый монастырь Иверским, и вскоре за тем и село Валдай переименовано в Богородицкое. Наделив новостроящийся монастырь несколькими из своих дворцовых сел, царь дозволил еще Никону вопреки своему Уложению приобретать для того же монастыря вотчины покупкою. И Никон в ноябре купил в Клинском уезде село Щапово с деревнями да 60 пустошей. А царь в следующем месяце пожаловал на Иверский монастырь несколько новых рядков в Новгородском уезде с их угодиями и целый боровицкий Яковлевский монастырь с его вотчинами - и все это пожаловал Никону, как сказано в царской грамоте, "к новому его монастырю в монастырские земли, а не в домовые патриарши вотчины".