Едва успел Никон довести до конца сооружение своей Иверской Свято-Озерской обители, как приступил к основанию другой. Что подвигло его к этому, объясняет он сам. В 1639 г., когда он был еще иеромонахом, однажды он плыл морем из Анзерского скита и от великого волнения морского едва не утонул, но, уповая на силу Животворящего Креста, был спасен и прибит волнами к острову Кию пред Онежским устьем. В память своего спасения он водрузил святой крест на том месте острова, где ступил на берег. Прошло тринадцать лет, и Никон, уже Новгородский митрополит, возвращаясь из Соловецкого монастыря морем с мощами святителя Филиппа, пристал к тому же острову Кию и увидел, что крест, им поставленный, стоит в целости, а при том услышал, что многие застигнутые на море бурею, видя этот крест, спасаются верою от потопления. Никон тогда же дал обет построить здесь монастырь Ставрос, т. е. Крестный, во имя Святого Животворящего Креста и святителя Московского Филиппа. О всем этом Никон рассказал царю Алексею Михайловичу, и царь по просьбе Никона пожаловал ему грамоту, которою дозволял "на том острову, идеже честный крест водрузил (Никон), поставить церковь и монастырек соградить". Грамота царя дана была 13 июня 1656 г. А через десять дней Никон издал от себя весьма обширную окружную грамоту ко всем православным отечественной Церкви и, рассказав им вначале то же самое, что прежде рассказал царю, призывал их делать пожертвования на вновь сооружаемую Крестную обитель. Не знаем, были ли и как велики были эти пожертвования, но знаем, что сам Никон еще до основания Крестной обители устроил для нее большой крест из кипарисного дерева, представлявший собою по высоте и широте, как свидетельствовал Никон, точное подобие того Креста, на котором был распят Господь. Этот кипарисный крест украсил Никон серебром, золотом и драгоценными камнями и внутри его положил до 300 частиц святых мощей с кровию разных святых мучеников и с частицами чтимых палестинских камней. На сторонах креста изображены были святые равноапостольные Константин и Елена в виде предстоящих, а у подножия - царь Алексей Михайлович, царица Мария Ильинишна и сам патриарх Никон в молитвенном положении на коленах. Устроенный таким образом крест отправлен был Никоном на остров Кий "в первые незыблемое основание" Крестной обители спустя лишь несколько дней по получении царского указа о сооружении ее, так как об этом отправлении уже объявлял Никон в упомянутой своей окружной грамоте. Знаем, что Никон не монастырек только соградил на Кие-острове с небольшою деревянною церковию, а создал полный и богатый монастырь со всеми необходимыми принадлежностями и кроме деревянных воздвиг в нем каменную церковь во имя Воздвижения Честного и Животворящего Креста Господня, которую и освятил впоследствии сам, именно в 1660 г. сентября 2-го. Знаем, что по ходатайству Никона царь пожаловал Крестному монастырю село Богословское в Белозерском уезде (1657), половину оброчных погостов Поноя и Еконги в Кольском уезде, равно как половину рек Поноя и Бахты с рыбными на них ловлями (1658), и приказал приписать к Крестному монастырю печенгский Трифонов монастырь с его вотчинами (апрель 1658 г.), а сам Никон с соизволения государя купил для Крестного монастыря село Турунтаево с деревнею Дылево в Вологодском уезде за три тысячи рублей из своих келейных денег (апрель 1656 г.) да село Воздвиженское в Волоцком уезде, которое в 1658 г. променял боярам Салтыковым на вотчину их в Рузском уезде - село Казаново с пустошами. Кроме того, царь пожаловал (10 июля 1657 г.) Крестному монастырю в Каргопольском и Турчасовском уездах семнадцать волостей с целыми десятками деревень и множеством земли и крестьян, взяв себе взамен тех волостей купленные патриархом Никоном в Московском уезде село Черкизово да четыре сельца и девять деревень. Еще пожаловал царь тогда же и тому же монастырю в Каргопольском уезде село Подпорожье и волость Биричевскую со многими деревнями и крестьянами да в Коротецкой волости шесть оброчных деревень, взяв себе взамен того от монастыря село Турунтаево с деревнею Дылево. Вследствие всего этого в 1661 г., следовательно, спустя четыре года с основания Крестного, или Ставросова, монастыря оказалось, что он имел уже в своем владении 819 крестьянских дворов и в этом отношении далеко превосходил все, самые даже древние новгородские и более северные наши монастыри, за исключением только двух, Кирилло-Белозерского и Хутынского.

Одновременно с основанием Крестного монастыря на острове Кие Никон положил начало и для третьего своего монастыря, в селе Воскресенском, в 45 верстах от Москвы по Волоколамской дороге. Это село, расположенное на нагорном берегу реки Истры, с его красивыми окрестностями, с его лесами и возвышенностями, очень полюбилось патриарху, когда он, путешествуя в Иверский свой монастырь, имел здесь остановку, и у него родилась мысль воздвигнуть здесь обитель иноков. Воскресенское принадлежало тогда боярину Роману Федоровичу Боборыкину. Никон купил у боярина это село с окрестными деревнями и пустошами на имя Иверской своей обители за две тысячи рублей из своей келейной казны 3 июня 1656 г. И в том же году, как необходимо допустить, благословил приступить к очистке местности, избранной для монастыря и покрытой тогда лесом, и к постройке монастырских зданий, потому что к осени следующего года монастырь был уже готов, братия собраны, кельи и монастырские службы поставлены и деревянная церковь с трапезою сооружена. На торжество освящения церкви Никон пригласил самого государя с царским семейством и синклитом и освятил ее сам со всем освященным Собором 18 октября 1657 г. во имя Живоносного Воскресения Христова. После освящения царь, обходя монастырь, поднялся на одну из возвышенностей к востоку от монастыря, называемую ныне Елеоном, и, любуясь живописными окрестностями, воскликнул: "Воистину Сам Бог уготовал место сие на создание монастыря оно прекрасно, подобно Иерусалиму". А чрез два дня прислал Никону из Сторожевского монастыря, где на время остановился, письмо, в котором благодарил патриарха за угощение, не отказывался посещать и впредь его новую обитель и назвал ее Новым Иерусалимом, что весьма обрадовало Никона, так как вполне соответствовало его желаниям, которые, без сомнения, он открыл государю еще прежде. Патриарх Никон положил это письмо государя в серебряный ковчежец и велел хранить на память потомкам, а монастырь приказал называть Новым Иерусалимом. В тот самый день, когда совершилось освящение деревянной церкви, Никон заложил основание и для нового, каменного храма в своей Воскресенской обители. Этот каменный храм в Новом Иерусалиме Никон задумал создать по образцу той величественной церкви Воскресения Господня, которая находится в древнем Иерусалиме и модель которой будто бы принес оттуда в Москву старец Арсений Суханов. Но постройка заложенного Никоном каменного храма, продолжавшаяся много лет, будет предметом дальнейшей истории. А здесь нам остается сказать только, какими материальными средствами наделили новую обитель и царь и сам Никон. Царь пожаловал "в Новый Иерусалим, в монастырь Живоносного Воскресения", как сам выражался в жалованных грамотах, половину села Ивановского с крестьянами и всеми угодиями в Московском уезде (18 декабря 1657 г.), село Еднево с пустошами в Рузском уезде (16 марта 1658 г.), половину оброчных погостов Поноя и Еконги, равно как половину рек Поноя и Лахты с рыбными ловлями в Кольском уезде (27 марта 1658 г.), и велел приписать к этому монастырю Пятницкую Берендееву пустынь в Дмитровском уезде (1658). А патриарх Никон купил для этого монастыря село Юркино и деревню Козлобородово с пустошами в Звенигородском уезде (6 марта 1658 г.) и отдал монастырю в Москве бесприходную церковь Воскресения в Панех с принадлежавшею ей землею и лавками для устройства здесь монастырского подворья (октябрь 1657 г.). Но надобно присовокупить, что кроме девяти вотчин, купленных Никоном на имя то одного, то другого, то третьего из его монастырей, он накупил в тот же промежуток времени еще до двадцати вотчин на свое собственное имя и что купчие на все эти вотчины записаны были в актовую книгу Воскресенского монастыря, вероятно потому, что для него преимущественно вотчины и назначались, вследствие чего за ним, как увидим, зачислены почти все эти вотчины и на Соборе 1667 г. А если так, то следует заключить, что монастырь Воскресенский, или Новый Иерусалим, с первых лет своей жизни был обеспечен имениями едва ли даже не более, чем монастыри Иверский и Крестный, и во всяком случае, подобно им, принадлежал к числу монастырей самых богатых.