К концу июня 1588 г. царь Федор Иванович внезапно получил известие из Смоленска от воевод, что туда приехал 24 июня Цареградский патриарх Иеремия II, и вместе грамоту от самого патриарха, которою он испрашивал позволения прибыть в Москву, где еще вовсе не знали о происшедшей в Царь-граде перемене патриархов. Федор Иванович немедленно отправил почетного пристава Семена Пушечникова навстречу патриарху с ответною грамотою, которою приглашал его пожаловать в свою столицу, и с указом к воеводам, чтобы они с честию отпустили святейшего и пришедших с ним к Москве и дали им все необходимое в дороге и детей боярских из смолян для провожания, а Смоленскому епископу Сильвестру писал: "Если патриарх станет проситься у воевод в церковь Пречистой Богородицы помолиться, то мы ему в церковь идти позволили, и у тебя в церкви было бы тогда устроено чинно и людно, архимандритов, игуменов и попов было бы много, встречал бы ты патриарха и чтил его честно, точно так же, как митрополита нашего чтите". Между тем приставу, отправленному для встречи патриарха, дана была такая память: "Разведать, каким обычаем патриарх к государю поехал и ныне патриаршество Цареградское держит ли и нет ли кого другого на этом месте, где Феолипт, бывший прежде патриархом, кто из них двух по возвращении Иеремии будет патриаршествовать, и кроме его нужды, что едет за милостынею, есть ли с ним от всех патриархов с соборного приговора к государю приказ (знак, чего ожидали в Москве от патриарха); честь же к патриарху держать великую, такую же, как к нашему митрополиту". В Смоленске действительно честили патриарха весьма много и с великим усердием, особенно воеводы и епископ. На праздник святых апостолов Петра и Павла (29 июня) первосвятитель вместе с своею свитою посетил Смоленский собор и отстоял в нем Божественную литургию, а вскоре затем отправился в Москву, куда после десятидневного путешествия и прибыл 13 июля. Здесь встретили его многие бояре и бесчисленное множество народа, а от лица государя у самой столицы приветствовал почетный пристав Григорий Нащокин, который и проводил дорогого гостя со всею его свитою на рязанское подворье. В свите патриарха находились: митрополит Монемвасийский (Мальвазийский) Иерофей, друг патриарха, архиепископ Елассонский Арсений и архимандрит Христофор. Кроме того, собственно при патриархе состояли: архидиакон, два священника, чернец-старец, казначей, келарь, толмач, диакон да девять слуг; при митрополите Иерофее: священник и четыре прислужника; при архиепископе Арсении: старец и прислужник. На подворье велено было поместить и устроить патриарха и его свиту с возможною почестию и без ведома приставов никого к нему и его свите, особенно из иноземных, не допускать, кроме посылаемых от властей духовных и от бояр с почетными кормами, да наказано было: о чем и о каких делах патриарх с приставами поговорит, о том им сказывать боярам и дьяку Андрею Щелкалову. Явный знак, что Иеремии не доверяли. Он не привез с собою грамоты от патриархов об учреждении патриаршества в России, чего именно здесь и ожидали, и здесь, естественно, спрашивали, да патриарх ли он. Грамота эта была бы лучшим свидетельством о патриаршестве Иеремии, и его приняли бы без подозрений. С Иеремиею поступили так же, как обыкновенно поступали у нас с иноземными послами, которым не доверяли; к дому посла ставились приставы с почетною стражею, которые не дозволяли никому сноситься с ним и с самою его прислугою, следили за его действиями и словами, выведывали его мысли и о всем доносили боярам и только тогда, когда правительство убеждалось в пользе предложений, привезенных послом, к нему становились доверчивее, с ним начинали переговоры.

В 21-й день июля государь велел патриарху быть у себя. Шествие патриарха в царский дворец было весьма торжественное: впереди шли дети боярские и приказные люди в пышных одеждах, потом множество иноков; сам патриарх ехал на осляти и благословлял народные толпы, а за ним ехали на конях митрополит Монемвасийский и Елассонский архиепископ. С большими почестями ввели патриарха и его спутников в Золотую палату, где на драгоценном троне сидел государь в полном царском облачении, окруженный боярами, окольничими и дворянами. При входе Иеремии Федор Иванович встал и переступил с полсажени навстречу ему. Иеремия благословил царя, выразил ему свои благожелания и поднес дары: золотую панагию, в которой находились часть Животворящего Древа, часть Крови Христовой, часть ризы Христовой и пр.; серебряный киот с ручною костию святого царя Константина и левою рукою по локоть святого Иакова Севастийского и пр., а царице Ирине - золотую панагию с камнем, на котором было изображение святой Марины, содержавшую в себе малый перст от руки святого Иоанна Златоустого и части других мощей. Приняв благосклонно священные дары, царь сел на трон, указал патриарху сесть на скамье подле себя с правой стороны и явил ему чрез казначея Траханиотова свое царское жалованье: серебряный кубок двойчатый, два портища рытого бархату, по портищу атласу и камки, два сорока соболей, один в 60 рублей, другой в 30, и 300 рублей деньгами. Были пожалованы царские дары и митрополиту Иерофею. Затем посольский дьяк Андрей Щелкалов объявил, что государь вследствие просьбы патриарха предоставляет ему переговорить с шурином государевым Борисом Федоровичем Годуновым, и святейший, еще раз благословив царя, вышел с своими спутниками и приставами в малую ответную палату, куда послал государь также Годунова и дьяков Андрея Щелкалова и Дружину Петелина. Годунов велел выйти из палаты в другую всем спутникам и приставам Иеремии и предложил ему рассказать, о чем ныне приехал к государю, кто ныне ведает патриаршеством, где Феолипт и вообще о всем, о чем желает возвестить государю. Иеремия отвечал: "Был я на патриаршестве в Царьграде много лет, и по грехам моим и всего христианства греческого возмутился султан турский на Церковь Божию. Да был у меня под началом грек, да от меня бежал, обасурманился, и сделался капуджи у султана, и начал доносить ему многие ложные слова на меня, приписывать мне великие богатства и сокровища и рассказывать о драгоценностях и украшениях той церкви, где прежде меня жили патриархи. К тому ж стал и Феолипт подкупать пашей, чтобы учинили его патриархом в Царьграде, обещаясь давать султану сверх прежней дани по две тысячи золотых… И султан… велел быть Феолипту патриархом… а на меня опалу возложил и послал на остров Родос, и там сидел я в опале четыре года. А на пятый год султан Феолипта отставил от патриаршества, и церковь Божию и все церковное строение разграбил, и учинил в ней мечеть. А за мною прислал и велел мне быть патриархом. Я приехал в Царьград, вижу церковь Божия разорена и строят в ней мечеть, все церковное достояние разграблено, кельи обвалились. Тогда стал присылать ко мне султан, чтоб мне устроить патриаршую церковь и кельи в ином месте в Царьграде, а мне строить нечем: что было казны и драгоценностей в патриаршей церкви, все забрал султан. И я бил челом султану, чтобы мне позволил идти ради милостыни на церковное строение в христианские государства, - и султан меня отпустил. А я, слышав про такого благочестивого и христолюбивого государя вашего, пришел сюда видеть его царские очи и православную веру и ради милостыни, чтоб государь пожаловал помог нам в наших скорбях и утеснении своею милостынею. А в Царьграде ныне патриарха нет". Далее патриарх рассказал Годунову о своем путешествии чрез литовские земли и о том, что слышал от канцлера Яна Замойского, у которого гостил, и, наконец, прибавил, что "есть у него некоторые речи тайные. И Борис Федорович выслушал их вкратце". О чем были эти тайные речи? Не о патриаршестве ли Русском? Но речи о Русском патриаршестве, которых всего более ждали тогда от Иеремии, Годунов не стал бы выслушивать только "вкратце". Да Иеремии и нечего было говорить о патриаршестве, о котором он, как скоро увидим, не привез из Царьграда и сам не имел никакого решения и определенной мысли. Скорее, то могли быть речи о политических делах в Турции и других странах, чрез которые проходил он. О чем бы, впрочем, ни были тайные речи Иеремии, необходимо допустить, что его речами и объяснениями остались у нас недовольны.