Здесь все русские сказания об Иеремии внезапно прерываются на несколько месяцев: что было с ним, происходили ли с ним какие-либо сношения, совершенно умалчивают. Один из спутников Иеремии, Арсений Елассонский, говорит только весьма кратко, что после аудиенции у государя они возвратились с большою честию на свое подворье и здесь пребывали и обращались со многими благородными людьми, царскими приставниками, что так проходили дни за днями, недели за неделями, пока патриарх не заявил, что он хочет уезжать из России и возвратиться на свою Константинопольскую кафедру, тогда только Годунов начал с ним переговоры от имени государя о Русском патриаршестве. Но Арсений остался жить в России, и потому неудивительно, если не сказал в своем сочинении всего, что знал. Зато другой спутник Иеремии, Иерофей Монемвасийский, возвратившийся с ним в Грецию, рассказал о происходившем тогда хотя и весьма кратко, но с полною откровенностию. Он, во-первых, подтверждает известие нашего Статейного списка, что Иеремия с своею свитою на подворье в Москве находился как бы в заключении, что "никому из местных жителей не дозволяли ходить к нему и видеть его, ни ему выходить вон с подворья, и когда даже монахи патриаршие ходили на базар, то их сопровождали царские люди и стерегли их, пока те не возвращались домой", и что приставы, находившиеся при патриархе, были "люди недобрые и нечестные и все, что слышали, передавали драгоманам, а те доносили самому царю". Вместе с тем Иерофей передает, как эти русские, окружавшие Иеремию, исподволь выпытывали его мысли относительно патриаршества в России и как он менял свои решения. "Говорили патриарху Иеремии, - повествует Иерофей, как бы он поставил им патриарха. И Иеремия сначала сказал: "Этому нельзя быть, поставим вам, пожалуй, архиепископа, какой в Ахриде", т. е. автокефального. Таково было первое решение Иеремии. Русским, разумеется, оно не могло понравиться, не понравилось оно и другу Иеремии Иерофею Монемвасийскому, и он, оставшись наедине с патриархом, говорил ему: "Владыко мой, того сделать невозможно; Константин Великий учредил патриаршества со Вселенским Собором, и Великий Юстиниан учредил Ахридскую архиепископию с Пятым Вселенским Собором… нас же здесь только трое (архиереев), да притом, владыко, мы пришли (собственно) за милостыней к царю и ради долгов, которые наделаны в наши дни". Иеремия тотчас согласился с своим другом и отвечал: "И я не хочу (т. е. дать русским автокефального архиепископа), но если хотят, то я останусь здесь патриархом". Следовательно, самому Иеремии принадлежала первая мысль остаться в России на патриаршестве, а не русским. Таково было второе его решение, которое, однако ж, как и первое, не нашло сочувствия в Иерофее, и он говорил: "Владыко святой, это невозможно, потому что ты иноязычный и не знаешь обычаев страны, а они (русские) имеют другие порядки и другие нравы, да и не хотят тебя, смотри, чтоб тебе не осрамиться". Но Иеремия остался непреклонен и ничего не хотел слушать. И вот, "русские, - продолжает Иерофей, - придумали хитрую уловку и говорят: "Владыко, если бы ты захотел и остался здесь, мы имели бы тебя патриархом". И эти слова не царь сказал им (патриарху и его спутникам) и не кто-либо из бояр, а только те, которые стерегли их. И Иеремия неосмотрительно, и неблагоразумно, и ни с кем не посоветовавшись отвечал: "Остаюсь". Такой имел нрав, что никогда не слушал ни от кого совета, даже от преданных ему людей, вследствие чего и сам терпел много, и Церковь в его дни". Ответ Иеремии "остаюсь" царские приставы немедленно передали через бояр самому царю, и тогда-то открылись те официальные переговоры с патриархом, которые записаны и в наших русских сказаниях.

"И великий государь, благочестивый и христолюбивый царь Федор Иванович, - так начинает вновь свой на время прерванный рассказ наш Статейный список, - помысля с своею благоверною и христолюбивою царицею Ириною, говорил с бояры: "Изначала, от прародителей наших (здесь государь дословно повторил то самое, что говорил боярам, когда приступал к таким же переговорам с патриархом Иоакимом)… наши митрополиты ставились от Цареградских патриархов, а потом начали поставляться в России от своих архиепископов и епископов. А ныне по Своей великой милости Господь даровал нам видеть пришествие к себе Цареградского патриарха Иеремии, и мы о том, прося у Бога милости, помыслили, чтобы в нашем государстве учинити патриарха, кого Господь Бог благоволит: будет похочет быти в нашем государстве Цареградский патриарх Иеремия, и ему быти патриархом в начальном месте Владимире, а на Москве митрополиту по-прежнему, а не похочет Цареградский патриарх быти во Владимире, ино бы на Москве учинити патриарха из Московского Собору, кого Господь Бог благоволит. А прежде сего, когда приходил к нам… Антиохийский патриарх Иоаким милостыни ради, и тогда мы, великий государь, помысля о том о патриаршеском поставленье в Российском царствии, объявили тайно шурином нашим… И святейший Иоаким рекся о том советовати со всеми патриархи, и со архиепископы, и епископы, и со всем освященным Собором". И приговорил государь с боярами ехать к патриарху на подворье Борису Годунову, и велел переговорить и посоветоваться с патриархом: "Возможно ли тому статися, чтобы ему быти в его государстве, Российском царстве, в стольном нашем граде Володимере?"

Годунов отправился на подворье и говорил Иеремии от имени государя тайно: приходил к нашему царскому величеству Антиохийский патриарх Иоаким, и мы наказали с ним тебе и другим патриархам, чтобы вы посоветовались между собою и со всем освященным Собором, как бы устроить в нашем государстве патриарха. А вот ныне ты сам пришел и сказывал, что султан учинил на Церковь и на тебя гонение и патриаршество разграбил. И "мы помыслили о том, чтобы тебе, святейшему патриарху Иеремии Вселенскому, быти на патриаршестве в нашем государстве на престоле Владимирском и всея Великия России". Иеремия отвечал: "Антиохийский патриарх Иоаким возвестил нам желание государя о патриаршестве в России, и мы о том все вкупе со Александрийским патриархом Селивестром, и Иерусалимским патриархом Нифонтом, и Антиохийским патриархом Иоакимом, и со архиепископы, и епископы, и со всем освященным Собором советовали и, советовав, приговорили, что пригоже в Российском царстве патриаршеству быти и патриарха учинити. И ныне, будет на то воля благочестивого государя, чтобы мне быти в его государстве, и аз не отмсщуся. Только мне во Владимире быть невозможно, потому что патриарх при государе всегда. А то что за патриаршество, если жить не при государе? Тому статься никак невозможно". Первые слова в этом ответе Иеремии невольно возбуждают сомнение. Он не мог произнесть их, потому что совещания патриархов или по крайней мере решения, приговора их об учреждении патриаршества в России вовсе не было, как прямо утверждает друг Иеремии Иерофей Монемвасийский. А если б был такой приговор, Иеремии не для чего было таить его доселе и столько терпеть в своем заключении на подворье. Напротив, на подворье он ясно заявил, что поставить русским патриарха невозможно, и отказался даже от своего намерения дать им автокефального архиепископа. К тому ж Иеремия не мог сказать, будто он совещался с Иерусалимским патриархом Нифонтом, не мог не знать, что патриархом Иерусалимским был тогда Софроний (с 1579 по 1608 г.). Итак, не прибавлены ли эти слова, столько важные для русских при дальнейших переговорах с Иеремиею, самими русскими, когда они заносили ответ его в свой Статейный список? Если же допустить, что Иеремия действительно произнес эти слова, то такую неправду можно объяснить только сильным желанием Иеремии остаться патриархом в России и для того уверить русских, что учреждение патриаршества в России решено приговором всех патриархов и Собора.

Когда Годунов известил государя об ответе Иеремии, то государь будто бы посылал того же Годунова еще "многажды говорити и советовати о том, чтобы святейший Иеремия произволил быти на Владимирском и всея России патриаршестве, и Иеремия о том много советовал с боярином Борисом Феодоровичем во многие приезды да на то не произволил", а говорил: "Если государь повелит мне быть в царствующем граде Москве при себе, где ныне митрополит, тогда митрополита можно устроить в другом городе". После этого, по словам же Статейного списка еще после первого ответа Иеремии, царь Федор Иванович созвал бояр и говорил им: "Мы помыслили было, чтобы святейшему Иеремии быть в нашем государстве на патриаршестве Владимирском и всея России, а в царствующем граде Москве быть по-прежнему отцу нашему и богомольцу митрополиту Иову. Но святейший Иеремия на Владимирском патриаршестве быть не хочет, а соглашается исполнить нашу волю, если позволим ему быть на патриаршестве в Москве, где ныне отец наш митрополит Иов. И мы помыслили, что то дело нестаточное: как нам такого сопрестольника великих чудотворцев Петра, Алексия и Ионы и мужа достохвального жития, святого и преподобного отца нашего и богомольца митрополита Иова изгнать от (церкви) Пречистой Богородицы и от великих чудотворцев и учинить греческого закона патриарха? А он здешнего обычая и русского языка не знает, и ни о каких делах духовных нам нельзя будет советоваться без толмача. И ныне еще бы посоветоваться с патриархом о том, чтобы он благословил и поставил на патриаршество Владимирское и Московское из Российского Собора отца нашего и богомольца Иова митрополита по тому чину, как поставляет патриархов Александрийского, Антиохийского и Иерусалимского, и чин поставления патриаршеского у него, Иеремии, взять бы, чтобы впредь поставляться патриархам в Российском царстве от митрополитов, архиепископов и епископов, а митрополиты бы, и архиепископы, и епископы поставлялись от патриарха в Российском царстве, а для того бы учинить митрополитов и прибавить архиепископов и епископов, в каких городах пригоже".