В церковном управлении и суде не произошло никакой существенной перемены с учреждением патриаршества. Патриарху передана та самая власть, какую прежде имел митрополит. Ведомству церковного управления и суда подлежали, как и прежде, не только все лица белого и монашествующего духовенства и приписанные к церкви богадельные, но и церковные, или архиерейские, чиновники и церковные крестьяне по всем делам, кроме душегубства и разбоя с поличным, и все вообще миряне по делам духовным и недуховным, указанным прежними узаконениями. Неприкосновенность этого духовного ведомства подтверждалась новыми грамотами государей Федора Ивановича, Бориса Федоровича Годунова, Василия Ивановича Шуйского и Михаила Федоровича. У архиереев по-прежнему находились для епархиального управления и суда разные служебные лица, духовные и светские: наместники, поповские старосты с десятскими, священниками или диаконами, а также бояре, дворецкие и дьяки, назначавшиеся от государя, десятники, недельщики, приставы, заезщики, боярские дети и пр. На архиереев, по епархиальному управлению и суду, как и прежде, собирались разные пошлины с церквей, монастырей, отдельных лиц духовенства и мирян, и при этом, как и прежде, бывали злоупотребления. Например, игумен и братия Кирилло-Белозерского монастыря в 1601 г. жаловались царю Борису Федоровичу, что прежде они сами отдавали Ростовскому митрополиту Варлааму церковные десятины и венечные пошлины, или прямо в его митрополичью казну, или его десятникам на Белоозере, в прошлом же году за пошлинами приезжали в монастырь четыре митрополичьих десятильника, и не раз, а три раза, и взяли с монастыря митрополичьих и десятильничьих даров вчетверо больше прежнего; прежде монастырь посылал митрополиту иконы и разные поминки, преимущественно рыбою, дважды в год, на Рождество Христово и на праздник Кирилла чудотворца, а теперь поминки требуются трижды в год и в гораздо большем размере; кроме того, три раза в год приезжают в монастырь митрополичьи приказные, старцы, дети боярские, попы, дьяконы, звонари, сторожа и всякие служители до ста и более человек, и все требуют себе поминков и подарков, а сам митрополит в случае поставления в монастырь нового игумена берет себе за настольную грамоту по шести рублей, да за стол десять золотых, воз красной рыбы и жеребца или иноходца. Государь приказал, чтобы Ростовскому митрополиту никаких поминков, золотых, лошадей и припасов монастырь не давал, чтобы митрополичьи десятники и прочие приказные и служебные люди ни за пошлинами, ни за поминками в монастырь не приходили, а вносились пошлины прямо от монастыря в митрополичью казну в Ростове и чтобы монастырь при поставлении игумена за настольную грамоту давал митрополиту "по уложенью", т. е. по одному рублю. Впрочем, иногда и сами архиереи освобождали от подсудности своим десятинникам монастыри и церковные причты и подчиняли их своему непосредственному суду, равно предоставляли им вносить церковные пошлины прямо в архиерейскую казну, а не чиновным лицам, приезжавшим для сбора пошлин, или даже уменьшали эти пошлины, хотя они и без того очень пооскудели в Смутное время вследствие разорения и опустошения многих церквей и монастырей и всего края. Подтверждая и ограждая неприкосновенность церковного управления и суда, наши государи, как это случалось и прежде, сами же и нарушали ее своими несудимыми и тарханными грамотами, которые жаловали монастырям и духовенству городских и сельских церквей, потому что чрез эти грамоты оставляли монастыри и церковные причты подсудными епархиальным архиереям только по духовным делам, а по всем прочим делам как монастыри и причты, так и их крестьян брали в свое непосредственное ведение. Мы знаем, что Стоглавый Собор, отвечая на запрос царя Ивана Васильевича о несудимых грамотах, признал их противными священным правилам и постановил: "Впредь таковым грамотам не быти" (Стоглав. Гл. 67). Царь принял соборное решение, но вскоре оставил его без внимания и начал по-прежнему выдавать несудимые грамоты церквам и монастырям. Примеру его следовали и его преемники. Правда, само духовенство искало и просило себе этих грамот, желая освободиться от власти своих епархиальных архиереев по делам недуховным и обольщаясь мыслию подлежать непосредственному суду своего государя. И долгое время государи действительно выражались в своих несудимых грамотах о монастырях и церковных причтах: "Сужу их яз, князь, или мой дворецкий" или "сужу яз, царь и великий князь, или мой дворецкий Болшого дворца". Но в первые десятилетия XVII в. все дела о монастырях и церквах по несудимым грамотам, может быть вследствие многочисленности таких дел и невозможности заведовать ими лично, государи передали в ведомство своего Приказа Большого дворца и начали выражаться в несудимых грамотах: "Судят их (монастыри и причты) на Москве в Приказе Болшого дворца". Таким образом, монастыри и церковные причты с несудимыми грамотами очутились подвластными по всем делам недуховным вместо судов церковных, епархиальных, суду или судебному учреждению совершенно светскому, которому подчиняться означало совсем уже не то, что подлежать непосредственному суду самого государя. В то же время Приказу Большого дворца начали подлежать и все вообще духовные лица, даже не имевшие несудимых грамот, равно как и духовные учреждения, по тем делам, по которым прежде подлежали ведению самого государя или его дворецкого, и, во-первых, все владельцы церковных имений по исковым делам на них или управители их имений со стороны лиц других ведомств; а во-вторых, все монастыри по отчетности в монастырской казне и доходах с монастырских имений, так как и Стоглавый Собор определил, что "монастыри и казны монастырския ведают и отписывают по всем монастырям царя и великаго князя дворецкие и диаки, и приказывают архимандритом, и игуменом, и строителем с соборными старцы, и считают архимандритов, и игуменов, и строителей во всем приходе и расходе" (гл. 49, 68). В каком именно году и при каком государе Приказ Большого дворца принял в свое ведение все эти дела духовных лиц и учреждений, подлежавшие прежде непосредственному ведению государя, неизвестно. Но в записке 1610 - 1613 г. о царском дворе уже встречаем известие: "Да во дворце ж в Приказе - монастыри всех городов". Для более удобного заведования такого рода делами в Приказе Большого дворца, круг деятельности которого был весьма обширен, существовало даже особое отделение под названием Монастырского приказа, и первое известие об этом приказе относится к 1611 г.

Новых монастырей явилось у нас немного, и то преимущественно в царствование Федора Ивановича и отчасти Бориса Федоровича. В Москве основаны три монастыря: в 1591 г. Донской - в память избавления Москвы от крымского хана Казы-Гирея, так названный по имени Донской иконы Богоматери, находившейся тогда в стане московского войска; к концу XVI в. Зачатиевский и Ивановский, оба женские. В пределах тогдашней Новгородской епархии - три монастыря: к концу XVI в. - Антониев Леохнов, в 50 верстах от Новгорода, преподобным Антонием Леохновским; в 1603 г. - Синеозерская Благовещенская пустынь, в 60 верстах от Устюжны, преподобным Евфросином, и в 1606 г. - Красногорский, в 10 верстах от Пинеги; кроме того, в 1597 г. возобновлен царскою казною Валаамский монастырь, разоренный шведами. В Казани основано два монастыря: Иоанно-Предтечев и Феодоровский Троицкий, оба к концу XVI в. В Астрахани - один, Спасо-Преображенский, в 1597 г. В Тверской епархии - один, Нилов Столбенский, в 1594 г. В Вологодской епархии - пять: в самой Вологде - Горний Успенский, девичий, в 1590 г. и Галактионова пустынь, к концу XVI в., названная по имени преподобного Галактиона, ее основателя; в 85 верстах от Тотьмы - Бабозерская Николаевская пустынь, около 1605 г.; в 80 верстах от Устюга, на реке Недуме - Устьнедумский Введенский монастырь, в 1607 г. и в Соликамске Вознесенский, в 1608 г. На Вятке, в городе Слободском - один, Богоявленский, устроенный по просьбе всех жителей и по благословению патриарха Иова в 1599 г. В пределах нынешней Курской епархии - три: в 27 верстах от Курска - Коренная Рождества Богородицы пустынь, в 1597 г.; в Белгороде - Николаевский, в 1599 г. и в самом Курске - Троицкий, в начале XVII в., строителем Ионою Темкою. Не перечисляем других монастырей, которые только упоминаются в первый раз к концу XVI и в начале XVII в., но могли быть основаны прежде. Один из древнейших новгородских монастырей, Хутынский Варлаамов, доселе управлявшийся игуменами, возведен на степень архимандрии. В 1608 г. царь Василий Иванович Шуйский, посоветовавшись с патриархом Гермогеном, решил "для чудотворнаго места и почести тоя великия обители" быть в ней архимандриту и дать ему шапку епископскую, а патриарх благословил тогдашнего игумена этой обители Трифона в архимандриты и повелел ему служить литургию в епископской шапке, с рипидами и со свещами на ковре, как достоит епископу".