Число церквей в Москве при Федоре Ивановиче и Борисе Федоровиче значительно умножилось (о других городах не сохранилось сведений). Автор "Путешествия в Россию датского принца Иоанна", посетивший с ним Москву в начале XVII в., в одном Кремле насчитывал церквей вместе с монастырями и часовен до 25. Другой очевидец, немало проживший тогда с поляками в Москве, Маскевич, упомянув о придворной Благовещенской церкви с золотым на куполе крестом, о главном храме столицы - Успенском соборе и о соборе Архангельском, говорит: "Прочих церквей в Кремле до 20, из них церковь св. Иоанна, находящаяся почти посреди замка, замечательна по высокой каменной колокольне, с которой далеко видно во все стороны столицы. На колокольне 22 больших колокола, в числе их многие не уступают величиною нашему краковскому "Сигизмунду", висят в три ряда одни над другими, меньших же колоколов более 30… Недалеко от этой церкви есть колокол, вылитый для одного тщеславия, висит он на деревянной башне, в две сажени вышиною, чтобы мог быть виднее, язык его раскачивают 24 человека". Надобно заметить, что упомянутая Ивановская колокольня сооружена царем Борисом Федоровичем Годуновым в 1600 г., и при нем же вылит и упомянутый огромный колокол. По словам третьего современника-очевидца, Маржерета, в Москве вообще, а не в Кремле только было "много церквей каменных, и между ними четыре покрытых золоченою медью… деревянных же находилось бесчисленное множество". Еще у одного иностранца, проживавшего тогда в России, Петрея, читаем о Москве следующее: "Церквей, монастырей и часовен внутри и вне города до 4500, однако ж ни одна из них не сравнится величиною с самою меньшею из немецких церквей, потому что в иных церквах едва поместится пять или шесть человек, не встречается также ни одной церкви, на которой не висело бы по крайней мере четырех или пяти колоколов, на других даже девяти или двенадцати, смотря по величине церкви, так что, когда эти колокола зазвонят все вместе, поднимается такой звон, что никак нельзя расслышать друг друга". Но в этом свидетельстве количество московских церквей и часовен, без сомнения, крайне преувеличено, хотя свидетель мог принимать в счет не одни приходские церкви, но и домовые, которых было множество. Нет ли тут описки или типографской ошибки, и не следует ли читать 450 вместо 4500? В таком случае свидетельство было бы вероятнее, ибо, и по словам русского современника Авраамия Палицына, "тогда бысть в царствующем граде боле четырехсот церквей". Собственно же приходских церквей, имевших свои причты, можно полагать тогда в Москве около 320, следовательно, почти столько же, сколько их и ныне, судя по тому, что патриарх Иов, как мы видели, установил в Москве восемь поповских старост и каждому из них подчинил по сорока приходских священников.

Но сколько ни было в Москве и во всей России церквей и монастырей, почти все они более или менее пострадали в Смутное время, многие были даже совершенно разорены или опустошены. Москва испытала это во время страшного пожара (19 - 21 марта 1611 г.) от поляков. "Церквей везде было множество, и каменных и деревянных, - свидетельствует один из участвовавших в деле, - и все это мы в три дня обратили в пепел: пожар истребил всю красоту Москвы; уцелели только Кремль и Китай-город, где мы сами укрывались от огня". Но и здесь злодеи если не сожгли, то "многия Божии церкви и монастыри осквернили и разорили, и раки чудотворных мощей разсекли, и чудотворныя мощи поругали, и во всех Божиих церквах лошади поставили, и в монастырех стали жити, и многое убийство, и поругание, и осквернение иноческому чину учинили". Они похитили из кремлевских церквей все драгоценные сосуды и иконы, обделанные серебром или золотом, переделывали их в деньги на жалованье своему войску или прямо платили это жалованье драгоценными сосудами, иконами и вообще церковною утварью. Такая же участь постигла монастыри и церкви и во всех других городах и местах Южной и Средней России, где только бродили и неистовствовали польские и литовские люди, русские воры и изменники, донские и запорожские казаки, и везде, разоряя храмы и обители, они не давали пощады ни инокам и священникам, ни самой святыне. Литовские люди с изменниками-переяславцами, взявши Ростов, "раку чудотворцову Леонтьеву златую сняша и разсекоша по жеребьем, казну ж церковную всю, и митрополии, и градскую, пограбиша, и церкви Божия разориша". Шайки Сапеги осадили Пафнутиев монастырь, где находились царские воеводы, и, овладев им, "посекоша всех, игумена и братию", и еще до 12 тысяч войска, а самый монастырь разорили. Шайки Лисовского, овладев также после многих приступов монастырем Колязинским, вынули мощи чудотворца Макария из серебряной раки, некогда устроенной Борисом Годуновым, и повергли на земли, а самую раку рассекли, игумена со всею братиею и всех людей побили, всю монастырскую казну взяли и монастырь сожгли. При разорении Толгского монастыря в Ярославле убиты были все иноки и служки в числе 46 человек. При разорении церквей в Вологде польскими людьми и русскими ворами (в сентябре 1612 г.) умерщвлены: 3 протоиерея, 34 священника, 6 диаконов и 6 иноков, в том числе и преподобный Галактион Вологодский. Самого епископа Вологодского Сильвестра злодеи взяли в плен и четыре ночи держали под стражей, много раз приводили к казни и отпустили чуть живого. При разорении Спасо-Прилуцкого монастыря сожжено в трапезе 59 монахов и 32 убито. В Новгородском крае, или Северной России, то же самое сделали шведы: местное сказание свидетельствует, что они "раззориша вся святыя места, и монастыри, и церкви, и вся сосуды златые и серебряные, и кузнь, и раки святых поимаша" и что от начала Новгорода не было ему такого разоренья. Равно и в писцовых книгах Новгородских пятин после Смутного времени постоянно встречаем при описании монастырей и церквей такие слова: "На посаде монастырь разорен до основания, игумена и старцев нет ни одного человека, церковь ветха, стоит без пения…" и подобное. "Тогда, - пишет современник-очевидец, - во св. Божиих церквах скот свой затворяху (поляки и русские изменники) и псов во олтарех питаху, освященный ж ризы не токмо на потребу свою предираху, но и на обуща преторгаху… Чин иноческий и священнический не вскоре смерти предаяху, но прежде зле мучаще всячески и огнем жгуще, испытующе сокровищ, и потом смерти предаяху… Священных убо чин потреблен бысть, и вси архиереи, право учащие, или в правде стоящие, водами, яко злодеи, во узах… Малии от священнаго чина тех бед избегоша, память же тех язв многим и до смерти остася… В толико же безстудство вшедше нечестивии изменницы и поляки, безстрашно вземлюще св. иконы местныя и царския двери, и сия постилающе под скверныя постели… иныя же св. иконы колюще и вариво и печиво строяще. Из сосудов же церковных ядяху и пияху и смеющеся поставляху мяса на дискосех и в потирех питие". С воцарением Михаила Федоровича Романова мало-помалу начали возобновляться монастыри и церкви, как и все прочее в разоренной и опустошенной России. Некоторые монастыри просили себе пособия от правительства, и оно не отказывало, но не могло много сделать, так как само на первых порах было крайне бедно, а между тем потребности государства были чрезвычайно велики. Кое-где начали даже возникать новые обители, так, основаны: Дорофеева Южская пустынь в 15 верстах от Рыбинска, около 1615 г. преподобным Дорофеем; Троицкая пустынь в Елабуге, около 1616 г.; Козверуцкий Спасский монастырь близ Холмогор, в 1618 г.

Московский патриарх вместе с епархиею наследовал от бывшего Московского митрополита и все его церковные имения. И царь Борис Федорович подтвердил за патриархом Иовом по отношению к этим имениям те самые права и преимущества, какие изложены были в грамоте царя Ивана Васильевича IV митрополиту Афанасию; то же самое сделал и царь Шуйский для патриарха Гермогена. Прочие архиереи, сделавшиеся то митрополитами, то архиепископами, но оставшиеся на прежних своих епархиях, остались и при прежних имениях и, по существовавшему обычаю, испрашивали себе на те имения подтвердительные грамоты у новых государей. Для кафедр же, вновь учрежденных, даны были новые имения. Пользуясь сами церковными имениями, владыки, как и прежде, раздавали из этих имений поместья своим боярским детям. Равным образом и монастыри испрашивали себе у правительства новые подтвердительные грамоты на свои имения, такие грамоты сохранились не только от царей Федора Ивановича, Годунова, Шуйского, Михаила Федоровича, но и от Лжедимитрия и от бояр в период междуцарствия. В грамотах то подтверждалась неприкосновенность монастырских имений и неподсудность монастырских крестьян светским властям, то освобождались эти крестьяне от некоторых государственных оброков и повинностей, то предоставлялись монастырям права на ругу от казны, на рыбную ловлю, на соляной промысел, на беспошлинную торговлю солью и подобное. Из белого духовенства только немногие причты владели селами и другими угодьями или получали от правительства ругу, хлебную и денежную. Впрочем, в рассматриваемое время церковные имения мало приносили пользы своим владельцам, потому что, во-первых, почти все более или менее были разорены и опустошены то поляками, то шведами, то своими русскими ворами и казаками, а во-вторых, были слишком обременены государственными повинностями. Ратную повинность приходилось теперь духовным владельцам, как и прочим, отбывать не только чаще, чем прежде, но иногда и в большем размере. Так, в 1604 г. царь Борис Федорович приказал, чтобы патриарх, митрополиты, архиепископы, епископы и монастыри выставили в ратники с оружием и запасами всех своих слуг, сколько есть годных, а если кто не вышлет на службу своих годных холопей, то за каждого невысланного править с владельцев по 15 рублей, самих же слуг тех записать в стрельцы без пощады. В 1608 г. по указу царя Василия Ивановича Шуйского Ростовский митрополит Филарет должен был собрать своих боярских детей и даточных людей со всех своих монастырей и сел, а также с поместий своих боярских детей, с дыма по человеку, и выслать со всяким ратным боем в Переяславль. Подобные требования от архиереев и монастырей были и прежде, повторялись и после. И нужно было владельцам не только выставить ратников в полном вооружении, но потом и содержать их в продолжение всей войны, а война тянулась тогда почти непрерывно. Те же военные обстоятельства заставляли правительство делать иногда чрезвычайные поборы с церковных имений хлебом и деньгами. Например, в феврале 1614 г. велено было собрать на ратных людей по имениям Вологодского архиепископа по сту четвертей хлеба с каждой сохи, а в следующем месяце - по 261 рублю с каждой сохи. И как в имениях этого архиерея числилось пять сох земли, то крестьянам его приходилось разом доставить правительству пятьсот четвертей хлеба и 1305 рублей деньгами. Вследствие чего крестьяне пришли в совершенное разорение и многие разбежались от тех насилий и правежей, которым их подвергали царские сборщики, а сам архиерей, проживавший тогда в Москве, почти "голодом помирал" и напрасно требовал себе из своей архиерейской экономии запасов и денег; ему отвечали, что ничего нет. В 1617 г. по указу государеву собрано было с вотчин Кирилло-Белозерского и других монастырей на жалованье московским стрельцам по 120 четвертей ржи дало 160 четвертей овса с сохи. Кроме такого рода повинностей русские монастыри должны были еще внести на нужды отечества и всю свою казну, какую имели в запасе. В грамоте к игумену Соловецкого монастыря (от 8 августа 1609 г.) царь Василий Иванович свидетельствовал, что за оскудением царской казны из монастырей, которые находятся в его державе, "всякая монастырская казна уже взята и роздана всяким служилым людям на жалованье", и приказывал, чтобы и Соловецкий монастырь выслал в Москву для той цели всякую свою монастырскую казну, равно и казну других монастырей, если какая в нем хранится. Соловецкий монастырь действительно и выслал сперва 2000 тогдашними рублями, а потом еще 3150 рублей, да Печенского монастыря 400 рублей, 150 ефимков и серебряную ложку, бывшие на сбереженье в Соловецком казнохранилище. А братия Прилуцкого монастыря, у которых оказалось всего 50 рублей монастырской казны, посылая (в 1610 г.) эту казну, приложили еще каждый от себя добровольные жертвы: игумен 10 рублей, прочие же чернецы - кто 3 рубля, кто 2, кто рубль, полтину, кто несколько алтын.