К сожалению, самые главные из распоряжений патриарха Мелетия, касавшиеся свободы вероисповедания для православных в Литве и Польше и поставления для них нового митрополита и епископов, не могли осуществиться без воли короля. А король Сигизмунд был тогда решительно против православных и за отверженных ими митрополита и владык, принявших унию. Едва прошло четыре месяца после Брестского Собора, принявшего унию, как в Варшаве открылся генеральный сейм (в феврале и марте 1597 г.). Прибыли на сейм и русские православные послы и объявили, что они не приступят ни к каким делам, пока не получат удовлетворения по делу о своей вере, требовали, чтобы их владыки, не желающие подчиниться папе, оставались при своих давних правах и чтобы вообще свято исполнялись pacta conventa, утвержденные присягою короля. Особенно резко говорил 7 марта пред королем один посол, пан Гулевич, волынец, настаивая, чтобы русские владыки оставались при своей древней вере, а владыки, принявшие унию, были низвергнуты. Канцлер Сапега отвечал Гулевичу, что унии желали и приняли ее в Бресте все православные, кроме Никифора грека, бунтовщика и порочного человека. Этими словами глубоко огорчился князь К. К. Острожский и вступил в сильное препирательство с Сапегою. Тогда король сказал Острожскому, чтобы он, как еще прежде обещался, представил Никифора на сейм. Надобно заметить, что это тот самый Никифор протосинкелл и экзарх, который от лица Вселенского патриарха председательствовал на Брестском православном Соборе, осудившем унию и униатов, и потому был наиболее ненавистен всем поборникам унии. Еще во время Собора враги разглашали про Никифора, будто он не уполномоченный патриарха, а самозванец и вместе шпион от турецкого султана, и Никифор в своей речи на Соборе уже оправдывался от этих обвинений. Когда Собор кончился, искали только случая, чтобы привлечь Никифора к суду, и случай скоро представился. Князь К. Острожский, у которого проживал Никифор, отправил одного волошанина по имени Яна в Валахию купить турецких коней. Чрез этого же Яна какой-то греческий монах Пафнутий послал четыре письма к родным и знакомым. В одном из писем, между прочим, было сказано: "Хищные волки, т. е. псы ляхи, принуждают наших христиан на свою папежскую веру и бьются между собою, уже их до двадцати тысяч полегло", а в другом: "Дай Бог здоровья нашему цесарю; если бы он хотел на Польшу, то теперь бы время". Проезжая через Шаргород, имение гетмана Замойского, волошанин в пьяном состоянии обронил на рынке свою торбу, в которой находились и деньги и письма. Торба немедленно была доставлена шаргородскому старосте, а староста препроводил ее к самому гетману Замойскому, который находился тогда во вражде с князем Острожским. Гетман принял письма Пафнутиевы за письма Никифора и донес на него королю как на шпиона. Король обязал князя Острожского представить Никифора на сейм, когда сейм соберется, и вот теперь напомнил князю об его обязательстве. Острожский исполнил волю короля, представил Никифора (10 марта), но требовал, чтобы Никифора судили не тайно и приватно на суде маршальском, а публично пред королем и всем сенатом, в чем поддержали Острожского и другие сенаторы и послы. Суд над Никифором начался 11 марта в сенате пред лицом короля и в присутствии почти всех послов. Инстигатор обвинял Никифора как турецкого шпиона и в доказательство упоминал о некоторых действиях его в Валахии и прочел все четыре письма, писанные монахом Пафнутием. Допрошен был Ян волошанин, обронивший эти письма, и показал, что отец Никифор не посылал его и никаких писем ему не давал, а прочитанные письма дал ему греческий монах Пафнутий, подписавшийся под ними, который поехал теперь в Москву с мещанином пана гетмана Замойского Моратом. Прокуратор Никифора опровергал одно за другим все обвинения, взводимые на него инстигатором. Наконец, дано было слово самому Никифору. И он, не зная польского языка, сказал по-волошски, что несколько лет был ректором еллинских и греческих наук в Падуе, где слушали его и юноши из Польши; потом семь лет был проповедником в Венеции, в греческой церкви святого Марка; возвратившись в Константинополь, сделан великим протосинкеллом патриаршего престола и два раза временно управлял всею патриархиею, о чем знают все православные, а теперь прислан от патриаршей кафедры в здешнюю митрополию по возникшим в ней замешательствам в делах церковных. На другой день, 12 марта, в сенате повторилось то же самое: инстигатор обвинял Никифора, прокуратор защищал, снова допрошен был Ян, а Никифор просил изложить по-гречески на бумаге все взводимые на него обвинения, чтобы он мог дать ответы. Ему обещали это, но более его в сенате публично не судили.

Уже чрез несколько дней, когда сейм окончился и бывшие на нем разъехались, король судил Никифора приватно с немногими оставшимися сенаторами. На этом суде опять выслушаны были и обвинитель Никифора, и защитник, и Ян волошанин, клятвою подтвердивший прежнее свое показание, и сам Никифор. Последний подробно отвечал на каждое из взводимых на него обвинений и, между прочим, говорил: "Поведают, будто я не послан от Цареградского патриарха, так как в Царьграде и нет теперь патриарха, и не имею права низлагать владык. Но вот вам грамота Вселенского патриарха на пергамене с привешенною печатью, из которой видно, что я имею право не только ставить и низлагать владык и митрополитов, но и созывать Поместные Соборы, будучи великим протосинкеллом. И если патриарх Иеремия умер, то теперь патриаршествует в Царьграде Мелетий, человек, известный своею ученостию. Говорят, что я, не взяв дозволения у короля, приехал на Брестский Собор и низложил владык. Но лично я не мог побывать у короля с этою целию, потому что Собор уже приближался, а пан воевода киевский с другими панами посылал двух шляхтичей известить короля о моем приезде. Если же король не прислал мне особого листа, то уже прежде выданы были им листы, которыми дозволялось всякому человеку греческой веры приезжать на Собор в Бресте…" и пр. Выслушав речь Никифора, сенаторы разошлись: одни пошли прямо к королю, другие - в ту комнату, где находился князь Острожский с прочими сенаторами, и здесь говорили, что все - сплетни и не стоило заниматься этим королю и сейму, что всему виною неприязнь гетмана к князю Острожскому и что владыкам, которых низложил Никифор, было бы выгодно, если бы его признали шпионом. В это время вошел в комнату к сенаторам король, и при виде его старик Острожский не мог удержаться и сказал ему резкую речь. Князь напомнил королю о знатности своего рода, ведущего начало от древних русских князей, о заслугах своих предков и своих собственных, жаловался на Замойского, который по вражде к нему, князю, гонит его слуг, добрых людей, хватает на дорогах, мучит, желая навести на него какое-либо бесчестие, нападает на его духовных и выставляет их изменниками. "А ваша королевская милость, - продолжал затем князь, - видя насилие над нами и нарушение наших прав, не обращаешь внимания на свою присягу, которою обязался не ломать прав наших, но умножать и расширять. Несмотря на справедливые доводы наши и предстательство земских послов, ты не хочешь держать нас в православной вере при наших правах, дать нам других пастырей на место отступников, позволяешь этим отступникам преследовать и проливать кровь тех, которые не хотят идти за ними в отступничество, позволяешь грабить их, выгонять из имений. За веру православную наступаешь на наши права, ломаешь вольности наши и, наконец, налегаешь на нашу совесть, - этим ты ломаешь свою присягу и все, что прежде для меня сделал, обращаешь в ничто последнею своею немилостию. Не только сам я, сенатор, терплю кривду, но вижу, что дело идет к конечной гибели всей Короны Польской, потому что теперь никто уже не обеспечен в своем праве и вольности. Предки наши, принося государю верность, послушание и подданство, получали взаимно от государя милость, справедливость и оборону, и так обоюдно исполнялась присяга. На старости лет я глубоко оскорблен в том, что для меня всего дороже: в совести и православной вере. Ожидая близкой кончины, напоминаю вашей королевской милости: опомнитесь. Оставляю вам эту духовную особу, а крови его на Страшном суде Божием искать буду. Прошу Бога, чтоб уже больше не видеть мне такого нарушения прав…" Окончив речь, Острожский немного отступил и, обратившись к своим, пошел вон из комнаты, поддерживаемый приятелем, который напрасно упрашивал его подождать королевского ответа. Видя это, король послал за ним зятя его виленского воеводу Радзивилла с просьбою вернуться. "Уверяю вас, - говорил Радзивилл, - что король принимает участие в вашей печали, и Никифор будет освобожден". Но огорченный старик отвечал: "Пусть себе и Никифора съест", вышел из дворца и уехал из Варшавы. Оставшиеся при короле сенаторы высказали ему три мнения: одни говорили, что надобно еще под пытками допросить Никифора и Яна и потом подвергнуть наказанию, какого окажутся достойными; другие, что следует держать Никифора только под "почетною" стражею и стараться об отыскании монаха Пафнутия, чтобы узнать всю правду; третьи, что нужно задержать Яна и Никифора до тех пор, пока не получится из Валахии подлинное свидетельство о виновности последнего. Король определил: не подвергать их пыткам, но держать в заключении, пока не отыщется Пафнутий. Вследствие этого Ян был заключен в тюрьму под ратушею в Варшаве, а Никифор отослан на заключение в мариенбургский замок, где содержался несколько лет и скончался будто бы от голода.