Чрез три дня, 26 генваря, совершилось в Успенском соборе и поставление Иова в патриарха, для чего также предварительно составлен был подробный "чин и устав". Посреди собора устроено было возвышенное место; на нем поставлены были три седалища: для царя - покрытое красным бархатом с золотом и для двух патриархов - покрытые черным бархатом, а по обе стороны к алтарю от этого места поставлены были длинные скамьи для прочих архиереев и настоятелей монастырей. Пред этими седалищами на церковном помосте написан был единоглавый орел с распростертыми крыльями, вокруг которого поставлены были двенадцать огневиков, чтобы никто не мог ступать на него. Когда прибыли в собор сперва Иов, удалившийся для облачения в придел Похвалы Пресвятой Богородицы, потом Иеремия, облачившийся торжественно посреди церкви, и, наконец, царь и когда царь и патриарх, а за ними и прочие архиереи и духовные власти заняли свои места, тогда царь и патриарх послали соборного протопопа Евфимия и патриаршего архидиакона Леонтия за новонареченным патриархом Иовом. Иов, приведенный ими, стал пред орлом, слегка поклонился царю и патриарху и прочел вслух свое исповедание православной веры, или присягу, совершенно сходную с тою, какую читали при поставлении своем наши митрополиты, с немногими только изменениями в словах и приспособлениями к патриаршему сану. Как только чтение окончилось, протопоп снял с Иова митру и возгласил: "Вонмем". А Иеремия, встав и издали благословляя Иова, произнес: "Благодать Пресвятого Духа нашим смирением имеет тя патриархом в богоспасаемом царствующем граде Москве и всего Российского царствия". Тогда Иов подведен был протопопом и архидиаконом к патриарху и принял от него благословение, поцеловал в уста всех архиепископов и епископов и, став пред царем и патриархом, мало поклонился им. А Иеремия, поднявшись снова и издали благословляя Иова, сказал: "Благодать Пресвятого Духа да будет с тобою". Иов тотчас взошел на уготованное ему место на возвышении, и оба патриарха здравствовали государю, а государь здравствовал им, и все архиереи и освященный Собор здравствовали царю и патриархам. Иов, поклонившись до земли, отошел в придел Похвалы Пресвятой Богородицы, а государь, приняв благословение у Иеремии, перешел с возвышения на свое царское место. Иеремия начал литургию, и, в то время как он после малого выхода вошел в главный алтарь, протопоп и архидиакон привели Иова из придела Похвалы Богородицы и поставили пред царскими дверьми этого алтаря. По окончании Трисвятой песни Иов был введен в самый алтарь чрез царские врата двумя старшими архиереями. И Иеремия совершил над ним вместе с другими святителями полное архиерейское рукоположение с произнесением молитвы: "Божественная благодать, всегда немощная исцеляющая" и пр., равно как и других молитв. Потом оба патриарха продолжали литургию вместе. По окончании ее святители вывели новопоставленного патриарха из алтаря на возвышение посреди церкви и три раза сажали его на кафедру при пении ему многолетия. Здесь Вселенский патриарх вручил Иову посох святого Петра митрополита, а царь, взошедши на то же возвышение, пожаловал новому патриарху золотую панагию с драгоценными камнями, мантию и белый клобук с украшениями и, вручая ему другой посох, произнес ту самую речь, с некоторыми приспособлениями к случаю, которую прежде говаривали наши государи митрополитам при вручении им жезла, на что Иов также отвечал обычною речью государю. Потом оба патриарха благословляли народ на все четыре стороны, а все духовенство, и бояре, и певчие дьяки многолетствовали государю и патриархам.

В тот же день был у государя стол для обоих патриархов, знатного духовенства и бояр, и, когда подано было третье кушанье, святейший Иов поднялся из-за стола и отправился с воздвизальным крестом в руках на осляти вокруг "города старого". Осля вел государев окольничий князь Лобанов-Ростовский да патриархов боярин Плещеев. Пред патриархом шли певчие дьяки и пели избранные стихиры; за патриархом - государевы дворяне, да его дьяки, и дети боярские, и множество народа. На Флоровском мосту патриарх сошел с осляти на приготовленное место, прочел молитву о благоденствии города, царя и царства, потом осенил святым крестом и окропил святою водою на все четыре стороны, сел на осля и отправился ко дворцу, а по возвращении в царские палаты снова занял свое место за столом. По окончании трапезы явлены были богатейшие дары, сперва от царя, потом от царицы, обоим патриархам, греческим митрополиту и архиепископу и всем другим лицам, находившимся в свите Иеремии.

На другой день, 27 генваря, в понедельник, Иов отслужил обедню на своем дворе у Соловецких чудотворцев и давал обед для патриарха Иеремии, всего высшего духовенства, русского и греческого, и нескольких бояр и дворян по назначению самого государя. Замечательна встреча обоих патриархов в патриарших палатах. Иеремия захотел первый просить себе благословения у новопоставленного Московского патриарха. Но Иов сказал: "Ты мне великий господин, и старейшина, и отец; от тебя принял я благословение и поставление на патриаршество, и ныне тебе же подобает нас благословить". На это Иеремия отвечал: "Во всей подсолнечной один благочестивый царь, а впредь что Бог изволит; здесь подобает быть Вселенскому патриарху, а в старом Цареграде за наше согрешение вера христианская изгоняется от неверных турок". И затем сначала Иеремия благословил Иова, потом Иов Иеремию, оба облобызались. Вскоре, еще до начала трапезы, оба патриарха и прочие архиереи приглашены были в царский дворец, где Иов в Золотой палате поднес государю свое "благословение", или "поминки"; оттуда перешли в покои царицы Ирины, где благословили ее и боярских жен, ей служивших, причем Иов поднес и царице свои поминки, а она снова пожаловала обоих патриархов своими дарами, и Цареградскому, между прочим, сама вручила драгоценный золотой потир, усыпанный шестью тысячами жемчужин кроме других камней. Возвратившись из дворца, патриархи и их спутники сели за трапезу, по окончании которой Иов явил свои подарки Вселенскому патриарху и прибывшим с ним двум святителям и прочим лицам. Во вторник, 28 января, утром приходили к Иову знатные бояре, дворяне, приказные, гости и торговые люди и, поздравляя его с посвящением в патриархи, подносили ему хлеб-соль и разные многоценные подарки. Потом Иов совершил литургию в Успенском соборе и давал обед собственно для своего русского духовенства, бояр, боярских детей, приказных и гостей. На третьей ястве патриарх вышел из-за стола, и, как прежде, сел на осля, и объехал вокруг "города большаго каменнаго". При этом осля под патриархом вел сначала Борис Федорович Годунов с патриаршим боярином Плещеевым, а потом князь Лобанов-Ростовский. По возвращении в свои палаты Иов докончил начатую трапезу с своими гостями и с благословением отпустил их восвояси. В четверг, 30 января, Иов рукоположил на митрополию Новгородскую архиепископа Александра, а в один из ближайших дней и на митрополию Ростовскую архиепископа Варлаама. В первых числах февраля (4 11) с дозволения государя Вселенский патриарх ездил в Свято-Троицкую Сергиеву лавру и провел там пять дней. Монастырские власти поднесли ему и всем прибывшим с ним различные поминки по предварительному указанию самого государя. Пред наступлением Великого поста Иеремия начал было снова проситься на родину. Но Борис Годунов прибыл к нему на подворье и, указывая на трудности путешествия в такое время, умолил святейшего именем своего государя продолжить еще свое пребывание в Москве.

В мае месяце, незадолго до отъезда Иеремии из Москвы, царь Федор Иванович приказал написать на пергамене золотом и червленою краскою "для утверждения от рода в род и навеки" уложенную грамоту о Русском патриаршестве, в которой можно различать две главные части. В первой части говорится о пришествии святейшего Иеремии в Москву и о том, как совещался с ним государь, желая "почтить и украсить св. соборную церковь Пресв. Богородицы превысоким престолом патриаршества и тем великим делом царствующий град Москву и все свое великое Российское царство наипаче прославить и возвеличить во всю вселенную", и как действительно учреждено патриаршество в России и поставлен первый Русский патриарх Иов. Достойны замечания слова, которые, по свидетельству грамоты, произнес Иеремия царю, когда услышал мысль его о Русском патриаршестве. "Поистине, - сказал будто бы Иеремия, - в тебе, благочестивом царе, пребывает Дух Святой, и от Бога такая мысль тобою будет приведена в дело… Ибо древний Рим пал Аполлинариевою ересью, а второй Рим - Константинополь - находится в обладании внуков агарянских, безбожных турок; твое же великое Российское царство, третий Рим, превзошло всех благочестием, и все благочестивые царства собрались в твое единое, и ты один под небесами именуешься христианским царем во всей вселенной, у всех христиан, и по Божию промыслу, по милости Пречистой и по молитвам новых чудотворцев Российского царства Петра, Алексия и Ионы и по твоему царскому прошению у Бога, твоим царским советом сие превеликое дело исполнится". Во второй части грамоты повествуется, что потом, т. е. после возведения Иова на патриаршество, но какого месяца и числа, неизвестно, по произволению царя и великого князя Федора Ивановича "на утверждение православныя веры и в почесть превеликаго престола патриаршаго царствующаго града Москвы" оба патриарха - Иеремия и Иов - со всеми прочими святителями, русскими и греческими, и со всем освященным Собором советовали и соборне уложили - быть в великом царстве Русском четырем митрополитам: в Новгороде, Казани, Ростове и на Крутицах; шести архиепископам: в Вологде, Суздале, Нижнем Новгороде, Смоленске, Рязани и Твери, где прежде были епископы, и восьми епископам: в Пскове, Ржеве, Устюге, Белозерске, Коломне, Брянске, Дмитрове и еще в каком-то городе, не названном в грамоте. Все эти епископии, кроме Коломенской, существовавшей прежде, предположено было открыть вновь. Вместе с тем соборне уложили: впредь Русским патриархам поставляться в царствующем граде Москве от своих митрополитов, архиепископов и епископов по избранию Собора, с утверждения своего государя, и новопоставленному Московскому патриарху извещать о своем поставлении Вселенского патриарха, который также будет отписывать ему о своем поставлении; всех же митрополитов, архиепископов и епископов русских по избранию Собора и соизволению государя поставлять Московскому патриарху. Эту уложенную грамоту скрепили: сам царь своею печатью, оба патриарха печатями и подписями, три русских митрополита и греческий печатями и подписями, пять русских архиепископов и греческий подписями, а два из них и печатями, один епископ печатью и подписью и затем многие архимандриты, игумены и старцы - только подписями. В последний раз пред отъездом Иеремии государь принимал его у себя еще с большею торжественностию, чем в первый; вновь одарил его, и его родственников, и всех прибывших с ним весьма щедро и, между прочим, собственноручно передал ему драгоценную митру, осыпанную жемчугом и каменьями, с распятием наверху и с жемчужною надписью вокруг: "От царя патриарху". А когда Иеремия, отправившийся в Литву и провожаемый на всем пути по России со всеми почестями, переехал русскую границу, его настиг в Орше посланец царский и вручил ему от имени царя тысячу рублей на сооружение патриархии в Царьграде и вместе с грамотами от царя и от Годунова к самому Иеремии грамоту к турецкому султану Мурату, в которой Федор Иванович просил Мурата, чтобы он велел своим пашам "держать патриарха Иеремию в бережении по старине во всем".