По повелению государя в 13-й день генваря 1589 г., следовательно спустя ровно полгода со времени приезда патриарха Иеремии в Москву, Годунов и дьяк Андрей Щелкалов ездили на подворье к патриарху и говорили ему: "Посылал к тебе государь наш, чтобы ты остался на патриаршестве Владимирском и всея России, но ты на то не произволил. И помыслил государь с своею благоверною царицею, поговорил с нашими боярами и велел посоветоваться с тобою о том, чтобы тебе благословить и поставить патриарха на Владимирское и Московское патриаршество из Российского Собора, кого Господь Бог, и Пречистая Богородица, и великие чудотворцы Московские изберут". Святейший Иеремия, советовав о том много с Годуновым, приговорил, что он на патриаршество Владимирское и Московское и всея России благословит и поставит из Российского Собора, кого благочестивый государь произволит, и благословение свое даст, чтобы впредь патриархам поставляться в Российском царстве от митрополитов, и архиепископов, и епископов по чину патриаршескому, а его бы государь пожаловал отпустил в Царьгород.

В 17-й день генваря собрались в царствующем граде Москве на Собор государь царь Федор Иванович, митрополит Иов, архиепископы: Новгородский Александр, Казанский Иеремия, Ростовский Варлаам, епископы: Суздальский Иов, Рязанский Митрофан, Смоленский Сильвестр, Тверской Захария, Коломенский Иосиф, Сарский Геласий, многие архимандриты, игумены и соборные старцы. Государь произнес на Соборе речь, в которой подробно изложил, как изначала поставлялись Русские митрополиты от Цареградских патриархов, а потом начали поставляться от своих архиепископов и епископов, как сносился он с Антиохийским патриархом Иоакимом об учреждении патриаршества в России и затем с патриархом Цареградским Иеремиею и как последний согласился наконец исполнить волю государя - поставить для России патриарха. По окончании речи государь предложил митрополиту Иову посовещаться со всеми отцами Собора, как бы, Бог дал, такое великое и преславное дело в России устроилось. Отцы Собора, посоветовавшись между собою, отвечали, что полагаются на волю его, благочестивого государя. Тогда приговорил государь с митрополитом и со всем Собором ехать к святейшему Иеремии дьяку Андрею Щелкалову, чтобы расспросить патриарха о патриаршеском поставлении и взять у него письменное сказание, как бывает это поставление. Иеремия отвечал Щелкалову, что поставление патриархов бывает так же, как и митрополитов, архиепископов и епископов, и дал ему вкратце изложенный на греческом языке рукописный чин патриаршеского поставления в великой цареградской церкви. Получив этот чин, государь послал еще дьяка Андрея Щелкалова на митрополичий двор сделать выписку, как бывает поставление митрополичье, и Щелкалов выписал и представил государю весь чин, по которому совершилось в 1581 г. поставление нашего митрополита Дионисия.

В 19-й день генваря царь Федор Иванович приговорил с митрополитом Иовом, с архиепископами, епископами, и всем Собором, и с боярами послать к святейшему Иеремии Ростовского архиепископа Варлаама и Смоленского епископа Сильвестра в сопровождении нескольких архимандритов, игуменов и старцев и дьяка Андрея Щелкалова, чтобы посоветоваться, как тому великому делу быть, когда быть избранию и наречению Московского патриарха и когда самому посвящению. Иеремия после совещания с прибывшими к нему приговорил: возвести на Московское патриаршество того, кого изберет Бог, и Пречистая Богородица, и великие чудотворцы Московские Петр, Алексий и Иона, и избранию быть в четверг 23 генваря, а поставлению - в следующий воскресный день, 26 генваря. Затем Иеремия стал расспрашивать, как происходит в Москве поставление митрополитов. Щелкалов отвечал: "Чин поставления у нас митрополита тот же, что и чин патриаршего поставленья, который ты написал и прислал государю, только твой чин изложен кратко, а в нашем чине написано сполна обо всем". Иеремии рассказали в общих чертах весь ход приближавшейся церковной церемонии и представили на бумаге самый "приговор государя царя о наречении патриарха Московского и всея России". Здесь во всей подробности начертан был план, по которому имело совершиться избрание и наречение Московского первосвятителя, и - что особенно замечательно - наперед были указаны самые лица, которых должно было избрать в кандидаты как на патриаршество, так и на вновь открывавшиеся митрополии, Новгородскую и Ростовскую.

Согласно с этим приговором, 23 генваря собрались в Успенский собор все русские архиереи, кроме митрополита Иова, оставшегося в своем доме, и отправили из среды своей двух епископов с несколькими настоятелями монастырей и старцами пригласить туда же Вселенского первосвятителя. Встреченный у собора с величайшею торжественностию, Иеремия в сопутствии двух своих греческих иерархов вошел в церковь и, приложившись к святым иконам и мощам святителей, стал на месте против чудотворной Владимирской иконы Пресвятой Богородицы и советовался тайно с архиереями об избрании патриарха. Тогда митрополит греческий Иерофей, архиепископ Казанский Тихон, Елассонский Арсений и епископы - Суздальский Иов, Смоленский Сильвестр, Рязанский Митрофан, Тверской Захария, Коломенский Иосиф и Крутицкий Геласий - удалились в придел Похвалы Пресвятой Богородицы и, заняв приготовленные для них места, избрали на патриаршество трех кандидатов, предуказанных в приговоре: Иова, митрополита Московского, Александра, архиепископа Новгородского, и Варлаама, архиепископа Ростовского, составили акт, или грамоту, избрания и собственноручно подписали его. Затем точно так же избрали трех предуказанных в приговоре кандидатов на митрополию Новгородскую: архиепископа Новгородского Александра, архимандрита троицкого Киприана и архимандрита рождественского во Владимире Иону - и трех также прежде указанных кандидатов на митрополию Ростовскую: Ростовского архиепископа Варлаама и архимандритов - новоспасского Сергия и чудовского Феодосия - и составили акты их избрания. Эти акты избиратели представили патриарху, который вместе с ними и отправился к государю. Федор Иванович, окруженный боярами, встретил патриарха и всех архиереев у дверей своей Золотой палаты и, приняв от патриарха благословение, пригласил их сесть. Чрез несколько минут Иеремия встал, возвестил царю о совершившемся избрании и поднес ему самую грамоту избрания кандидатов на патриаршество. Государь приказал дьяку Щелкалову прочитать эту грамоту вслух и из числа названных в ней избрал на патриаршество митрополита Иова, а вслед за тем послал трех архиереев и двух бояр звать его к себе. Когда Иов явился, государь встретил его в дверях своей палаты вместе с патриархом Иеремиею и со всем Собором и принял благословение от Иова. Последний принял благословение от Иеремии и поцеловался с ним в уста по обычаю патриархов. Государь сказал Иову речь, в которой объявил ему об его избрании в патриархи и просил его молитв. А Иеремия благословил Иова как "нареченного" в патриарха Московского и всея России. После того Иеремия поднес государю два остальные акта избрания кандидатов на митрополии Новгородскую и Ростовскую. Акты были прочитаны тем же дьяком Щелкаловым, и государь избрал и утвердил на первую митрополию Новгородского архиепископа Александра, а на вторую - Ростовского архиепископа Варлаама; Иеремия благословил того и другого в митрополиты и посвящение их предоставил будущему Московскому патриарху Иову. Так совершилось наречение первого нашего патриарха, в палатах государя, а не по тому чину, который дан был Иеремиею и по которому оно должно было совершиться в церкви. И хотя из царских палат оба патриарха пошли в Успенский собор, но там уже не происходило никакого наречения, а только после краткого молитвословия приложились они к святым иконам, сотворили между собою братское о Христе целование и расстались. Иеремия тотчас отправился на свое подворье, сопутствуемый несколькими архиереями и архимандритами. А Иов выслушал в соборе литургию и уже тогда пошел в свой двор также в сопровождении архиереев и архимандритов, которые и многолетствовали ему там на патриаршество Московское.