Заботясь об устроении высшей церковной иерархии, патриарх Иов обратил внимание и на низшую. Едва прошло сорок лет, как Стоглавый Собор издал правила для поддержания благочиния в низшем духовенстве и учредил в Москве и других городах поповских старост и десятских священников,эти правила были уже забыты, и в Москве поповских старост и десятских священников как бы не существовало. В духовенстве московском замечены были самим царем прежние недостатки. Иные попы и диаконы предавались нетрезвости, иные вовсе не служили в своих церквах, а нанимали для того сторонних священников, или если и сами служили, то несвоевременно и неисправно; иные неприлично держали себя во время царских молебнов, панихид, крестных ходов, иногда и совсем уклонялись от них; некоторые не отправляли заказных литургий, молебнов и панихид; немало также беспорядков производили в Москве пришлые священники. И вот, в 13-й день июня 1592 г. патриарх Иов по приказу государя с митрополитами, игуменами и всем освященным Собором приговорил: учредить в Москве восемь поповских старост (прежде было семь), каждому из них подчинить по сорока священников и дать в помощь по четыре десятских диакона (прежде десятскими были священники) и поставить для них избу у Покрова Пресвятой Богородицы на Рву, чтобы в той избе поповские старосты и десятские сходились каждый день. В обязанность поповским старостам было вменено вообще иметь надзор за подведомым духовенством и о неисправностях его доносить патриарху. В частности, старосты должны были наблюдать: а) чтобы во всех церквах ежедневно отправлялись церковные службы и пред литургиею пелись молебны о благостоянии святых Божиих церквей, о здравии государя и его семейства, о воинстве и всем православном христианстве и особенно чтобы совершались молебны в царские дни, а в определенные дни царские панихиды с заупокойными обеднями по прежним государям, о чем старосты обязаны были посылать по всем церквам "памяти"; б) чтобы на торжественные молебствия в соборном храме и на крестные ходы с патриархом собирались все священники, вели себя на них пристойно, не отставали во время ходов и не расходились до окончания их; в) чтобы попы сами служили по своим церквам, а не нанимали "наймитов", кроме великой нужды; г) чтобы черные попы не нанимались служить по мирским церквам, а жили и служили в своих монастырях; д) чтобы также не нанимались попы приходских и ружных церквей, а служили бы у себя; впрочем, если у тех церквей будет по два или по три попа, то недельный поп должен держать службы в своей церкви, а его товарищи могут наниматься для служения в других церквах, только с разрешения патриарха, т. е. получив на то "знамя" от патриаршего тиуна; е) чтобы безместные московские священники приходили стоять у Покрова Пресвятой Богородицы близ поповской избы и там нанимались служить в церквах с разрешения патриаршего; ж) чтобы попы из других городов и сел не проживали в Москве и не нанимались здесь служить в чужих церквах, оставляя без службы свои; впрочем, из приезжих попов могли с разрешения патриарха наниматься для службы в московских церквах те, которые приезжали "за делы, о своих нуждах, а не тягатися"; з) чтобы нанимающиеся попы брали за ежедневную службу только по алтыну, а во Владычные и Богородичные праздники и на Святой неделе - по два алтына, отнюдь не более; и) чтобы, когда христолюбцы принесут в поповскую избу милостыню для раздачи по церквам на молебны или панихиды, милостыня непременно рассылалась по церквам и в них отправляемы были заказные молебны и панихиды. Для наблюдения же за самими поповскими старостами и десятскими диаконами, за точным исполнением ими своих обязанностей патриарх Иов тем же соборным приговором назначил четырех протопопов: двух дворцовых - спасского и сретенского и двух городских никольского и покровского, которые обязаны были в случае нерадения поповских старост и десятских поучать их и вразумлять, а потом, если не исправятся, извещать о том патриарха.

Чрез десять лет (1 октября 1604 г.), однако ж, патриархов тиун, которому поручено было выдавать знамена священникам, нанимавшимся служить по церквам, доложил патриарху, что поповские старосты и десятские в избу не приходят и попов и диаконов от бесчинства не унимают, безместные попы и диаконы в поповскую избу не ходят и пред литургиею правила не правят, а садятся у Флоровского моста и чинят великие бесчинства, заводят игры, бранятся и борются между собою и тут же нанимаются служить литургию; приезжие попы нанимаются служить без разрешения и ему, тиуну, ставленых своих грамот не кажут, его не слушают, бранят и позорят. Тогда патриарх Иов приказал позвать всех поповских старост к себе, убеждал их быть ревностными к своему долгу и велел вновь выдать им письменный наказ, в котором, впрочем, изложены были прежние правила, только в другом порядке и с немногими дополнениями. Здесь, например, было сказано: а) если у каких-либо храмов, ружных и других, нет приходов или и есть, да не великие и попам и диаконам нечем кормиться, то им велеть служить в своих храмах только по субботам, воскресеньям и праздникам, а в прочие дни наниматься для служения в иных церквах; б) старостам смотреть внимательно, чтобы попы ружные и приходские не служили обеден рано, до восхода солнечного, а служили бы обедни в третьем часу дня; только в те дни, когда в соборе бывают молебны или крестные ходы, могут служить обедню раньше; в) смотреть также поповским старостам и десятским, чтобы безместные попы и диаконы, не явясь патриархову тиуну, не нанимались служить обеден и чтобы тиун брал с них только по деньге от обедни, не больше; а если он начнет брать больше, то старостам доносить на него патриарху, или если поп и диакон наймутся где-либо служить, не явясь тиуну, то тиуну брать с них промыту по две гривны да хоженого по десяти денег.

Патриарх Иов установил, разумеется с согласия Собора и соизволения государя, несколько новых церковных праздников. Первый по времени в честь Василия Блаженного, Христа ради юродивого, Московского. С 1588 г. у гроба его начали совершаться многое чудеса, вследствие этого патриарх с Собором определил праздновать память новоявленного чудотворца в день его кончины 2 августа, а царь Федор Иванович велел устроить в Покровском соборе придел во имя Василия Блаженного на месте, где был он погребен, и соорудил для мощей его серебряную позлащенную раку. Второй праздник - в честь преподобного Иосифа Волоколамского: ему Собором 1579 г. положено было праздновать только местно, в основанной им обители, но Собором 1591 г. определено праздновать по всей России 9 сентября, и сам патриарх Иов написал преподобному канон и исправил службу. Третий - в честь трех святителей Московских - Петра, Алексия и Ионы: особые празднества каждому из них существовали уже прежде, теперь, в 1595 г., постановлено было праздновать еще всем им вместе, в один день, 5 октября. Четвертый - в честь Казанских чудотворцев Гурия и Варсонофия: мощи того и другого обретены были вместе 4 октября 1595 г. и вслед за тем положено было праздновать этот день обоим святителям. Пятый - в честь благоверного князя углицкого Романа Владимировича. Он жил еще в XIII в., но мощи его обретены нетленными только в 1595 г. и по указу патриарха Иова свидетельствованы Казанским митрополитом Гермогеном и перенесены в новую соборную церковь Углича, в которой почивают доселе, тогда же постановлено было местно праздновать благоверному князю в день его кончины, 3 февраля. Шестой - в честь преподобного Антония римлянина, мощи которого открыты в 1597 г. Седьмой - в честь преподобного Корнилия Комельского. В 1600 г. игумен Корнилиева монастыря Вологодской епархии донес патриарху Иову, что от мощей преподобного Корнилия в продолжение многих лет совершаются чудесные исцеления различных болезней, и представил на рассмотрение Собора житие преподобного, стихиры ему и канон. Отцы Собора спросили находившегося между ними Вологодского архиепископа Иону про чудеса преподобного Корнилия, и Иона подтвердил, что от раки преподобного действительно бывают многочисленные чудеса, и присовокупил, что ему уже местно празднуют не только в основанной им обители, но и в Вологде и во всем Вологодском уезде. После этого Собор, рассмотрев житие преподобного Корнилия с стихирами и каноном ему и нашедши, что они составлены "по образу и по подобию, якож и прочим святым", определил: праздновать преподобному Корнилию по всей России в 19-й день мая. Кроме того, с дозволения государя и благословения патриарха Иова в 1595 г. перенесены были из тверского Отроча монастыря в Соловецкий мощи святителя Московского Филиппа, и началось местное празднование ему 9 генваря, а в 1595 г. перенесены были мощи Казанского святителя Германа из Москвы, где он скончался и был погребен в церкви Николая Чудотворца, называемого Мокрым, в свияжский Богородицкий монастырь, им основанный, и началось местное празднование этому святителю 6 ноября.