С 361 года император Юлиан Отступник (361–363) возвратился к политике религиозной терпимости и позволил развиваться различным христианским течениям (с целью способствовать дальнейшему ослаблению христианской церкви, раздираемой на фракции, что позволило бы восстановить традиционную веру). Однако политика Юлиана лишь разрушила арианское единство и привела к укреплению кафолицизма. За полтора года правления языческого императора попытка реставрации прежнего культа потерпела неудачу. Причину неудач, вероятно, следует искать в том, что в то время как Юлиан, продолжая придерживаться прежних традиционных взглядов, с целью достижения единства империи хотел объединить различные воззрения и религии в эклектическую (синкретическую) систему, христианство представляло собой синтез, основанный на коренных изменениях, соответствующих новому единству и представлявших собой фактический разрыв с прошлым, — и в этом заключалась его большая притягательная сила.
После поворота, осуществленного Константином, в Риме при избрании папы власти и сенат все в большей мере оттесняли простых верующих. Круг лиц, имевших право избирать папу и быть избранными, все в большей степени ограничивался высшим клиром: претендентами на епископскую власть стали пресвитеры, архидиаконы и диаконы. Низший клир и народ лишь поддерживали избрание одобрительными возгласами. Избранного освящали елеем и миром епископы провинций. В результате этого акта рукоположения (consecratio) он получал епископское достоинство, самое высокое в церковной иерархической системе. После рукоположения происходила торжественная интронизация в епархиальном соборе. Разница между процедурой рукоположения в епископы и вводом в епископские обязанности состояла в том, что в интронизации принимали участие и миряне. Епископ в соборе садился на трон, отсюда и появилось выражение возвести на папский трон, престол.
С середины IV века до нас впервые доходят сведения о том, что между партиями, образованными для возведения своего кандидата на трон римского епископа, разыгрывались кровавые уличные бои. Папа Дамас (366–384) был диаконом у своего предшественника. Однако против него выступил диакон Урсиний; в ходе боев, разгоревшихся между двумя противоборствующими партиями, не щадили даже церквей, даже в них совершались убийства. Императору Валентиниану I (364–375), а также римскому городскому префекту пришлось вмешаться для восстановления порядка и для защиты Дамаса, признанного ими законным папой. Однако вмешательство властей нарушило самостоятельность римской церкви. Императору Грациану (367–383) пришлось принять к сведению и подтвердить решение собора 378 года о праве римской церкви свободно избирать папу. Император Грациан подтвердил митрополитство (судебную власть) римского епископа над епископами Запада. Его преемники императоры Феодосий (379–395) и Валентиниан II (375–392) в последующих законах признали и гарантировали наставническую верховную власть римского епископа в церкви.
После своего официального признания христианская церковь, выступавшая с требованиями универсальности и целостности, довольно рано стала нетерпимой по отношению к нарушителям единства. Император Феодосий вместе со своими соправителями Грацианом и Валентинианом II в эдикте от 27 февраля 380 года, направленном жителям Константинополя, предписывал в законном порядке всем народам империи придерживаться христианского кафолического (вселенского) вероисповедания, ортодоксальной веры: «Мы повелеваем, чтобы все народы, которые находятся под нашим милостивым управлением, жили в той религии, которую, по преданию, апостол Святой Петр передал народу Рима и которая с тех пор и до наших дней живет несломленная. Это то вероисповедание, которое папа Дамас и епископ Александрии Петр, муж апостольской святости, считают правильным, — читаем в эдикте. — Следовательно, каждый должен верить в соответствии с апостольским вероисповеданием и евангельским учением в единую божественную суть одного ранга Отца, Сына и Святого Духа, в Святую Троицу.
Повелеваем, что те, кто следует этому вероисповеданию, могут носить имя «кафолического христианина», остальные же… пусть носят позорное имя, соответствующее своему еретическому вероучению, их общины не могут называться экклезиями (церквами); пока мы предаем их Божьей каре, но впоследствии… мы сами позаботимся об их наказании». Эдикт представлял собой уже типичный пример религиозной нетерпимости. Христианство стало не только установленной законом государственной религией, но таковой считалось только кафолическое христианство, проповедовавшее никейский символ веры. Постановление заслуживает внимания еще и потому, что в нем прослеживается стремление, возведенное в ранг императорского закона, вывести происхождение епископа Рима, наставнической власти папы Дамасия от Святого Петра, подтвердить апостолический характер должности епископов.
Но из этого также следует, что не только римский, но и александрийский епископ является хранителем апостольской и евангельской веры. Этот эдикт уже однозначно квалифицирует вероисповедания, отклонившиеся от никейского символа веры, как ереси и, как таковым, не гарантирует им привилегий, положенных христианству.
Благодаря государственной власти стало общепризнанным фактом, что первостепенной функцией римского епископа внутри церкви является сохранение единства церкви. Это вначале проявилось в виде наставничества в отношении сохранения чистоты и единства кафолического вероучения и его аутентичного дальнейшего развития. Примат римского епископа еще не означал вселенской церковно-административной власти, потому что при тогдашнем уровне централизации в системе формирующегося патриархата патриархи осуществляли юрисдикцию над церковью в своих провинциях.
Императоры Грациан и Феодосий в 381 году, а затем в 383 году запретили подданным возвращаться в языческую веру, а также переходить в иудаизм (иудейскую веру). 8 ноября 392 года Феодосий вместе со своими соправителями-цезарями вынес постановление, согласно которому лица, отправляющие языческие культы, невзирая на их положение в обществе, «за нарушение закона о вере лишаются дома и земельного владения, где они поклоняются языческим суевериям». Конфискованные здания и земельные владения изымались в императорскую казну. Превращение христианства в обязательную государственную религию повлекло за собой преследование нехристианских культов со стороны государства. В силу того, что христианство заняло господствующее положение, языческие религии попали в положение преследуемых, в котором прежде находилось христианство.
Император Феодосий в 381 году созвал епископов восточной части империи на вселенский собор в Константинополе, на котором было восстановлено единство церкви на основе кафолицизма (Никейского символа веры) и отвергнуто арианство. Во вселенском соборе принимало участие 150 ортодоксальных и 36 арианских епископов, но ни папа, ни епископы Запада на соборе не присутствовали. Собор по настоянию Феодосия осудил арианство и дополнил Никейский символ веры учением о Святом Духе.
В других канонах собора 381 года было уделено внимание вопросам организации церкви. Третий канон гласил, что епископ Константинополя, который до этого подчинялся митрополиту фракийского города Гераклея, соответственно с принципом размещения по чести занимает место непосредственно после епископа Рима. Согласно этому канону епископ Нового Рима по рангу опередил Антиохию и Александрию. Повышение Константинополя в церковном ранге в то время еще не было направлено непосредственно против Рима, а было следствием развернувшегося на Востоке соперничества и привело к нарушению главным образом прав и самостоятельности Александрийской церкви. Понятно, что против этого постановления наиболее решительно протестовали на соборе представители Александрии. Борьба вокруг места на иерархической лестнице приняла также теологические формы: теперь Константинополь стал крепостью ортодоксии, а Антиохия и Александрия — оплотами арианства.
Другие каноны Константинопольского собора 381 года стабилизировали систему патриархата. В соответствии с административным делением Востока (на Востоке было пять диоцезов) было образовано пять «Архимитрополий» с центрами в Фессалонике, Гераклее, Цезарее, Эфесе и Константинополе. Одновременно были установлены и территориальные границы указанных единиц. Тогда же Константинополь был возвышен в ранг патриархата и в первую очередь попытался распространить свою юрисдикцию на Балканы и Грецию.