Но при всем том в завоеванной провинции дела обстояли не совсем благополучно. Туземцы Нумидии и Мавритании, различные колена берберийского происхождения хранили выжидательное положение и, приняв подданство императора и дав ему заложников, группировались около своих племенных князей и выжидали удобного случая, чтобы показать свою самостоятельность и напасть на города и селения, принадлежавшие культурному романскому элементу. Означенные колена имели уже довольно прочную организацию, составляя значительные союзы колен под одною военною властью и будучи в состоянии выставить в случае нужды до 30 тыс. конных воинов. Местные кочевые и полузависимые племена были в состоянии свергнуть византийское господство, если бы между ними было больше согласия и сознания общих интересов. Только благодаря взаимной вражде племен и кровавой мести византийскому главнокомандующему удавалось иметь дело не с целым народом, а с отдельными коленами, и в каждом частном случае получать перевес над врагом. Вследствие назначения в Африку опытных и энергичных генералов, патрикиев Соломона и Германа, которым вручалась гражданская и военная власть, Юстиниану удалось потушить восстание берберийских племен, к которым присоединилась и часть войска, и после решительных побед, одержанных над повстанцами в 539 г., дать вновь завоеванной провинции сравнительное спокойствие, безопасность и благосостояние.
После Юстиниана значение африканских владений приобретало большее и большее значение вследствие естественных богатств, мира и высокой культуры, какою пользовалась эта страна, находившаяся далеко от центра, а равно вследствие экономической зависимости Константинополя от подвоза хлеба из африканских портов. Ввиду признания исключительной важности западных владений империи правительство императора Маврикия решило ввести в администрации Африки важные реформы, подчинив ее одному лицу, в руках которого соединена была гражданская и военная власть, с титулом экзарха. Таким образом на западе рядом с Равеннским экзархатом возник Африканский, к которому были причислены следующие области: проконсульская провинция, Бизацена, Нумидия и Мавритания, острова Сардиния и Корсика 5.
В начале VII в. Африканский экзархат имел во главе патрикия и экзарха Ираклия, который достиг в Африке почти неограниченной власти во время правления Фоки, и которого сын, освободив империю от тирании Фоки, вступил на престол в 610 г. В этих событиях с особенной ясностью выступила чрезвычайно важная роль провинции Африки и стоявшей во главе провинции фамилии Ираклиев. Т. к. в движении против Фоки участвовали не только регулярные африканские войска, но и контингенты от полузависимых мавританских и берберийских племен, то понятно, что успех революционного движения, выдвинувший Ираклия, тесней скрепил Африканский экзархат с империей и объединил в общей идее подчинения потомкам Ираклия разноплеменный состав экзархата. Нельзя здесь не вспомнить того обстоятельства, что раз, находясь в отчаянном положении вследствие угрожающего положения от персов, Ираклий принял решение в 619 г. оставить Константинополь и перенести столицу империи в Карфаген. Только настоятельные увещания патриарха Сергия и просьбы населения удержали царя от принятого решения. Особенное внимание Ираклия к Африканскому экзархату видно и в том, что управление им доверялось царским родственникам, пользовавшимся исключительным доверием Ираклия. Таков экзарх Никита, двоюродный брат царя, сын его дяди Григория. Впоследствии во главе экзархата был сын упомянутого Никиты.
До какой степени непрочно было положение столицы империи ввиду постоянных угроз со стороны персов и аваро-славян и как в этом отношении Запад, где уже прекратились волнения и передвижения народов, представлял более безопасности и спокойствия сравнительно с Востоком, видно на примере императора Константа II, который в 662 г. пытался перенести столицу в Рим и в течение шести лет жил в Сицилии, управляя отсюда восточными делами. Под мудрым управлением экзархов провинция Африка достигла в VII в. высокого благосостояния и богатства. Христианская проповедь имела большой успех между язычниками и приобщила к культурным областям многочисленные языческие племена Бизацены и Мавритании, епископы новообращенных стран принимали участие в соборах, собиравшихся в Карфагене. Торговля и промышленность африканских областей, сношения с Египтом и с Сицилией обогащали страну и создавали из нее непрерывающуюся цепь цветущих селений и городов 6. Первые впечатления арабов при ознакомлении с Египтом и Африкой полны энтузиазма и изумления перед богатством городов, роскошной природой и множеством добычи, какая доставалась завоевателям.
Первые попытки арабов проникнуть в Египет относятся к 634 г., когда еще не было окончено завоевание Персии, Сирии и Палестины. Но на сей раз опасность миновала. Ираклий сосредоточил все силы, какими располагала Африка, и приказал стратигу Пентаполя идти навстречу врагу. Может быть, сделаны были некоторые послабления в пользу берберов, которым предоставлены незащищенные области. По свидетельству арабских источников, к тому времени византийцы постепенно отступали перед туземцами, переводя свои гарнизоны в большие города и оставляя туземному населению равнины и открытые места и довольствуясь более или менее призрачной властью над прежними подданными, почти достигшими независимости 7. Существенными недостатками византийского господства, подтачивавшими в самом основании авторитет власти христианского императора, была финансовая система, в особенности же упорная церковная политика, стремившаяся к проведению единства в религиозных воззрениях. Большинство египетского населения принадлежало к монофизитскому толку, в особенности в Верхнем и Среднем Египте. Император как исповедник учения о двух естествах во Христе всеми мерами стремился провести на Востоке идею религиозного единства и для этого издал известную формулу «экфесис», которою имел в виду сблизить враждующие партии. К несчастью, его религиозная политика встретила большое недовольство в Африке, где учение о двух естествах и волях сделалось символом господствующей византийской политической и народной партий, а монофизитизм и монофелитство слились с освободительными притязаниями местного африканского населения, в особенности коптов.
Ко времени арабского вторжения в Египет вражда между коптами и греками в особенности получила большое напряжение на почве религиозных несогласий. Т. к. мусульманам было хорошо известно положение дел в византийских владениях Египта, то понятно желание Омара воспользоваться возгоревшейся с новой силой борьбой для торжества религии пророка. Считая, однако, это предприятие весьма серьезным, Омар не сразу уступил настоятельным требованиям лучшего тогдашнего полководца, уже получившего известность завоеваниями в Палестине, Амру ибн Аасу, который считал нужным предпринять поход в Египет. Говорят, что Омар послал арабскому вождю следующее письмо касательно похода: «Если это письмо попадет в твои руки прежде, чем вступишь в Египетскую землю, то воротись назад; а если уже ты перешел границу, то продолжай поход». Амру прочитал это письмо уже по переходе за границу и на собственный страх пошел к столице фараонов Мемфису. Первый укрепленный пункт, в котором находился гарнизон, оказавший сопротивление арабам, был в Фарме (Пелузий), поблизости нынешнего Порт-Саида. Здесь Амру простоял 30 дней и взял город при помощи коптов. Затем через Бильбейс арабский вождь направился к Вавилону, на левом берегу Нила, где получил из Аравии значительные подкрепления. Эта местность находится поблизости от нынешнего Каира и получила важное значение в истории мусульманского господства в Египте как столица арабских завоевателей.
Вскоре по завоевании Вавилона арабы получили прочные основания для своей власти в расположении местного населения, которое под предводительством влиятельного и богатого Мукавка вошло с завоевателями в соглашение насчет условий подчинения коптов арабам.
Требования арабского вождя были умеренны, ибо, не посягая на свободу верования коптов, Амру ограничился назначением умеренной поголовной подати, собираемой только с взрослого мужского населения. Полагают, что число обложенного этой податью населения доходило до 6 миллионов 8. Греческое и романизованное пришлое население принуждено было спасаться в укрепленные места и, главным образом, Александрию, куда направился Амру, пользуясь услугами и всяческим содействием со стороны местных жителей.