Строительство деревянной крепости было окончено за пять месяцев, и к середине сентября она уже могла противостоять нападению неприятеля. Фортификационные сооружения разделялись на две равные половины каналом, который был выкопан для обеспечения гарнизона водой в случае осады. По обеим его сторонам было выстроено по четыре ряда домов, крытых, по примеру финских, дерном или берестой. Напротив Петропавловской церкви стоял дом первого коменданта крепости К. Э. Ренне, рядом располагались дома гарнизонных офицеров. Чуть поодаль находились казармы, арсенал, провиантские магазины, дома священника и церковного причта. Подъемный мост соединял крепость с Городовым островом. Каждый день с утренней зарей на Государевом бастионе поднимали крепостной флаг при пушечном выстреле, что служило сигналом к началу работы. В десять часов пополуночи опять стреляли из пушки, указывая на наступление обеденного времени, а после вечерней зари последний выстрел сигнализировал окончание трудового дня. Крепостная пушка и колокола Петропавловской церкви день за днем размеряли трудовой день всех без исключения петербуржцев, от царя до солдата и работного человека.

Неожиданным событием в жизни строящегося города стал приход в августе 1703 года голландских торговых кораблей. Голландцы явились за строевым лесом и рассчитывали увидеть на берегах Невы шведов, с которыми у них были коммерческие отношения. Встретив новых хозяев, торговцы не растерялись и обратились к находившемуся при постройке крепости Меншикову с просьбой позволить им нагрузить лесом 12 кораблей. Александр Данилович охотно согласился — он знал, что установление связей России с европейскими государствами через Балтийское море являлось заветной целью Петра I. Государь еще в мае 1703 года назначил премии шкиперам из Голландии или других стран, которые раньше других приведут свои корабли в Шлотбург: первому капитану было обещано 500 червонцев, второму — 300, третьему — 100.

В тот раз голландцы не смогли загрузить свои корабли лесом — им помешала шведская эскадра контр-адмирала Нумерса, стоявшая на взморье и запиравшая вход в Неву. Пришлось возвращаться ни с чем. Но в начале октября 1703 года шведские корабли снялись с якорей и отправились на зимовку в Выборг, поэтому в ноябре в устье Невы беспрепятственно вошел еще один голландский корабль, нагруженный солью и вином. Меншиков радушно встретил шкипера и вручил ему обещанные полтысячи золотых ⁽⁴³⁾.

В первые годы существования Петербурга его строители и жители испытывали постоянное опасение нападений со стороны шведов. В мае 1704 года на море показались значительные морские силы противника, в то же время ожидался удар корпуса шведского генерала Шлиппенбаха по недавно занятой русскими войсками Нарве. Петр I немедленно отправился туда во главе российской армии, оставив командующим в Петербурге Романа Вилимовича Брюса, у которого было всего шесть полков пехоты и иррегулярная конница. Посланный для разведывания сил противника конный отряд обнаружил на реке Сестре восемь тысяч шведов под командованием генерал-поручика И. Г. Майделя. Брюс принял срочные меры к защите города. В ночь на 12 июля были возведены укрепления на Березовом острове у берега Невы, на них поставлены орудия, а весь имевшийся в Петербурге флот сосредоточен на Большой Неве. Это было сделано вовремя: утром того же дня неприятель приблизился к Неве как раз напротив места, где ночью были возведены укрепления, и на начатый им обстрел русские отвечали дружным огнем с батарей и судов. После четырехчасовой артиллерийской дуэли шведы отступили и заняли позиции за рекой Сестрой. В начале августа отряд Майделя снова двинулся к Петербургу. 6 августа Майдель прислал Брюсу письмо с предложением сдать Петербург, угрожая в случае отказа взять его силой оружия. В ответном послании звучала ядовитая вежливость: «Зело мне дивно, что господин генерал-поручик мне предлагает иже от моего всемилостивейшего государя и царя приказанную мне крепость Санкт-Питербурх в добре уступить. А тако да позволит господин генерал-поручик в своей земле лежащие крепости и места отойтить, такое искание получити и впред таким писанием ко мне и прочим меня да пощадит. Напоследи, како господин генерал-поручик позволит вышеупомянутые воинские помыслы у крепости Санкт-Питербурха употребляти. При том же обнадеживаю, что благоприят будешь». Майдель всё же побоялся атаковать русские позиции и в ночь на 9 августа увел свои войска по дороге на Кексгольм ⁽⁴⁴⁾.

Между тем Петербург продолжал интенсивно строиться. Неподалеку от Петропавловской крепости, на Городовом острове, Петр приказал возвести для себя маленький дом, сохранившийся до сих пор. Его соорудили из сосновых брусьев за три дня в конце мая 1703 года. В нем имелись только две небольшие низкие комнаты, разделенные узкими сенями и кухней. Все помещения в доме были обиты полотном и побелены, какие-либо украшения в них отсутствовали. Крышу покрыли маленькими сосновыми дощечками, имевшими форму черепицы и уложенными тем же способом; оконные рамы сделали из свинцовых желобков. Снаружи стены были выкрашены по голландскому образцу под кирпич, поэтому дом именовался «красными хоромцами». На крыше находились деревянные резные украшения: посредине — мортира, а по обоим концам конька — бомбы с горящим пламенем ⁽⁴⁵⁾.

Рядом с домом Петра I, на Троицкой площади, в июле — сентябре 1703 года из бревен разобранных шлиссельбургских зданий был возведен дом Меншикова — двухэтажный, с высокой крышей и шпилем, делавшим его «похожим на кирку ^[31]». Согласно описанию, приложенному к плану Петербурга 1706 — 1707 годов, снаружи дом был «обит медью и позолочен». Это здание иностранцы называли посольским дворцом, поскольку в нем Петр I принимал послов ⁽⁴⁶⁾, давал торжественные обеды и пиры. Так, уже в первый год существования Петербурга «Ведомости» сообщали об устроенном в доме Меншикова приеме в честь голландского шкипера Яна Гилбрандта, в ноябре приведшего в петербургский порт торговый корабль с вином и солью ⁽⁴⁷⁾.

Даже в то время, когда хозяин дома находился на театре военных действий в Польше и на Украине, его петербургский особняк не пустовал. 24 мая 1706 года Петр I сообщал в письме Меншикову: «Сегодни по обедни первое были в вашем дому и разговелись, и паки при скончании сего дня паки окончали веселие в вашем дому», а 23 ноября 1707-го извещал своего любимца о праздновании его именин: «В сей день Святого Александра, князя Россиского, вашего тезоимянитого, здесь в дому вашем, по благодарении Богу, веселимся». При этом царь вежливо подчеркивал, что компании гостей недоставало самого хозяина дома: «Воистинно, слава богу, веселы, но наше веселие без вас или от вас, яко брашно (еда. —  В.Н.) без соли» ⁽⁴⁸⁾…

В отсутствие Меншикова царь распоряжался его особняком по своему усмотрению: в нем иногда жили члены царской семьи и высокопоставленные иностранцы. Так, в 1708 году по распоряжению Петра I здесь на полгода поселилась вдова его брата Ивана Алексеевича, Прасковья Федоровна, с дочерьми, а в октябре 1710-го в доме на непродолжительное время расположился герцог Фридрих Вильгельм Курляндский, жених царевны Анны Иоанновны.

Дома других сподвижников Петра Великого в первые годы существования Петербурга были значительно скромнее и, по сути, представляли собой большие избы или мазанки-времянки. В таких «хоромцах» на берегу Большой Невки жили Г. И. Головкин, Я. В. Брюс, П. П. Шафиров, А. М. Черкасский и другие вельможи, которым не хватало денег на деревянные особняки.

Меншиков же не испытывал недостатка в средствах, что позволило ему в июне 1704 года приступить к строительству своей главной резиденции на Васильевском острове. Работа продвигалась быстро, но Александр Данилович требовал еще ускорить ее. 25 сентября в ожидании скорого прибытия в Петербург своей супруги Дарьи Михайловны он приказал управляющему «как мочно деревянные хоромы потрудизя к приезду ее изготовить и как мочно извольте поспешить» ⁽⁴⁹⁾.