После того как умер ставленник норманнов папа Анаклет и Иннокентий стал единственным властителем церкви, он созвал церковный собор в Латеране, который объявил недействительными все декреты антипапы и вновь отлучил его защитника Рожера от церкви. Кроме того, Иннокентий, по примеру Льва, лично возглавил поход против сицилийского государя; однако и ему, как и его предшественнику, пришлось заплатить за эту дерзость полным поражением и потерей свободы. Но победитель Рожер искал мира с церковью, который был ему тем более необходим, что Венеция и Константинополь угрожали ему новым наступлением. Из рук пленённого им папы он получил титул короля Сицилии, а оба его сына были признаны герцогами Капуи и Апулии. Ему самому, так же как и им, пришлось принести вассальную присягу папе и согласиться на уплату ежегодной дани римской церкви. Но, заключая соглашение, обе стороны обошли молчанием притязания Германской империи на эти провинции, ради которых сам Иннокентий и посылал императора в поход на Рожера. Вот как мало могли рассчитывать римские императоры на честность пап, когда последние не нуждались в их ратной силе! Рожер поцеловал у своего пленника туфлю, снова водворил его в Риме, и между норманнами и апостольским престолом воцарился мир. Что же касается императора Лотаря, то в 1137 году на обратном пути в Германию в убогой крестьянской хижине между реками Лех и Инн он закончил свою многотрудную достославную жизнь.

План этого императора, несомненно, состоял в том, чтобы его зять, герцог Генрих Баварский и Саксонский, унаследовал императорский трон; вероятно, император намеревался ещё при жизни принять к тому некоторые меры. Но смерть настигла его прежде, чем он успел сделать хоть один шаг в этом направлении.

Генрих Баварский обращался с германскими князьями надменно и во время итальянского похода вёл себя по отношению к ним как повелитель. Теперь, после смерти Лотаря, он столь же мало заботился об их дружеском расположении к себе, чем и вызвал у князей нежелание остановить на нём свой выбор. Совсем иначе вёл себя Конрад фон Гогенштауфен, который, участвуя в итальянском походе, сумел расположить к себе князей, в частности — архиепископа Трирского. Кроме того, князья ещё твёрдо памятовали недавно установленную в Германской империи свободу выборов, и всё дело было теперь в том, чтобы при выборах императора избежать малейшего намёка на право наследования престола. Родственные связи Генриха с Лотарем были, таким образом, лишним основанием, чтобы обойти его при выборах. Ко всему этому добавлялся также страх перед его превосходящими силами, которые в соединении с императорским титулом могли погубить свободу Германской империи.

Таким образом, теперь во всей государственной системе внезапно изменилось соотношение сил германских княжеских родов. Возвысившийся при прежнем государе род Вельфов, к которому принадлежал Генрих Баварский, вновь был принижен, а дом Гогенштауфенов, обиженный прежним государём, вновь одерживал верх. Как раз к этому времени умер архиепископ Майнцский, и выборы нового архиепископа обязательно должны были предшествовать выборам императора, ибо в них главную роль всегда играл архиепископ. Но все опасались, что многочисленная свита из саксонских и баварских епископов и светских вассалов, с которыми Генрих должен был явиться в день выборов, может дать ему большинство голосов, и поэтому поспешили (хоть и в нарушение правил) завершить избрание императора до прибытия Генриха. Выборы были проведены в Кобленце (в 1137 г.) под руководством архиепископа Трирского, который с особой благосклонностью относился к дому Гогенштауфенов; герцог Конрад был избран и сразу же в Аахене увенчан короной. Столь изменчивой оказалась судьба, что Конрад, которого папа при прежнем государе отлучал от церкви, теперь был предпочтён зятю того самого Лотаря, который так много сделал для римского престола. И хотя Генрих и все те князья, которые не были привлечены к выборам императора, громко роптали на эти незаконные действия — всеобщий страх перед чрезмерным усилением дома Вельфов и то обстоятельство, что папа высказался за Конрада, заставили недовольных замолчать. Генрих Баварский, в руках которого были королевские регалии, вернул их после некоторого сопротивления.

Конрад понимал, что ему нельзя остановиться на этом. Власть дома Вельфов настолько усилилась, что существование такого могущественного врага могло иметь для спокойствия государства столь же опасные последствия, какие имело бы для свободы имперских чинов возведение представителя этого дома на императорский престол. Ни один император не мог спокойно править рядом с вассалом, обладающим такой мощью, и империи грозила междоусобная война, которая разорвала бы её на части. Итак, необходимо было вновь ослабить этот дом, и задуманный план Конрад III выполнял со всей настойчивостью. Он пригласил герцога Генриха в Аугсбург, где ему предстояло оправдаться в тех обвинениях, которые ему предъявляла империя. Генрих не рискнул явиться, и на сейме в Вюрцбурге император после бесплодных переговоров объявил его в имперской опале; на другом сейме в Госларе у него были отняты права на оба его герцогства: Саксонию и Баварию.

Скорый суд сопровождался столь же энергичными действиями. Баварию передали соседу Генриха, маркграфу Австрийскому, Саксонию получил маркграф Бранденбургский, Альбрехт, по прозванию Медведь. Баварию герцог Генрих отдал без сопротивления, но Саксонию он надеялся спасти. Воинственное, преданное ему саксонское дворянство было готово сражаться за его дело, и ни Альбрехту Бранденбургскому, ни самому императору, поднявшему против него оружие, не удалось отнять у него это герцогство. Он собирался уже отвоевать и Баварию, но смерть положила конец его деятельности, и факел междоусобной войны в Германии погас. Баварию получил после этого брат и преемник маркграфа Леопольда Австрийского, Генрих, который решил упрочить свои права на это герцогство браком со вдовой покойного герцога, дочерью Лотаря. Сыну покойного, который впоследствии стяжал такую известность под именем Генриха Льва , было возвращено герцогство Саксонское, а он взамен отказался от притязаний на Баварию. Этими мерами Конрад достиг того, что на некоторое время улеглись бури, так долго нарушавшие и грозившие ещё сильнее нарушить покой Германии, а затем безрассудным походом в Иерусалим он заплатил роковую дань немощному духу своего века.