Заложенное им село Боголюбово сделалось его любимым местопребыванием и усвоило ему в истории прозвище Боголюбского.
Мы не знаем, что делал Андрей до смерти отца, но, без сомнения, он в это время вел себя так, что угодил всей земле. Когда отец умер в Киеве после пира у какого-то Петрила, 15 мая 1157 года, ростовцы и суздальцы со всею землею, нарушив распоряжение Юрия, отдававшего Ростов и Суздаль меньшим сыновьям, единодушно избрали Андрея князем всей своей земли. Но Андрей не поехал ни в Суздаль, ни в Ростов, а основал свою столицу во Владимире, построил там великолепную церковь Успения Богородицы с позолоченным верхом 1 из белого камня, привезенного водою из Болгарии. В этом храме поставил он похищенную из Вышгорода икону, которая с тех пор начала носить имя Владимирской.
С тех пор Андрей явно показал свое намерение сделать Владимир, бывший до того времени только пригородом, главным городом всей земли и поставить его выше старых городов, Ростова и Суздаля. Андрей имел в виду то, что в старых городах были старые предания и привычки, которые ограничивали власть князя. Ростовцы и суздальцы избрали Андрея на вече. Они считали власть князя ниже своей вечевой власти; живя в Ростове или Суздале, Андрей мог иметь постоянные пререкания и должен был подлаживаться к горожанам, которые гордились своим старейшинством. Напротив, во Владимире, который ему обязан был своим возвышением, своим новым старейшинством над землею, воля народная должна была идти об руку с волею князя. Город Владимир, прежде малый и незначительный, сильно разросся и населился при Андрее. Жители его состояли в значительной степени из переселенцев, ушедших к Андрею из южной Руси на новое жительство. На это явно указывают названия урочищ во Владимире; там были река Лыбедь, Печерный город, Золотые Врата с церковью над ними, как в Киеве, и Десятинная церковь Богородицы: Андрей из подражания Киеву дал построенной им во Владимире церкви десятину от своих стад и от торга и сверх того город Гороховец и села. Андрей строил много церквей, основывал монастыри, не жалел издержек на украшение храмов. Кроме церкви Успения, возбуждавшей удивление современников великолепием и блеском иконостаса, паникадил, сменной живописью и обильною позолотою, он построил во Владимире монастыри Спасский, Вознесенский, соборный храм Спаса в Переяславле, церковь Св. Федора Стратилата, которому он приписывал свое спасение во время одной битвы, когда он вместе с отцом участвовал в княжеских междоусобиях на юге, церковь Покрова при устье Нерли и много других каменных церквей. Андрей приглашал для этого мастеров с Запада, а между тем начало развиваться и русское искусство, так что при Андрееве преемнике русские мастера уже без пособия иностранцев строили и расписывали свои церкви.
Построение богатых церквей указывает столько же на благосостояние края, сколько и на политический такт Андрея. Всякая новая церковь была важным событием, возбуждавшим внимание народа и уважение к ее построителю. Понимая, что духовенство составляло тогда единственную умственную силу, Андрей умел приобресть любовь его, а тем самым укреплял свою власть в народе. В приемах его жизни современники видели набожного и благочестивого человека. Его всегда можно было видеть в храме на молитве, со слезами умиления на глазах, с громкими воздыханиями. Хотя его княжеские тиуны и даже покровительствуемые им духовные позволяли себе грабительства и бесчинства, но Андрей всенародно раздавал милостыню убогим, кормил чернецов и черниц и за то слышал похвалы своему христианскому милосердию. Нередко по ночам он входил в храм, сам зажигал свечи и долго молился перед образами.
В то время к числу благочестивых подвигов князя, составлявших его славу, относились и войны его с неверными. По соседству с волостью Андрея, на Волге, было царство Болгарское. Болгары, народ финского, или, вероятнее, смешанного племени, еще в десятом веке приняли магометанство. Они давно уже жили не в ладах с русскими, делали набеги на русские области, и русские князья не раз ходили биться против них: такие битвы считались богоугодным делом. Андрей два раза воевал с этим народом и первый раз отправился с войском против него в 1164 году. Он взял с собою Св. икону Богородицы, привезенную из Вышгорода; духовенство шло пешее и несло ее под знаменами. Сам князь и все войско перед походом причащались Св. Тайн. Поход кончился удачно; князь болгарский бежал; русские взяли город Ибрагимов (в наших летописях Бряхимов). Князь Андрей и духовные приписывали эту победу чудотворному действию иконы Богородицы; событие это поставлено было в ряду многочисленных чудес, истекавших от этой иконы, и в память его было установлено празднество с водосвящением, совершаемое до сих пор 1 августа. Патриарх цареградский, по желанию Андрея, утвердил этот праздник тем охотнее, что русское торжество совпало с торжеством греческого императора Мануила, одержавшего победу над Сарацинами, которую приписывали действию Животворящего Креста и хоругви с изображением Христа Спасителя.
Но не так благосклонно отнесся к желаниям Андрея патриарх Лука Хризоверх, когда Андрей обратился к нему с просьбою посвятить в митрополиты во Владимир своего любимца Феодора. Этим нововведением Андрей хотел решительно возвысить Владимир, зависевший от ростовской епархии; тогда Владимир не только стал бы выше Ростова и Суздаля, а получил бы еще первенствующее духовное значение в ряду русских городов иных земель. Но патриархи, следуя давнему обычаю восточной церкви, не легко и не сразу соглашались на всякие изменения в порядке церковного управления. И на этот раз не согласился патриарх на такую важную перемену, тем более что ростовский епископ Нестор был еще в живых и, преследуемый не любившим его Андреем, бежал тогда в Цареград. Через несколько лет, однако, 1168 года, любимец Андрея Феодор, съездив в Цареград, выхлопотал себе посвящение если не в сан митрополита, то в сан епископа Ростовского. По желанию Андрея, он хотя числился ростовским, но должен был жить во Владимире, так как на это патриарх дал дозволение. Таким образом, его любимый Владимир, если не мог в духовном управлении получить того первенства в Руси, которое принадлежало Киеву, по крайней мере, делался выше Ростова, как местопребывание епископа. Любимец Андрея Феодор до того возгордился, что подобно своему князю, ни во что ставившему Киев, не хотел знать киевского митрополита: не поехал к нему за благословением и считал для себя достаточным поставление в епископы от патриарха. Так как это было нарушение давнего порядка на Руси, то владимирское духовенство не хотело ему повиноваться: народ волновался. Феодор затворил церкви и запретил богослужение. Если веригь летописям, то Феодор по этому поводу, принуждая повиноваться своей верховной власти, позволял себе ужасные варварства: мучил непокорных игуменов, монахов, священников и простых людей, рвал им бороды, рубил головы, выжигал глаза, резал языки, отбирая имения у своих жертв. Хотя летописец и говорит, что он поступал таким образом, не слушая Андрея, посылавшего его ставиться в Киев, но трудно допустить, чтобы все это могло происходить под властью такого властолюбивого князя против его воли. Если подобные варварства не плод преувеличения, то они могли совершаться только с ведома Андрея, или, по крайней мере, Андрей смотрел сквозь пальцы на проделки своего любимца и пожертвовал им только тогда, когда увидел, что народное волнение возрастает и может иметь опасные последствия. Как бы то ни было, Андрей, наконец, отправил Феодора к киевскому митрополиту, который приказал отрубить злодею правую руку, отрезать язык и выколоть глаза. Это - по византийскому обычаю.