В 1544 или 1545 г. Нострадамус объявился в Марселе как помощник врача Луи Серра, возглавившего борьбу с очередной вспышкой легочной чумы. На этот раз он повел лечение продуманно и умело, и в результате победил. Ему удалось составить из цветов и лекарственных трав целебное и дезинфицирующее средство от мора. Он предвосхитил тем самым санитарные и профилактические мероприятия, одновременно учтя религиозные чувства населения и его внушаемость. В то время фитотерапевтические методы лечения считались второстепенными в медицине, но Мишель сумел найти такие сочетания трав, которые победили болезнь. Его новое лекарство помогло одолеть легочную чуму, а немного позже, в 1546 г., в Провансе – страшную «черную чуму».

Нострадамуса пригласили в столицу Прованса, город Экс, где эпидемия приняла особо грозные размеры. Ситуация была удручающая: местные власти и верхушка общества бежали из города, лавки закрылись, улицы даже поросли сорной травой, а все врачи или умерли, или тоже сбежали. Паника в Эксе достигла такого размаха, что, по свидетельству очевидца, «еще живые люди заворачивались в простыни и ложились спать в гробы, так как никто никого и не думал хоронить». Одним из первых требований Нострадамуса к властям было вычистить город. Это сегодня Европа блещет чистотой, а в те времена даже в Лувре подвыпившие знатные люди могли справить свои надобности везде: на лестницах, на балконах, за дверью, не говоря уже о внешнем дворе. Нечистоты, выбрасываемые из окон домов, буквально текли ручьями. Нострадамус заставил всех жителей Прованса изменить свое отношение к гигиене, внес новшества в методы лечения, чем спас и Экс, и многие другие города от вымирания. Нострадамус прибыл в город 1 мая 1546 г. и сразу взялся за работу. Он применил здесь составленные им самим пилюли. «Все, кто пользовались ими, – спаслись, и наоборот» – так было написано впоследствии. Эта борьба с болезнями обросла фантастическими слухами, превратив врача в легендарную, почти мистическую фигуру. За победу над эпидемией муниципалитет города Экса (по другим данным – парламент Прованса) наградил Нострадамуса пожизненной пенсией. А еще он получал множество дорогих подарков, которые часто раздавал обездоленным или на вырученные за них деньги покупал пищу для больных. Поскольку в этот раз кроме своего таланта Мишель «призвал в помощь» христианский крест и вообще церковь, инквизиция оставила его в покое.

Впервые обретя хотя и скромную, но гарантированную материальную базу, ученый принял решение обосноваться в провинции. Обширные знания и талант позволили Нострадамусу сделать ряд гениальных предположений, весьма смелых для своего времени. Ранее в городе своей юности Авиньоне Мишель работал в богатой папской библиотеке над трудами по магии и оккультным наукам, продолжая углублять свои познания в фармации.[10] Одинаковое внимание к конкретным знаниям и к мистическим наукам было вообще характерно для большого числа ученых эпохи Возрождения, особенно последнего, самого блестящего и трагического периода. В это время надежды на близкое торжество разума постепенно развеиваются, и непомерно возрастает авторитет всего сверхъестественного – всего, что, как тогда казалось, стоит выше не оправдавшего себя земного разума. Нострадамус застал самый конец эпохи Возрождения[11]  и начало Нового времени.

Исследователи жизни Мишеля де Нотрдама полагают, что пророчествами он начал заниматься только в 1550 г., когда переселился в городок Салон-де-Прованс, открыл гостиницу и почти забросил медицину. В маленьком Салоне – между Авиньоном и Марселем – Нострадамус жил с 1547 г. до самой смерти. Там он почти сразу женился (11 ноября 1547 г.) на богатой вдове Анне Понсале-Жемаль,[12] которая родила ему трех сыновей (Цезарь, Андре, Шарль) и трех дочерей (Мадлен, Диана, Анна). Он купил красивую гостиницу (которая существует в Салоне и поныне: улица Нострадамуса, дом 2), а затем совершил поездку в Италию, где якобы встречался с собирателями трав и фармацевтами. В 1550 г. он вернулся в Салон. В доме жены Нострадамус обставил себе кабинет, куда никто не имел права входить: там он хранил ценные папирусы из египетских храмов, сохраненные евреями, изгнанными из Египта.

Знаменитый врач и астролог знал в совершенстве латынь, иврит, древнегреческий и итальянский языки, изучал древнеегипетские и восточные поверья, умел изготавливать эффективные (по тем временам «чудодейственные») лекарства, писал стихи, философские и медицинские труды. Интересовался мелиорацией и оздоровлением климата. Он также много лет занимался химическими и физическими опытами, отчего современники сравнивали его с Леонардо да Винчи. Слава Нострадамуса как астролога росла, несмотря на происки завистников и конкурентов. Его пытались убить как чернокнижника, хотя он был в действительности убежденным католиком и избегал даже отдаленного соприкосновения с черной магией. Нострадамус держался выше озлобленных невежд и жестоких интриганов, умудряясь при этом не опускаться до их грязных методов, когда возникала необходимость защищаться. Завистники писали, что астролог был просто пьяницей, создававшим свои «бредовые» четверостишия в состоянии белой горячки. Франсуа Рабле с иронией писал о нем как об «оракуле божественной бутылки».

Мишель де Нотрдам называл себя врачом-астрофилом (любителем звезд) – он использовал медицинскую астрологию для облегчения постановки диагноза (или же просто утверждал, что использовал ее). В этот период им был написан ряд трудов по астрологии, медицине и философии. Сразу после опубликования приобретали большую популярность его книги «Трактат о притираниях и вареньях» (1552), «Универсальное лекарство от чумы» (1561), «Полезная брошюра о многих отменных рецептах» (1572). Ему приписывают сочинение астрологических трактатов под названием «Альманах» или «Предвидения» (в другом переводе на русский язык – «Предвестия») в виде четверостиший и «Шести-старшие» («Шестистрочия»), написанные в виде шестистрочных стихов. Среди других работ Нострадамуса – «Интерпретация иероглифов Гораполлона» (1545), перевод трудов древнегреческого автора, изобилующих сведениями из области древнеегипетской эзотерики, герметизма, алхимии и астрологии, а также «Парафраз Галена» (1557).