Этим император вновь отстранился от выполнения Аугсбургских постановлений 1530 года. В обмен на это члены Шмалькальдского союза обязались не принимать в свой состав новых членов и пообещали Фердинанду I помощь в войне против турок. Члены Нюрнбергского союза, и прежде всего Бавария, отвергли Франкфуртское перемирие, которое император под давлением курии также отказался ратифицировать. Тем не менее сложились благоприятные предпосылки для того, чтобы привлечь папу к запланированному императором внесоборному конфессиональному примирению. Папа Павел III согласился на предложение императора направить на рейхстаг в Регенсбург кардинала Коитарини, виднейшего представителя римской реформистской партии после Реджинальда Пола.
Император принял участие в работе Регенсбургского рейхстага 1541 года в надежде, что его личное участие будет способствовать успеху переговоров. Здесь состоялся богословский диспут, в котором с протестантской стороны участвовали Меланхтон и Буцер, а с католической — Юлиус Пфлюг и Иоганн Гропер. В основу диспута был положен документ под названием «Регенсбургская книга», которую совместно написали Гропер и Буцер. Начало диспута породило большие надежды, но участники так и не смогли преодолеть принципиальных расхождений в вопросах учения о святых таинствах и церковной иерархии. Таким образом, выяснилось, что в лучшем случае может быть достигнуто лишь частичное согласие в богословских вопросах. На это, как и на юридическое признание протестантизма, Карл V готов был пойти. Однако этому воспротивились курия (действуя через голову Кантарини) и непримиримая католическая партия во главе с Баварией и Майнцем, которая требовала либо насильственной реституции церковной собственности, а значит, войны против еретиков, либо созыва собора.
Частичное согласие было отвергнуто и протестантской стороной — курфюрстом Иоганном Фридрихом Саксонским, а также Лютером и Меланхтоном. Провал идеи компромисса и императорской политики объединения четко обозначил фронты. Теперь надежды на сохранение церковного единства Германии и Европы были связаны только с созывом собора, и все усилия были направлены на эту цель. Император вновь был отброшен на позицию жестких сроков ограничения уступок протестантам. Религиозно-политическая ситуация внутри Германии по-прежнему оставалась неопределенной.
Никогда до сих пор вопрос о политическом и религиозном будущем Германии не был так тесно связан с личностью Карла V и с будущим Европы, как в период с 1543 по 1551 год. До сих нор, как уже неоднократно указывалось, Карл лишь ненадолго появлялся на территории империи. Так было в 1521 году, с 1530 по 1532 год и в 1541 году. Теперь же он впервые почти на 10 лет остался в империи и попытался отсюда, из центра Европы, осуществить свою идею Monarchia universalis. Когда Карл Бранди с позиций ex post говорит о «великом плане императора», то с этим вполне можно согласиться, учитывая последовательность в постановке целей: разгром Франции, урегулирование религиозно-политических противоречий в империи и решение династических и конституционных вопросов в монархистском, императорском ключе. При решении всех этих задач на первый план выходило применение военной силы. Однако не следует переоценивать последовательность и согласованность политических шагов императора в эти годы.
Уже первая военная акция Карла V на территории империи была направлена на то, чтобы решающим образом изменить неясное соотношение сил. Речь идет о наступлении на Юлих-Клеве в 1543 году. Поводом для него послужили интересы Нидерландов, оказавшиеся под угрозой после того, как в 1538 году герцог Вильгельм Юлих-Киевский унаследовал герцогство Гельдерн и Цютфеп. Для защиты своих прав герцог обратился к Франции, Шмалькальдскому союзу и кельнскому архиепископу Герману фон Виду. В результате герцог Вильгельм проиграл и вынужден был уступить свои права Карлу V и, кроме того, отказаться от поддержки Реформации. Закрепив результаты своей победы договором, подписанным в Венло, император не только положил конец реформационным устремлениям в Клеве, Кельне и Вестфалии, но и существенно ослабил Шмалькальдский союз.
Это резко повысило престиж Карла V во всей империи. Перед рейхстагом в Шпейере в 1544 году император уже выступал со значительно более твердых позиций. Этот рейхстаг был, несомненно, выдающимся успехом Карла, так как субъекты империи в первый (и, кстати, в последний) раз согласились оказать ему военную помощь в кампании против Франции. Не приходилось сомневаться в том, что протестантские князья потребуют за это компенсаций в области религиозной политики, и было ясно, что Карл V на это пойдет. Протестанты потребовали окончательного и бесповоротного прекращения религиозных тяжб в имперской судебной палате и юридического признания равноправия Аугсбургского исповедания. Это создавало совершенно новую ситуацию и было связано для Карла с немалым риском, если учесть возложенные на него обязанности «защитника церкви». Преследуя свою ближайшую политическую цель — военную победу над Франциском I — и не желая жертвовать небывалым доселе единством всех внутриимперских сил, Карл согласился на все важнейшие требования протестантов, хоть и с оговоркой о том, что это согласие носит временный характер либо до созыва собора, либо до ближайшего рейхстага. Таким образом он смог успокоить свою совесть.
При решении вопросов религиозной политики Карл V постоянно обращался к тактике отсрочек. Это привело в конечном итоге к тому, что под прикрытием ограниченных но срокам обещаний императора произошли необратимые изменения как в практическом создании евангелической церкви, так и в религиозном сознании широких масс протестантов.
Карл V добился очень многого: субъекты империи поддержали его войну против Франции и предоставили помощь для отпора Турции в юго-восточной Европе, однако мгновение победы было недолгим. Папа подверг очень резкой критике соглашательскую политику императора в грамоте, которая летом 1544 года разошлась по всей Европе. После этого протестантская партия, и в первую очередь лично Лютер и Кальвин, начали публицистическую кампанию в защиту Карла V — дело, доселе неслыханное, по так уж сложилось соотношение сил в Европе того времени.
После того, как в сентябре 1544 года император одержал победу над Францией и подписал мирный договор в Крепи, выяснилось, что эта победа, так же, как и предыдущая военная победа над Юлих-Клеве, должна стать не чем иным, как одной из промежуточных ступеней на пути решения религиозного вопроса в империи. Но об этом в то время знало лишь ближайшее окружение императора, а не европейская общественность. Становится понятным, почему функция поддержки императора в достижении его религиозно-политических целей (созыв собора, преодоление сопротивления протестантов созыву собора) была возложена на Францию, которой предназначалась роль сателлита без права принимать собственные принципиальные политические решения. Это было записано в одном из секретных приложений к мирному договору, заключенному в Крепи.
Французский король дал свое согласие на это лишь при условии территориального компромисса, в основе которого должно было лежать династическое решение: брак герцога Орлеанского с инфантой Марией или эрцгерцогиней Анной Австрийской с герцогством Миланским или Нидерландами в качестве приданого. Когда в следующем году герцог Орлеанский умер, Карл V отклонил предложенную Францией замену в лице Генриха (II). Опьяненный победами над Францией и уверенный в том, что сможет достичь ближайших целей своей политики и без поддержки Франциска I, Карл V упустил последний шанс долговременного примирения с Францией. Этот эпизод сильно укрепил вскоре взошедшего на французский престол Генриха II в его непримиримой враждебности к Габсбургам.
Застой во французско-габсбургских отношениях привел к тому, что резко возросло значение примирения между Карлом V и папой Павлом III в вопросах собора и церковной политики в империи. Папа, наконец, созвал собор, который должен был открыться в марте 1545 года в Триенте (Тренто). В действительности собор открылся лишь в декабре следующего года. Одновременно папа протянул императору руку помощи в войне против еретиков, пообещал предоставить в его распоряжение двенадцатитысячную армию и значительные денежные средства. Папская курия с наибольшим удовольствием начала бы эту войну немедленно.