Провал попыток добиться богословского компромисса не слишком осложнил ситуацию и не помешал Фердинанду предпринять усилия для созыва съезда курфюрстов с тем, чтобы наконец получить их согласие на передачу в его руки императорской короны и власти в империи. Необходимо было заранее обеспечить консенсус курфюрстов, поскольку прецедент передачи титула при живом императоре отсутствовал. В действительности предварительное зондирование настроений курфюрстов, трое из которых были протестантами, не выявило каких-либо препятствий к утверждению кандидатуры Габсбурга, который уже на протяжении более чем двух с половиной десятков лет являлся предполагаемым наследником. Съезд курфюрстов, проходивший в феврале-марте 1558 года во Франкфурте, принял отречение Карла V и провозгласил Фердинанда его преемником. При этом курфюрсты потребовали от императора принятия переработанной избирательной капитуляции, в которую теперь был включен Аугсбургский религиозный мир. Это было тем более важно, поскольку император по традиции считался защитником церкви и находился в особых отношениях с папой, причем нередко даже оказывался от него в зависимости. Кроме того, этим актом коллегия курфюрстов добилась очередного подтверждения своих нрав, вновь продемонстрировала свое единство, невзирая на конфессиональные различия, в чем особенно были заинтересованы ее протестантские члены.

Вместе с короной на Фердинанда свалился тяжелый груз — и никаких дополнительных средств власти, если не считать большего авторитета. Положение было сложным, наполненным конфликтами и напряженностью, продолжалась франко-испанская война, и существовала угроза втягивания в нее империи. Продолжалась также война против турок, в которой по-прежнему не удавалось достичь решительного успеха, в Германии не утихали беспорядки, раздоры и вооруженные конфликты, подогреваемые религиозными противоречиями. Сохранение мира в империи стало весьма трудной задачей. Когда в 1559 году Фердинанд открывал свой первый рейхстаг в ранге императора, на повестке дня стояли те же проблемы, что и раньше: религиозный вопрос, отпор туркам и защита мира в империи. Последний вопрос сводился теперь в основном к борьбе с разбойничьими бандами и незаконной вербовкой наемников. Однако собрание не смогло принять сколько-нибудь значительных решений. После провала Вормсского диспута обсуждение религиозных проблем свелось в основном к выяснению вопроса о том, кто виноват. Обе стороны по-прежнему были едины в том, что таким путем компромисса найти не удастся. Католики возлагали надежды на собор, но протестанты готовы были участвовать в работе собора лишь на таких условиях, которые полностью исключали возможность созыва всеобщего церковного собрания. Рейхстаг соглашался финансировать войну с турками, но объем такого финансирования был значительно снижен по сравнению с утвержденным за два года до этого. Рейхстаг принял многословные документы по вопросу о сохранении мира, но и по этому вопросу единство существовало только на бумаге.

Во время понтификата папы Пия IV (1559–1565) в курии вновь возобладал курс на обновление церкви, что открывало определенные перспективы на возвращение отступников. Для проведения таких реформ необходим был собор. Внешние предпосылки для этого также были достаточно благоприятны. Между папой и Испанией был заключен мир, как и между Францией и Испанией, отношения между императором Фердинандом и папой, ставшие напряженными после заключения Аугсбургского религиозного мира, вновь улучшились. Однако протестанты решительно отвергли приглашение на собор, собравшийся весной 1561 года в Триенте. И в других странах, порвавших со святым престолом, подобные приглашения также не вызвали сколько-нибудь серьезного интереса. В результате собор превратился в чисто католический синод. Из империи на собор прибыли только посольство императора и несколько епископов, резиденции которых находились в наследственных землях Габсбургов, причем эти епископы поехали в Триент лишь под сильным давлением Венского двора. Никто из остальных князей церкви в империи на собор не поехал — они не могли отлучиться из своих территорий, опасаясь за их целостность. Протестанты же, в свою очередь, опасались, что после завершения собора будет предпринята попытка вернуть отступников в лоно церкви силой оружия. Для того, чтобы успокоить страсти, Фердинанд неоднократно заявлял о незыблемости религиозного мира. Такие заявления являлись также предостережением против нарушений этого важного имперского закона, причиной которых были не только нечеткие юридические формулировки, что доказывает захват курфюрстом Саксонским более слабых епископств в Майсене, Мерзебурге и Наумбурге.

Продолжение собора, безусловно, соответствовало желаниям императора — собор проводил реформу церкви, что, но мнению Фердинанда, повышало шансы на примирение конфессий, хотя мало что говорило в пользу перспективы такого поворота. Напротив, напряжение внутри империи нарастало, что оставляло все меньше пространства для политических инициатив. Кроме того, у Габсбургов исчез важный повод для таких инициатив: с Османской империей было заключено перемирие на 8 лет, а значит, отпал повод для обычных обращений за помощью в борьбе против турок. Подошло также время оперативно решить вопрос о наследовании титула императора, поскольку Фердинанд был уже далеко не молод, и ему следовало своевременно проложить путь для сына Максимилиана. У католиков вызывала сомнение неясная религиозная позиция этого принца, и многие даже считали его тайным протестантом, что опять же повышало шансы эрцгерцога у курфюрстов-протестантов. Фердинанд начал заниматься этим вопросом в 1561 году. Не без трудностей он добился согласия папы на избрание Максимилиана римским королем. Папа в конце концов согласился, потому что другого подходящего католического претендента видно не было. Согласие папы позволило преодолеть сомнения курфюрстов духовного звания. Среди протестантов кандидатура Максимилиана не вызвала возражений со стороны Саксонии и Бранденбурга. Курфюрст Пфальца, недавно перешедший в кальвинизм, но религиозным соображениям высказался против, но большинство уже было обеспечено, и его возражения ничего не могли изменить. Курфюрсту Пфальца не удалось даже продать свой голос в обмен на конфессиональные уступки, поскольку он не нашел поддержки у курфюрстов Саксонии и Бранденбурга. Так в конце 1562 года Максимилиан был избран римским королем.

Тщательно подготовив и проведя выборы, Фердинанд смог достичь важной династической цели. В том же году Максимилиан был коронован королем Богемии, а в следующем — Венгрии. Таким образом, на ближайшее время преемственность была обеспечена. Это было тем более необходимо, потому что здоровье императора ухудшилось. Правда, после смерти Фердинанда 25 июля 1564 года Максимилиану достались не все земельные владения Габсбургов — часть австрийских земель он должен был уступить младшим братьям в соответствии с решением, принятым семьей в 1654 году. Причины этого раздела, после которого Тироль, Передняя Австрия, Штирия, Кариптия и Крайне остались в руках старшей линии, не совсем ясны. Вероятно, свою роль здесь сыграли обострившиеся конфессиональные противоречия между Габсбургами и их вассалами и тяжелое финансовое положение, вызвавшее трудности с содержанием младших сыновей. До XVI века в таком решении не было ничего необычного. Впоследствии все три линии Габсбургов хорошо взаимодействовали между собой, что сгладило политические последствия раздела.

До своей смерти Фердинанду удалось закрепить преимущественное положение австрийских Габсбургов перед испанской линией и передать императорскую корону своему сыну. Ему удалось также добыть короны св. Вацлава и св. Стефана и за счет этого значительно увеличить владения и повысить престиж своей династии. В то же время, став королем Венгрии, лишь небольшая часть которой еще не была занята османами, он вынужден был постоянно вести военные действия, и центр тяжести его политических интересов на длительное время переместился на восток. В области конфессиональной политики Фердинанду удалось путем заключения Аугсбургского религиозного мира обеспечить и закрепить юридически сосуществование двух вероисповеданий. Этот религиозный мир и отречение Карла V означали провал концепции глобальной гегемонии и отказ от нее в пользу имперской политики, в которой самостоятельную и важную роль играли субъекты империи. Однако конфликты и беспорядки в империи на этом не закончились, поскольку внутритерриториальные и межтерриториальные, конфессиональные и династические противоречия, переплетаясь, усиливали и подпитывали друг друга, что очень осложняло поддержание мира и достижение прочного и длительного компромисса. Собор, продолживший свою работу в 1562–1563 годах, усилил опасения протестантов относительно возможной попытки насильственной контрреформации со стороны коалиции европейских католических держав. Решения собора мало способствовали достижению компромисса, на который так рассчитывал император, воспитанный в духе идей Эразма Роттердамского и недооценивавший всей силы догматических церковных и институциональных противоречий.