После этого работа была форсирована, и проекты постановлений о поддержании мира в империи и о реформе судебной палаты были наконец готовы. Путь к дальнейшим переговорам о религиозном мире был открыт, поскольку король, руководствуясь тактическими соображениями, процедурно объединил оба вопроса. Однако религиозный вопрос снова немедленно оказался в центре дискуссии, и от его решения зависело сохранение мира. По большинству спорных вопросов удалось достичь единого мнения, поскольку они допускали компромиссы. Кроме того, Фердинанд, опираясь на единство в рядах католической партии, стимулировал готовность сторон к компромиссу угрозой прервать переговоры. Стороны остановились на том, что религиозный мир будет иметь силу только для субъектов империи, по не для среднего дворянства и городов, подчиненных князьям. С другой стороны, имперские рыцари находились под защитой религиозного мира. Кроме того, был зафиксирован конфессиональный status quo в имперских городах, что превратило некоторые города в убежища, а другие — в поле битвы. В то же время не было достигнуто соглашения но вопросу о «церковном исключении». Более того, противоречия здесь даже обострились, поскольку обе конфессии усматривали в этом решающий момент для «будущего истинной веры» (Lutz, 430) и для будущей структуры империи. Римский король предложил следующий выход: «церковное исключение» вносилось в заключительное послание императора рейхстагу, но не в решение князей и сословий. Таким образом, это решение как бы закреплялось авторитетом императора, но избавляло протестантских князей от угрызений совести за формальное согласие с ним. Подобный прием не был новым, но в данном случае он являлся вынужденным решением, в какой-то степени приемлемым для обеих сторон. Фердинанд подкрепил свое предложение угрозой роспуска рейхстага. В результате был достигнут компромисс, хотя но желанию протестантов была сделана приписка о том, что но данному вопросу единство достигнуто не было. Кроме того, король принял на себя обязательство по защите протестантского рыцарства и протестантских городов на церковных территориях. Правда, это обязательство не было документально закреплено, что позволило позднее его оспаривать.
Параллельно продолжались переговоры о защите мира в империи и о судебной палате. Они быстро завершились, так как Фердинанд решил не отстаивать своего мнения. Король одобрил исполнительное уложение по обеспечению мира, хотя но сравнению с проектом Франкфуртского съезда имперских округов в него были внесены изменения в пользу субъектов империи. Согласно этому документу, обеспечение мира в империи и приведение в исполнение приговоров судебной палаты становились теперь в основном задачей округов, которую они должны были решать своими силами. Лишь в том случае, если для решения такой задачи недостаточно было ресурсов пяти округов и, следовательно, возникала необходимость в применении военной силы, превышавшей половину численности всех вооруженных сил империи, подключался съезд депутаций — более высокий орган, в котором председательствовал эрцканцлер, а решения выносились исключительно субъектами империи. Фердинанд настаивал на участии императора, но ему был оставлен лишь совещательный голос. Король согласился с такой децентрализацией, рассчитывая на то, что в дальнейшем положение улучшится, хоть и предполагал, что практическая реализация такого порядка будет связана с очень большими трудностями. 25 сентября 1555 года Аугсбургский рейхстаг завершил свою работу, решения были подписаны и скреплены печатью. Важнейшим но своим последствиям его результатом стало заключение религиозного мира, фактически закрепившего религиозный раскол. Лишь по жестокой необходимости римский король согласился с таким поворотом дел, юридически закрепившим сосуществование двух конфессий в масштабах империи. При этом он еще не оставил «мечты о воссоединении». Это было зафиксировано в заключительном послании, в котором также был назначен срок созыва следующего рейхстага — 1 марта 1556 года. Основной темой этого рейхстага должен был стать поиск конфессионального компромисса. Следует отметить тот факт, что Фердинанду удалось сохранить инициативу имперской политики, которая по истечении его полномочий должна была вновь перейти в руки императора. Карл V не выдвинул возражений, тем более что политика компромиссов его вполне устраивала, и отнесся к заключению религиозного мира без особых эмоций. В этом сыграл свою роль острый конфликт, возникший к тому времени между императором и папой и ставивший под угрозу династические интересы Габсбургов в Италии, что для императора было, по-видимому, значительно важнее, чем религиозный конфликт в Германии. Следует подчеркнуть, что религиозный мир способствовал территориальному разграничению и расширению государств, входивших в империю, и это было прежде всего в интересах протестантской партии. Позиция же католических субъектов империи ослаблялась, и им приходилось порой искать защиты от своих вассалов, которые требовали религиозных уступок, ссылаясь при этом на решения Аугсбургского рейхстага. Король предпринимал действенные усилия для того, чтобы преодолеть всеобщее взаимное недоверие. Он в немалой степени посодействовал возникновению внеконфессионального Ландсбергского союза в Южной Германии и сам вступил в этот союз.
Кроме того, благодаря хорошим отношениям между дворами Вены и Дрездена ему удалось восстановить династический союз между Богемией, Саксонией и Бранденбургом.
В 1556 году, после перемирия с Францией, в центре внимания Карла V находилось отречение от престола. Однако римский король отклонил предложение императора объявить о его отказе от власти в империи уже на рейхстаге, открытие которого было первоначально назначено на март, но потом неоднократно переносилось. Фердинанд считал этот момент неподходящим с политической точки зрения и предполагал, что могут возникнуть трудности в отношениях с курфюрстами. Однако еще до того, как Карл осенью 1556 года удалился в Испанию, была достигнута договоренность о том, что передача титула императора и полномочий по управлению империей произойдет на съезде курфюрстов, время которого король назначит по своему усмотрению. Император также пообещал брату передать ему все полномочия власти до созыва такого съезда и отказаться от всякого вмешательства.
После неоднократных переносов в июле 1556 года король открыл рейхстаг, хотя в этот момент в месте проведения заседаний его не было и он смог лично появиться там лишь через несколько месяцев. Эта задержка была вызвана, во-первых, тем, что многие субъекты империи проявляли мало интереса к работе рейхстага, и, во-вторых, тем, что Фердинанд был занят войной с турками и переговорами с вассалами в своих наследственных землях о налогах и религиозной терпимости. Лишь с прибытием короля к новому 1557 году переговоры оживились. В центре переговоров стояли опять же религиозные вопросы, а также вопрос о помощи в борьбе против турок. По первой группе вопросов протестанты, с трудом восстановившие единство своих рядов, требовали отмены «церковного исключения», а на религиозный диспут, назначенный на конец лета 1557 года, согласились лишь для того, чтобы продемонстрировать свою волю к примирению. Оба религиозных лагеря не возлагали больших надежд на теоретическую дискуссию, исключением здесь был, пожалуй, лишь король Фердинанд, который до конца жизни не оставлял надежды на «concordia ecclesiae discordis» (полюбовное решение церковного спора) (Lutz, 437). Нападки протестантской партии на церковное исключение не увенчались успехом, и протестанты были вынуждены удовлетвориться протестом, подтверждавшим их неприятие этого положения. Религиозный мир вновь был подтвержден. Большим успехом Фердинанда явилось то, что ему была обещана помощь в войне против турок, а сама эта война признана всеобщим долгом для христианского мира.
Проводившийся в Вормсе богословский диспут, в котором наряду с другими участвовали Филипп Меланхтон и Петрус Канизиус, закончился полным провалом еще до начала настоящей дискуссии. Поводом для этого послужили непреодолимые теоретические разногласия среди самих протестантов. Это позволило католикам свалить всю вину на оппонентов и поставить вопрос о том, какой же вариант протестантского учения является «настоящим». Этот вопрос имел юридическое значение, поскольку религиозный мир обеспечивал неприкосновенность только приверженцам Аугсбургского исповедания.