В это же самое время император столкнулся с дополнительными сложностями в своих наследственных владениях. Здесь во главе протестантского движения стало дворянство, и реформация начала продвигаться с небывалой быстротой. Императору срочно нужны были деньги на войну с турками, и оппозиционно настроенные вассалы обставили свое согласие требованием о свободе распространения Аугсбургского вероисповедания. Максимилиан оказался в положении защищающейся стороны, и давление на него нарастало. Возникла самая серьезная угроза для его репутации «императора религиозного мира», гаранта мирного сосуществования двух конфессий в империи. Провода компромиссную политику паритета вероисповеданий в масштабах империи, он и в Австрии был вынужден считаться с умонастроениями протестантов. Резкие действия против лютеранских подданных и вассалов выглядели в этой ситуации совершенно неуместными, по в пределы владений Максимилиана тайно и все интенсивнее просачивался кальвинизм, что и послужило сигналом к действию. Таким образом, негативные последствия рейхстага 1566 года оказали самое непосредственное влияние на развитие протестантизма в Австрии, которое в 70-е годы XVI века достигло своего пика.

В 1566 году Максимилиан разрешил своим дворянам переход в новую религию, по разрешение это распространялось только на Аугсбургское исповедание. Высшим пунктом уступок императора в религиозных вопросах стали конфессиональные гарантии дворянам (их владения были расположены по реке Эннс), которые протестанты выжали из Максимилиана, невзирая на отчаянные протесты католиков. В 1573 году он после долгих колебаний специальной грамотой разрешил исповедовать лютеранство и дворянам Богемии. Максимилиан дошел даже до того, что в 1571 году попытался установить контроль над дворянской лютеранской церковью с намерением придать ей статус, близкий к государственной церкви. Страх перед расколом в рядах протестантов был столь велик, что император не остановился перед тем, чтобы лично предпринять практические шаги для выработки единой трактовки протестантского вероучения. Однако попытка найти общую линию сразу же натолкнулась на серьезные препятствия, что выявилось уже на первых переговорах представителей различных богословских позиций в Вене. Между участниками дискуссии, среди которых были такие известные личности, как видный поборник кальвинизма, лейпцигский гуманист Иоахим Камерариус и профессор богословия из Ростока Давид Хитреус, возникли труднопреодолимые разногласия. Все же лютеранцу Хитреусу удалось в 1569–1570 годах выработать платформу, которая после длительного обсуждения и многочисленных поправок была напечатана и представлена субъектам империи в качестве единого уложения протестантской церкви в масштабах империи.

Непосредственная помощь пришла из лютеранского Вюртемберга: пользовавшийся весьма высокой репутацией богословский факультет Тюбингенского университета стал кузницей кадров протестантских священников и законоучителей. Таким образом создавалась прочная основа для существования и развития протестантской церкви на юге Германии. В эпоху Максимилиана протестантизм, бесспорно, достиг своего пика в наследственных владениях Габсбургов. Теперь протестанты, будь то отдельные личности или целые местности, города и т. д., могли открыто исповедовать свою веру. Наряду с этим Максимилиан предпринимал интенсивные усилия для того, чтобы пробудить в ослабевшем австрийском католицизме готовность к реформам, С помощью ряда административных мероприятий (наиболее известное из них — так называемая визитация 1566 года) ему удалось положить начало действенной реорганизации старой церкви. Император все еще надеялся, что синхронная организация католицизма и протестантизма когда-нибудь сделает возможным компромиссное примирение конфессий между собой. Максимилиану удалось лишь поддержать динамическое равновесие, по к концу его правления отчетливо наметился открытый конфликт, к которому устремился как ориентированный на контрреформацию католицизм, так и протестантизм, ориентированный на дальнейшую экспансию. Однако последовательное наступление Габсбургов на бастионы протестантизма в наследственных владениях началось только после смерти Максимилиана II.

Максимилиану удалось успешно отразить опасность, связанную с внешней угрозой территориальной целостности империи. Ожесточенность, которую приобрели религиозные войны в Европе, послужила для императора сигналом тревоги: он решительно отмежевался от резни французских протестантов в Варфоломеевскую ночь (1572 год), еще раньше он осудил отлучение папой от церкви английской королевы Елизаветы (1570 год). Однако прежде всего он выступил против политики, проводимой Испанией в Нидерландах, что в 1568 году породило напряженные отношения между императором и его двоюродным братом, королем Испании Филиппом II. Агрессивная политика Испании во время восстания в Нидерландах глубоко противоречила политике императора, основанной на принципах религиозной терпимости, умеренности и компромисса. Следуя династической традиции единства семьи, Максимилиан призывал кузена к сдержанности, но успеха в этом не добился. В то же время прямое вмешательство не представлялось возможным ввиду военной и финансовой мощи Испании. В 1570 году Филипп II женился на старшей дочери Максимилиана эрцгерцогине Анне, но тем не менее продолжал высказывать сомнения относительно религиозных позиций своего немецкого кузена. Все это делало возможность достижения согласия между агрессивным испанским королем и миролюбивым императором весьма и весьма проблематичной. Однако оба монарха принадлежали к одному и тому же типу католического правителя эпохи религиозных войн, и, несмотря на все противоречия и подозрения, до открытого разрыва между ними дело не дошло. Император приложил все силы для создания барьеров, способных как можно больше защищать империю от надвигавшейся интернационализации религиозных конфликтов. Прежде всего он запретил на территории империи вербовать солдат для участия в религиозных войнах за границей, что в первую очередь относилось к войне в Нидерландах и гугенотским войнам во Франции. Он также наложил решительное вето на прием герцога Альбы в Лапдсбергский союз, в котором доминировали католики, поскольку такой шаг не только обеспечил бы испанцам столь желанное укрепление тыла, но и создал бы базу для нежелательной агитации в империи.

Наряду с конфессиональными противоречиями другим источником трудностей для императора стало сохранение существующей территориальной структуры империи. Здесь императору пришлось с немалыми трудностями подстраиваться под противоречивые устремления субъектов империи. В принципе эта задача — преодоление центробежных сил без утраты лояльности наиболее мощных субъектов империи — никогда не была легкой. Природа возникавших при этом проблем была различной, по они угрожали существованию империи не в меньшей степени, чем территориальные и конфессиональные конфликты. Так, в 60-е годы кризис, связанный с именем имперского рыцаря Вильгельма фон Грумбаха из Франконии, вылился в острое столкновение между князьями и дворянством, которое в 1563 году привело к военному конфликту, объектом которого стала резиденция князя-епископа город Вюрцбург. Возникла реальная перспектива всеобщего восстания дворянства, что угрожало самому существованию территориальных государств. По всей империи началось вооружение князей. Император не мог оставаться безучастным наблюдателем эскалации конфликта, ставившего под вопрос всеобщий мир в империи, и силой своего авторитета быстро положил конец деятельности зачинщика мятежа. Грумбах был объявлен вне закона и в 1567 году казнен, что не помешало формированию корпорации имперских рыцарей. В дальнейшем Максимилиан поддержал движение верных императору рыцарей к консолидации, наделив их рядом привилегий. Однако победа территориальных князей вновь, как и в 1555 году, закрепила принцип территориального деления, доминирующий в структуре империи. Особо опасной разновидностью «незаконных» действий территориальных сеньоров, в которых конфессиональные и конституционные проблемы смешивались с экспансией власти, было их неприкрытое покушение на существование епископских княжеств в Северной и Средней Германии, то есть прямое посягательство на нормы религиозного мира. Император находился в Вене, вдали от места событий, и о существовании его как высшей правовой инстанции в империи, как правило, вообще не вспоминали. Дело довершала противоречивая юридическая трактовка установлений 1555 года, которая позволяла протестантам осуществлять экспансию, в особенности в тех случаях, когда им при этом оказывали слабое политическое противодействие или не оказывали никакого противодействия вообще. Так, им удалось последовательно осуществить секуляризацию большинства епископств Средней и Северной Германии, в частности, Бременского и Магдебургского, и подобным путем создать новую протестантскую реальность. Император Максимилиан поставил под сомнение легитимность этих действий, отказавшись подтвердить лепные права новых протестантских властей (администраторов епископств), что ограничило их юридический статус в империи. Но именно в период его правления очень обострилась проблема секуляризованных церковных земель, причем в то время никто не смог представить себе, какую взрывную силу таит в себе эта проблема. Этот спор тяжелым грузом лег на плечи преемников Максимилиана.