Бесспорно, Рудольф был предан католицизму. Сохранению верности этой религии в своих владениях он придавал большое значение, так как видел в этом выражение своего авторитета. Однако это не мешало ему принимать на службу некатоликов: чехов-утракистов, немцев-лютеран и даже кальвинистов. Не зря он избрал своим образцом деда но материнской линии, Карла V — Рудольф демонстративно отстаивал авторитет императора против всех поползновений Франции и Испании. Он даже отказал Филиппу II в викариате (праве представлять империю) в Италии. Он всегда настаивал на соблюдении прав императора в имперских областях Италии и в Нидерландах.

Прежде всего, он противился притязаниям папства, вновь окрепшего на волне контрреформации. Иногда папским нунциям удавалось выторговать у него какие-то уступки, но таких случаев Рудольф не прощал никогда. Вначале он покровительствовал иезуитам, по отказался передать им Пражский университет, автономию которого всегда поддерживал. Вскоре проникся подозрениями относительно притязаний иезуитов на власть, что не могло не привести к соперничеству между идеей примата светской власти (Carolinum) и идеей примата власти духовной (Clementinum), выразителями которой были иезуиты. В конечном итоге император выбрал себе в духовники весьма примечательную личность — прелата Иоганна Писториуса, который пришел к католицизму от лютеранства через кальвинизм. Ревностные католики постоянно сталкивались с тем фактом, что между императором и их вероучением всегда присутствовала определенная дистанция, хотя в основе его религиозности находился, бесспорно, католицизм.

Сдержанности Рудольфа в отношении таинств церкви способствовало, но всей видимости, интенсивное увлечение оккультными науками, начало которому было положено, скорее всего, при дворе Максимилиана II. При Пражском дворе Рудольфа существовал удивительный мир, что немало способствовало привлекательности этого двора. Император увлекался латинской поэзией, историей, но прежде всего естественными науками: математикой, физикой, астрономией. Посвященные ему труды в этих областях науки он принимал весьма благосклонно. Император много читал. При его дворе находились знаменитые врачи, Рудольф привлек к своему двору крупнейших астрономов того времени, Тихо де Браге и Иоганнеса Кеплера, которые прекрасно дополняли друг друга. Браге был теоретиком и конструировал инструменты, Кеплер проводил практические наблюдения и практические расчеты. При этом оба они вплотную занимались астрологией, что плохо укладывается в современные научные представления. Здесь уже начинается область оккультизма, увлечение которым и сегодня делает личность Рудольфа II таинственной и непонятной. Однако это увлечение соответствовало особенностям личности императора и его пониманию науки. «В основе увлечения оккультизмом лежала попытка посредством мира практического опыта пробиться к реальности как таковой, подобно тому, как это происходит с художественным символом или эмблемой. При этом важную роль играло отделение от природы, поскольку естествоиспытатели того времени рассматривали силы природы не как проявление причинно-следственного взаимодействия, а как элементарные духи, действующие в рамках плана божественного творения под влиянием соответствующих сил» (Evans, Rudolf, 134). Попытки истолковать мир посредством алхимии подводили ее опасно близко к той грани, за которой она уже могла бы сыграть роль заменителя христианской религии. К этому следует добавить, что пражская алхимия была окружена многочисленными слухами, в немалой степени потому, что императорский двор являлся весьма привлекательной целью для шарлатанов.

От увлечения Рудольфа горным делом было совсем недалеко до магии камней. Эти занятия были поручены многим чиновникам императорского горного ведомства, которые занимались обработкой драгоценных камней с целью выявления их волшебных свойств. Между 1583 и 1589 годами на службе императора находились известные английские маги Джон Ди и Эдвард Келли, прибывшие в Богемию для занятий эзотерическими науками. Правда, их дальнейшая судьба свидетельствует о проблемах, связанных с подобной службой. В 1588 году в Праге появился известный итальянский философ, еретик и каббалист Джордано Бруно, один из наиболее значительных мыслителей второй половины XVI века. Он попытался сделать Рудольфа II сторонником своих идей.

В русле интереса императора к тайным паукам, с помощью которых он стремился лучше познать мироздание, лежал также его интерес к иудейской мистике. Двор Рудольфа II поддерживал тесные отношения с весьма значительной еврейской общиной Праги. Последнее играло немаловажную роль в финансовой политике императора. Крупными кредиторами Рудольфа II были прежде всего Мордехай Майзл (ум. 1601), самый богатый человек в Праге, и Якоб Бассеви, впоследствии банкир Валленштейна. Усиленный интерес императора к каббале оказал немалое влияние на духовную жизнь пражского еврейства. Легенда приписывает Рудольфу экзотические контакты с известным раввином Левом, якобы создателем «Голема», искусственного человека, по документальных подтверждений этому нет. В окружении императора Рудольфа было немало крещеных евреев. Однако все это не помешало приближенным императора после 1603 года оставить на произвол судьбы немецкое еврейство, пытавшееся добиться административных послаблений. Император отказал евреям в защите от грабительских посягательств кельнского курфюрста Эрнста, что привело еврейские общины к тяжелому кризису. Невмешательство императора послужило поводом для восстания горожан и еврейских погромов в обоих традиционных центрах немецкого еврейства: Франкфурте и Вормсе.

Наряду с оккультными науками император большое внимание уделял и традиционной научной деятельности. Во время правления Рудольфа значительное развитие получили минералогия, металлургия, зоология, ботаника и география. Путем сочетания этих наук с оккультным мышлением предпринимались попытки построить модели, обеспечивающие путь к космологической гармонии. Попытки построить магическую картину мира предпринимались в большинстве своем на основе принципов платоновской философии и герменевтики — взгляд устремлялся на «творческие силы неба» (Evans, Rudolf, 166). Подобные устремления в очень многих пунктах противоречили принципам христианской религии, но они представляли собой реакцию на растущую шаткость основ и проявление желания найти принципы всеобщего порядка (нансофия).

Современные ученые усиленно пытаются выявить связь между политикой императора в области искусства и этими идеями. Рудольф считал, что через художника проявляется действие сверхъестественных сил. Пражский двор превратился в центр маньеризма. Обилие художников при пражском дворе давало историкам прошлого повод ошибочно говорить о пражской «придворной академии», к которой принадлежали Джузеппе Арчимбольдо, организатор дворцовых празднеств, отличавшийся пристрастием к гротесковым, порождавшим иллюзии картинам, Бартоломеус Ширангер, изобразивший Рудольфа в образе Гермеса Трисмегиста, бога оккультных наук, Ганс Ахенский, скульптор Адриан де Врис, гравер Эгидиус Заделер. Кульминацией поощрения ювелирного искусства была великолепная императорская корона Рудольфа, ставшая впоследствии символом Австрийской империи. Рудольф был крупнейшим меценатом и коллекционером Европы. Предметом его особых вожделений были работы Дюрера и Питера Брейгеля Старшего. В результате поисков вечного двигателя Рудольф превратился в страстного коллекционера часов. В музыке он искал гармонию сфер и интересовался механическими музыкальными инструментами. Меценатская деятельность Рудольфа протекала на фоне многочисленного и пестрого двора, который вполне соответствовал разнообразным увлечениям императора и странным образом контрастировал с его замкнутостью. Этот двор пожирал неимоверные суммы денег, и после смерти Рудольфа саксонский посланник в Праге писал, что если бы покойный император вкладывал такие же деньги в войны с турками, то наверняка закончил бы их победоносно. Это наивное замечание еще раз свидетельствует о том, что император стремился скрыться от горькой действительности в мире прекрасного вымысла.