Рудольф II не собирался соблюдать эти договоры. Зверства императорских войск в Венгрии грозили стать причиной новой войны. Теперь братья Рудольфа решили идти с вассалами до конца. 1 февраля 1608 года на ландтаге в Пресбурге (Братислава) Маттиас окончательно связал себя с территориальными субъектами Венгрии и Австрии, и сословная оппозиция получила таким образом династическую легитимацию. Моравию принудили присоединиться к мятежникам силой, и Маттиас во главе армии двинулся на Прагу. Рудольф осознавал всю опасность положения, но он был словно парализован и не способен к действенному сопротивлению. Этим воспользовались территориальные субъекты Богемии, примеру которых последовали Силезия и Лаузиц. Они сочли более выгодным в этот момент поддержать Рудольфа и тем самым обеспечить себе пространство для самостоятельной политики. В результате Маттиас и его приспешники были вынуждены пойти на компромисс. В Либенском договоре от 25 июня 1608 года Рудольф II уступил Маттиасу Венгрию, Австрию и Моравию, но сохранил за собой Богемию, Силезию и Лаузиц, а также титул императора.
Однако он тут же он попытался отнять у чехов религиозные и политические свободы, которые только что пообещал, но под угрозой восстания 9 июля 1609 года вынужден был издать известное «Высочайшее послание», гарантирующее всем чехам, включая крепостных, свободу вероисповедания. Сеньоры, рыцари и королевские города получали право строить церкви и школы, восстанавливалась старая утракистская консистория, а Пражский университет окончательно переходил в распоряжение протестантов. В дальнейшем Рудольфу пришлось даже разрешить строительство церквей в пределах королевских имений и назначение наблюдателей (дефенсоров) от сословий, призванных пресекать нарушения этих обязательств. Территориальные субъекты Богемии, таким образом, смогли отстоять свою самостоятельность, а протестанты — сформировать свою церковную организацию (Corpus).
Так тяжелый кризис габсбургской монархии соединился с кризисом в империи. Пассивность Рудольфа II привела к разрушению системы религиозного мира 1555 года, которую император вполне был в состоянии сохранить, продолжив политическую линию своего отца. После некоторых колебаний Август, курфюрст Саксонии, решил продолжить старые игры и начал сколачивать коалицию. Рудольф и, в еще большей мере, его советники были склонны выступить на защиту интересов католиков, по продолжали пребывать в бездействии, в то время как курфюрст Пфальцский все более интенсивно проводил политику, направленную на ревизию существующего порядка. Рудольф II отказался от вступления в Католическую лигу — проект папы с целью объединения сил против Турции, дабы не вызывать дополнительных подозрений у протестантов. Он саботировал также все инициативы Рима в империи. При этом им двигала как антипатия к папской курии, так и нежелание нарушать религиозный мир. Благодаря такой позиции и на рейхстаге 1582 года в Аугсбурге, и больше всего в 1594 году на рейхстаге в Регенсбурге ему удалось, несмотря на все отрицательные моменты, произвести благоприятное впечатление и получить желаемую помощь для ведения войны с турками.
Несмотря на всю готовность к компромиссам, проявившуюся в споре о праве голоса протестантских администраторов в рейхстаге, позволившую предотвратить открытый конфликт, но зато полностью парализовавшую исполнение соответствующего постановления имперской судебной палаты, Рудольф и его советники всегда оказывали поддержку и предпочтение требованиям католической стороны, если такие требования были более или менее юридически обоснованы, а также католическим трактовкам положений религиозного мира. Он стремился не упустить ни одного шанса использовать силу и авторитет титула императора в интересах приверженцев старого вероисповедания. При этом оп не останавливался и перед нарушениями имперского права в интересах католиков. В таких церковных владениях, как Кельн, Страсбург и Фульда, император самым решительным образом отстаивал положения религиозного мира, то же самое относилось и к интересам католических меньшинств в имперских городах. В 1601 году так называемый «спор четырех монастырей» заблокировал исполнение постановления имперской судебной палаты. Это событие свидетельствовало о повышении авторитета конкурирующей судебной инстанции — Надворного совета, который находился в Праге и полностью контролировался императором. Еще в 1582 году Рудольф II повел себя весьма круто в отношении имперских городов, когда те попытались обставить условиями предоставление помощи для борьбы с турками. Император указал городам на их более скромное положение в отношении к суверену (императору) но сравнению с другими субъектами империи. Здесь уже Рудольфом руководила аристократическая солидарность — сам будучи князем, он, как и все его предшественники, чувствовал себя более обязанным другим князьям империи, и некоторые из князей пользовались большим доверием императора. К их числу относились и лютеранин герцог Генрих Юлий Брауншвейгский, и кальвинист граф Симон VI Липпский. Даже такой активный сторонник политики агрессивной протестантской пропфальцской партии, как князь Христиан I Ангальтский, будучи высокообразованным человеком, пользовался уважением и вниманием императора.
В этом затяжном кризисе император мог бы, подобно своим предшественникам Фердинанду I и Максимилиану II, попытаться выступить в роли посредника и третейского судьи, но в обстановке растущей конфессионализации конфликтов наводить мосты становилось все труднее. Пассивность императора привела к тому, что он постепенно утрачивал то глубокое представление о процессах, происходивших в империи, которым, безусловно, обладал изначально. Рудольф II избегал появляться на больших собраниях субъектов империи, где мог бы поддерживать контакты с влиятельными князьями и при необходимости использовать свой авторитет в дискуссиях по спорным вопросам. В результате процесс распада сложившегося порядка ускорился, и последние годы правления Рудольфа стали трудным испытанием для этого порядка. В своей политике император делал ставку на компромисс между католиками и умеренными лютеранами, но, в конечном счете, этот расчет не оправдался. Поляризация усиливалась, и политику императора начала критиковать даже умеренная партия. Попытки императора действовать в обход конституционного порядка не принесли желаемого результата, а лишь осложнили его положение. Личная отстраненность императора от дел и непредсказуемость действий имперских учреждений привели к тому, что Рудольф все больше утрачивал доверие, чему способствовала его склонность к «диссимуляции».
Когда в 1607 году император, нарушив нормы права, отдал имперский город Донауверт лидеру немецкого католицизма герцогу Максимилиану Баварскому, доверие к Рудольфу упало до критической отметки, хотя власти города, безусловно, сами допустили грубые противоправные действия в отношении католического меньшинства, а политика императора в принципе должна была служить защите интересов слабых. Однако случай с этим городом лил воду на мельницу агрессивной протестантской партии. Эта партия, возглавляемая курфюрстом Пфальцским, уже давно возмущалась «пристрастными решениями имперского Надворного совета», ставила под сомнение допустимость принципа большинства на общеимперских форумах, окончательно парализовала деятельность имперской судебной палаты и даже предпринимала попытки использовать представительство императора в Пфальце для выдвижения обвинений против императора. Никогда еще Рудольф II не подвергался таким нападкам. Раздувая последствия эпизода с Донаувертом, курфюрст Пфальцский и его многочисленные сторонники сорвали работу Регенсбургского рейхстага 1608 года. Многие имперские органы находились уже в параличе, и рейхстаг, главное место достижения компромиссов, оказался не в состоянии выполнять функцию буфера в усиливавшихся конфликтах. Межконфессиональный антагонизм принял открытые формы, свидетельством чего стало образование протестантского Союза в 1608 году и католической Лиги в 1609 году. Имперский конституционный порядок практически прекратил свое существование.