В 1610 году возник спор о наследовании герцогств Юлих, Клеве и Берг, весьма важных с точки зрения общеевропейской политики. Это грозило превращением внутригерманского кризиса в общеевропейский. Падение авторитета императора способствовало интернационализации внутригерманской политики: протестантское движенце ориентировалось на Нидерланды, Англию и прежде всего на Францию, в то время как католическое опиралось на Испанию. Стремление Рудольфа назначить эрцгерцога Леопольда, администратора Пассау, наместником Нижнего Рейна, еще больше усилило опасность войны. Однако Рудольф не был последовательным в проведении этого плана, потому что внимание его больше всего занимало желание отомстить брату Маттиасу. Рудольф пытался склонить курфюрста Саксонского к интервенции на Нижнем Рейне, но успеха в своем начинании не достиг. Европейская война на Нижнем Рейне все же не началась, но предотвратило ее не авторитетное вмешательство императора, а убийство французского короля Генриха IV 14 мая 1610 года. Теперь Рудольфу удалось склонить эрцгерцога Леопольда повести армию, навербованную для войны за Юлих, против Маттиаса, чтобы затем предать того суду собрания князей. Маттиасу удалось с большим трудом добиться формального компромисса с Рудольфом. Этот компромисс предусматривал разрыв Венского договора 1606 года, признание Рудольфа главой семьи и прощение эрцгерцогов Максимилиана и Фердинанда. Грамоту о прощении император милостиво лично зачитал братьям на Град-чанах 9 октября 1610 года, но обида Рудольфа была столь сильна, что он не оставил мыслей о мести. В это время завербованные в Пассау наемники, с которыми из-за отсутствия денег не смогли расплатиться, в конце января 1611 года вторглись в Богемию. Это послужило толчком для окончательной катастрофы Рудольфа II.

Существует мнение о том, что во время этой последней фазы жизни и правления Рудольф был уже полностью невменяем. Им руководили чувства гнева и оскорбленного величия, депрессии сменялись приступами лихорадочной активности, поспешные противоречивые поступки действительно могли создать впечатление, что их совершает психически ненормальный человек. Тем не менее тезис о наличии у Рудольфа II настоящего душевного заболевания не может считаться подтвержденным, и мы должны отнести его к категории умозрительных предположений.

Когда взбунтовавшиеся наемники вторглись в Богемию, местное дворянство и города отложились от непредсказуемого императора, опасаясь попыток реставрации католицизма. Пожар восстания разгорался, и напуганный император попытался уговорить племянника Леопольда отступить, но тот уже видел блеск короны богемских королей и проявил неуступчивость. 25 февраля 1611 года наемники заняли пражскую Малу страну. Рудольф попытался использовать это обстоятельство для давления на богемские сословия, представители которых собрались в Старом и Новом городе Праги, набирали войска и призывали на помощь Маттиаса. Теперь уже Рудольф был готов даже расплатиться с разбушевавшейся солдатней и с Пассау, но в ночь 11 марта наемники, опасаясь Маттиаса, ушли из Праги. Утром того же дня объединенные войска Маттиаса и богемских сословий вступили в Пражский замок — теперь Рудольф был в их руках. На его глазах Маттиас 27 мая возложил на себя богемскую корону, но император не передавал ему власть вплоть до 18 августа, когда он, изрыгая проклятия, подписал манифест об отречении от богемского престола. Теперь у Рудольфа остались только императорская корона и формальный титул соправителя Тироля и Передней Австрии.

В бессильном гневе Рудольф строил несбыточные планы мести, которые вывели его на контакты с протестантским Союзом и его лидером князем Христианом Ангальтским, влияние которого теперь резко возросло. Пока ему еще удавалось предотвратить избрание Маттиаса Римским королем, но попытки мобилизовать курфюрстов на борьбу против мятежного брата остались безуспешными. Воевать курфюрсты не хотели, что не мешало им требовать реформ в управлении империей и установления контроля эрцканцлера (курфюрста Майнцского) над Надворным советом. Действия императора становились все более непредсказуемыми, авторитет его и династии был полностью подорван, и смерть Рудольфа II от водянки, последовавшая в Праге 20 января 1612 года, не вызвала ничего, кроме всеобщего вздоха облегчения.

Конечно же, опыт начавшейся вскоре Тридцатилетней войны заставил отнестись к фигуре этого императора менее строго. Можно долго спорить о том, мог ли Рудольф II, сконцентрировав усилия своей политики на проблемах империи, стабилизировать эту политическую конструкцию — несомненно лишь, что реальный шанс на это существовал, хотя неясно, можно ли было вообще приостановить процесс быстро прогрессирующей конфессионализации (Schilling) и связанной с этим поляризации политических сил. У Рудольфа, безусловно, присутствовало понимание политических процессов, но оно не вылилось в действия, а лишь порождало депрессию и делало его неспособным управлять. И император скрывался от печальной действительности в другие миры, будь то таинственный мир пауки или прекрасный мир искусства. В этом и состоит непреходящее очарование этого талантливого человека.

Детство эрцгерцога Маттиаса, прошедшее при дворе отца, можно было бы назвать вполне безоблачным, если бы не «перетягивание каната» между отцом, императором Максимилианом II, сперва протестантом, а затем «компромиссным католиком», и матерью, Марией Испанской, убежденной католичкой. Маттиас родился 24 февраля 1557 года и вместе с младшими братьями рос в атмосфере, проникнутой духом культуры и искусств. Вышло так, что он с детства мог в непосредственной близости наблюдать весь порядок управления наследственными владениями, в то время как его старшие братья Рудольф и Эрнст провели эти годы при испанском дворе. После их возвращения в 1570 году Маттиас должен был сменить их там, но случаю было угодно, чтобы в качестве таранта единства Casa de Austria в Испанию отправился младший брат Венцель. В 1578 году Венцель, умер в возрасте всего 17 лет, будучи в сане Великого приора Кастильского ордена иоаннитов.

Максимилиан не разделил свои земли, что предопределило дальнейший жизненный путь младших сыновей, в том числе и Маттиаса: всем им предстояла духовная карьера. Маттиас не желал идти этим путем, что было возможно, например, в Кельне. Он стремился к собственной власти. Лишенный территории, эрцгерцог чувствовал себя ущемленным, что впоследствии стало одной из причин «раздора братьев в доме Габсбургов».