К этому времени обострился кризис личности Рудольфа II. Его депрессии, неспособность к действию и замкнутость возросли настолько, что дали повод для разговоров о психическом расстройстве. Император не был женат, и вопрос преемственности оставался неясным. Клезль прекрасно понимал, что интересы династии требовали разрешения этой опасной ситуации. Роль законного наследника обязательно должна была достаться Маттиасу как старшему агнату императора. Маттиас, правда, не обладал качествами, необходимыми для этой роли, но из любви к внешним почестям отчаянно к ней стремился. Рудольф II никогда не пытался обделить брата: в 1594–1595 и в 1598–1601 годах император назначал Маттиаса главнокомандующим войсками, действовавшими против турок, по Маттиас не снискал воинской славы. Маттиас представлял императора на рейхстагах 1598 и 1603 годов, однако в какой мере притязания Маттиаса ожесточали императора, в такой же мере и наместник Австрии страдал от бездеятельности императора, пребывавшего в Праге. Маттиас часто бывал на публике и поневоле представлял, династию, поскольку Рудольф со временем все больше избегал этих обязанностей. Отчужденность постепенно переросла в ненависть императора к наследнику, выставлявшему, но его мнению, непомерные требования. Маттиас, в свою очередь, опасался, что углубляющийся кризис власти Рудольфа II лишит его законного наследства. С начала нового века то и дело всплывали мысли о насильственном свержении императора, но у Маттиаса на это не хватало смелости.
Затянувшаяся война Рудольфа II с турками, на которую начиная с 1604 года наложилось восстание в Венгрии и Трансильвании под руководством Иштвана Бочкая, все больше выявляла слабость и финансовый кризис власти при одновременном усилении сословной оппозиции в наследственных владениях. Императорская армия, не получавшая жалования, грозила бунтом, протестанты воспользовались моментом для расширения своих привилегий, и казалось, что наступил подходящий момент для действий. Однако Маттиас убоялся последствий своих мятежных мыслей, пригрозил отречением, заболел и сам впал в депрессию. Теперь его советникам во главе с Клезлем пришлось тащить его за собой. Их прогноз, согласно которому заключение мира с Венгрией и Турцией являлось необходимым условием стабилизации, полностью подтвердился. Но гордый Рудольф не мог согласиться с таким решением. Эрцгерцоги объединились, опять же под руководством Клезля, и им удалось вынудить императора дать Маттиасу полномочия для переговоров с венграми и турками. В 1606 году эрцгерцог Маттиас действительно заключил в Вене и Житватороке мирные договоры с обоими противниками, однако при этом должен был пойти на значительные политические и конфессиональные уступки венграм.
Попытки императора сорвать выполнение мирных договоров привели к новой эскалации раздора братьев в доме Габсбургов. Еще в 1606 году эрцгерцоги собрались в Шоттвине, и с этого времени планы свержения императора принимали все более конкретные очертания. В апреле 1606 года в Вене собрались Маттиас, его брат, Великий магистр Тевтонского ордена эрцгерцог Максимилиан, а также эрцгерцоги из Граца Фердинанд и Максимилиан Эрнст, но они еще не были готовы реализовать планы своих советников, сводившиеся к тому, чтобы с помощью папы, Испании и католической части империи выступить против Рудольфа. Тем не менее был составлен тайный договор, в котором Маттиас был объявлен главой семьи и выдвинут кандидатом на престол римского короля. Однако, строго говоря, этот документ свидетельствовал лишь о нерешительности эрцгерцогов (25 апреля 1606 года). После того, как Маттиас заключил мир, Рудольф II был вынужден назначить его наместником в Венгрию, что обеспечивало тому новую базу власти. Но лишь угроза восстания в Венгрии и сословный кризис в Моравии и Австрии побудили Маттиаса и Клезля к действию. В январе 1608 года Маттиас на рейхстаге в Пресбурге вступил в союз с венгерской сословной оппозицией, пообещав ей автономию, а протестантам — свободу, что заставило епископа Клезля покинуть окружение Маттиаса. Одновременно Маттиас заключил союзы с сословиями Верхней и Нижней Австрии, а также Моравии в защиту мирных договоров. Этот шаг был совершенно очевидно направлен против императора. Началась война, которая сделала Маттиаса заложником сословий, ставших теперь равноправными партнерами. Однако надежда привлечь на свою сторону и богемские сословия не оправдалась, что в конечном итоге было на пользу династии, поскольку расколотой оказалась не только династия, но и сословия. Чехи удовлетворились тем, что Рудольф подтвердил их привилегии, и наступление Маттиаса застопорилось. По Либенскому договору 1608 года Маттиас получил Верхнюю Австрию, Нижнюю Австрию и Моравию, а за Рудольфом остались титул императора, Богемия, Силезия и Лаузиц.
Теперь Маттиас устроился в Вене вполне по-королевски, а значение его двора для Австрии уже с 1606 года превышало значение двора Рудольфа. Двор Маттиаса был привлекательным для тех, кто не выдерживал постоянные капризы пражского императора. Приток аристократов усиливал позиции младшего брата во внутригабсбургском конфликте. Получив корону св. Стефана, новый монарх мог теперь раздавать милости, подарки и титулы. К последним, правда, приписывалась маленькая поправка — «в наследственных землях». Вне всякого сомнения, конфронтация Маттиаса и Рудольфа была шагом в направлении автономизации наследственных земель от империи.
Но и Маттиас был пленником своих связей с сословиями. Они были вынуждены совместно защищать и Пресбургский союз, и протестантизм. Это, в свою очередь, означало, что пример венгерской религиозной и сословной автономии может повториться в Австрии: сословия Нижней Австрии заключили формальный союз с сословиями Верхней Австрии в Хорне. Цель его заключалась в том, чтобы ликвидировать результаты продвижения контрреформации, достигнутые за время наместничества Маттиаса под руководством Клезля, что больно затронуло Маттиаса, ибо за эти годы его католицизм существенно укрепился, и он стал усердно заботиться о спасении своей души. К этому времени Клезль вернулся в число советников, и под его влиянием Маттиас отверг требования сословий. Тогда сословия взялись за оружие. Перед лицом опасности Клезль попытался достичь компромисса с Рудольфом, получить помощь от Баварии, но все эти попытки к успеху не привели. 19 марта 1609 года Маттиас согласился на весьма далеко идущие конфессиональные уступки. Это был триумф оппозиции, но Маттиасу удалось избежать всеобщего мятежа. Однако этот шаг скомпрометировал его перед Габсбургами и католическими субъектами империи. Клезль, вернувшийся в окружение Маттиаса, толкал его на ревизию этих уступок. Клезль вновь попытался заручиться поддержкой эрцгерцогов для передачи Маттиасу титула римского короля, однако преисполненный ненависти Рудольф сделал все возможное, чтобы не допустить этого.
В епископстве Пассау двоюродный брат Рудольфа Леопольд собрал небольшую армию для участия в войне за Юлих. События повернулись так, что эта армия оказалась под контролем Рудольфа, и он тут же решил с ее помощью нанести удар по Маттиасу и богемским сословиям с тем, чтобы ликвидировать сделанные уступки. Это немедленно объединило две последние стороны против императора, потому что от градчанского затворника можно было ожидать всего. Маттиас, а точнее Клезль, попытался использовать эту ситуацию для окончательного свержения Рудольфа. Когда воинство из Пассау под командованием Леопольда, мечтавшего о богемской короне, в конце января 1611 года, мародерствуя, двинулось но Богемии, богемские сословия воззвали о помощи к Маттиасу. Противник надвигался, и наемники Леопольда немедленно удалились на безопасное расстояние. Теперь для Рудольфа было потеряно все. Теперь в руках Маттиаса была власть над Богемией, Силезией и Лаузицем, и 23 мая 1611 года он был коронован в Праге. После смерти Рудольфа II Маттиас был 13 июня 1612 года единогласно избран римско-германским императором.
С восхищением рассматривал Маттиас художественные сокровища, собранные покойным братом. Он сразу же перенес резиденцию из Праги в Вену, в центр наследственных владений, ближе к неспокойной турецкой границе и подальше от центров империи. Это решение вполне соответствовало логике его правления, согласно которой на первое место выступали наследственные владения. Но такой подход привел к утрате контроля над событиями в Богемии и в империи.