Максимилиан II всегда критично оценивал политику Испании в Нидерландах, но ни разу не рискнул вступить в открытый конфликт с Филиппом II. В 1576 году в большинстве испанских провинций сложилось мнение о том, что разумно было бы заменить жесткий режим Филиппа более мягким правлением какого-либо австрийского эрцгерцога и таким образом достичь компромисса. Одновременно в Вене опасались, что политика Филиппа II нанесет непоправимый ущерб интересам Габсбургов, и обдумывали альтернативные решения, не пытаясь, правда, проводить их на практике. В 1576 году на Регенсбургский рейхстаг прибыл Готье Вандерграхт, посланник Генеральных штатов Брабанта, Фландрии, Хеннегау и Артуа, с просьбой о защите. Он провел переговоры с новым императором Рудольфом И, который пообещал выступить посредником. Одновременно Вандерграхт вступил в контакт с девятнадцатилетним эрцгерцогом Маттиасом, который сразу же предложил свою кандидатуру в качестве наместника. Достигнутая договоренность позволила Вандерграхту в октябре 1577 года от имени группы дворян южных провинций, предводительствуемых герцогом Арсхотским, провозгласить Маттиаса наместником Нидерландов. Двадцатилетнего Маттиаса ожидали весьма и весьма непростые задачи: защита сословных вольностей от Филиппа II, от угроз извне и от радикалов из северных провинций. Поставив в известность о своих намерениях одного лишь брата Максимилиана, Маттиас в ночь с 3 на 4 октября 1577 года тайком покинул общую спальню и поспешил в Кельн, чтобы предложить свои услуги Генеральным штатам. С самого начала на этом предприятии лежала печать вопиющего дилетантства. Юный Маттиас был во многом похож на отца — всегда приветлив и готов пойти навстречу. Однако от отца он унаследовал также склонность к лютеранскому вероучению и лютеранским книгам, но при этом не обладал политической выучкой. К тому же у него уже в раннем возрасте проявился недостаток способностей, образования и силы воли. Очень быстро выяснилось, что умеренные аристократические сторонники эрцгерцога мало что могут противопоставить искусству такого выдающегося политика, как Вильгельм Оранский, и динамичным народным движениям в городах. После того, как Арсхот попал в плен к гентским повстанцам, Маттиасу оставалось лишь окончательно перейти на сторону Вильгельма Оранского. При этом эрцгерцогу пришлось подчиниться Генеральным штатам, присягнуть им на верность и признать их право на сопротивление. Он был введен в Государственный совет, а принц Оранский был приставлен к нему в качестве надзирателя в чине «генерал-лейтенанта». Наместничество началось с провала. Маттиас и его Государственный совет вынуждены были безучастно наблюдать раскол между северными и южными провинциями. Когда в 1578 году герцог Франсуа Анжуйский объявил себя защитником свободы Нидерландов, Маттиас понял, что здесь ему искать больше нечего. Последним шансом стала попытка использовать династические связи. Действия брата сильно скомпрометировали императора Рудольфа II перед мадридским двором, и он предложил испанцам свое личное посредничество в конфликте, которое было, однако, отвергнуто нидерландской стороной из-за слишком близких связей императора с Филиппом II. Как это ни странно, император не слишком прогневался на самоуправного брата. Ненадежность, непредсказуемость Маттиаса начала беспокоить его лишь после того, как тот в 1587 году самовольно отправился в путешествие к берегам Северного моря. Но пока ничто не омрачало их отношений.

В 1579 Маттиасу ясно дали понять, что отныне в Нидерландах он лишний человек. Начались задержки денежных выплат, придворные стали разбегаться, что в век повышенного внимания к внешним атрибутам репутации было подлинной катастрофой для эрцгерцога. Наместничество уже тяготило Маттиаса, но безденежье и нерешительность мешали ему оставить этот пост до 1581 года. После официальной отставки он целых пять месяцем не мог уехать домой, пока не были — удовлетворены требования всех кредиторов. Рудольф II занимал деньги, где только мог, с тем, чтобы ускорить отъезд брата. В октябре 1581 года, сразу же после провозглашения независимости Нидерландов, Маттиас отправился из Антверпена через Кельн в Линц. С 1582 по 1593 год он скромно жил в Линце. После крушения честолюбивых нидерландских планов пытался получить епископские кафедры в Мюнстере, Льеже и Шпейере, зондировал почву по поводу польской короны, хлопотал об опекунстве и регентстве над Фердинандом в Штирии, а также о наместничестве в землях брата-императора, но каждый раз ему припоминали нидерландскую авантюру. Лишь назначение старшего брата Эрнста испанским наместником Нидерландов в 1594 году открыло Маттиасу путь к наместничеству в Австрии. После смерти Эрнста в 1595 году Маттиас занял место ближайшего агната императора.

В наследство Маттиас получил конфронтацию с сильными сословиями, как это уже было в Нидерландах. Непрекращающаяся война с турками и влияние протестантских субъектов Германской империи вынуждало Габсбургов к уступчивости в отношении политических и религиозных требований своих подданных и вассалов. Так, Максимилиан II признал свободу вероисповедания за протестантским большинством. В Австрии возникла протестантская церковь, носившая явно выраженный сословный характер. Эта церковь привлекла на свою сторону самые широкие слои населения и принудила старую церковь к одной лишь обороне. Рудольф II попытался стабилизировать старую церковь, но его меры натолкнулись на ожесточенное сопротивление сословий, тем более что начиная с 1593 года император ощущал все большую потребность в средствах на ведение войны с турками. Бремя высоких налогов было переложено на крестьян, и в 1595–1597 годах в Верхней и Нижней Австрии вспыхивали крестьянские восстания.

Итак, Маттиас принял наместничество в весьма взрывоопасный момент. Выяснилось, что нидерландский провал мало чему его научил. Он лишь внешне напоминал настоящего монарха. Он действительно мог принять достойный вид и умел строить отношения с людьми, но за блестящим фасадом скрывалось немногое. Маттиас попросту подписывал то, что ему подавали советники. Эрцгерцог не оказывал практически никакого влияния на политику, а предпочитал ей музыку и юмор своего придворного шута. Есть основания полагать, что в первые годы своего наместничества Маттиас не был ревностным католиком. Среди его придворных преобладали протестанты, а обергофмаршал Райхард фон Штройн был одним из решительно настроенных лидеров кальвинизма. Это породило большие надежды у австрийских протестантов. Однако вовсе не по случайному стечению обстоятельств эрцгерцог быстро откликнулся на требование императора проводить более решительную политику. Подавляя крестьянские восстания, Маттиас проявил куда большую жестокость, чем Рудольф. Такое же избыточное усердие проявил он и при насаждении обновленного католицизма. В этом снова проявилось отсутствие у Маттиаса самостоятельного мышления. Однако сеньоры и рыцари на ландтагах Нижней и Верхней Австрии решительно выступили против слабого правителя в защиту протестантского вероисповедания. Начиная с 1598/99 годов решающее влияние на несамостоятельного эрцгерцога начал оказывать Мельхиор Клезль, лидер движения контрреформации в Австрии. Ловкий, последовательный прелат и Маттиас прекрасно дополняли друг друга. Клезль не боялся открыто указывать эрцгерцогу на его слабости и говорил, что Маттиас, как правило, отвечает «да», потому что «не дает себе труда подумать». «Все полагаются на то, что Ваше величество не будет задавать никаких вопросов и предоставит вещи их естественному течению» (Huber, Geschichte Osterreichs V, 46f.).

Маттиас не менялся, и, возможно, смелые и открытые высказывания Клезля были всего лишь изощренным психологическим приемом, призванным помочь ему подчинить себе эрцгерцога. Однако в лице Клезля эрцгерцог приобрел прекрасного ментора и талантливого политического тактика, который и руководил им, и направлял его политику. Поэтому самые важные годы в жизни эрцгерцога, короля и императора Маттиаса были прежде всего временем Клезля, основным инструментом которого была апелляция к державным амбициям Габсбурга. Мельхиор Клезль (1552–1630) был сыном венского некаря, начал жизнь протестантом, но впоследствии перешел в католицизм, стал священником и вскоре вырос в бескомпромиссного лидера обновленного католицизма в Нижней Австрии. Он действительно добился весьма значительных успехов, хоть и любил прихвастнуть, преувеличивая их. Будучи официалом (церковным судьей) в Пассау, он вел успешную борьбу с венским Монастырским советом, попавшим под власть феодальных сеньоров. В 1582 году он привлек к себе внимание Рудольфа И, который пожаловал ему титул императорского советника. Исполняя поручения императора, Клезль вступил в конфронтацию с протестантским дворянством. С 1588 года он занимал пост епископального администратора города Випер Нойшгадт, а с 1598 по 1602 год был епископом Вены. Маттиас высоко ценил преданность Клезля делу католицизма, верность Габсбургам, его интеллект и надежность. Клезль, в свою очередь, понял, что в его руках оказался шанс получить решающее влияние на предполагаемого преемника Рудольфа II, который вследствие своей подверженности депрессиям отошел от государственных дел. Клезль оставил Рудольфа и сумел нейтрализовать конкурентов, которые могли бы угрожать его положению при Маттиасе. Тактическое искусство Клезля, бывшего признанным мастером «диссимуляции», позволило ему повысить не только собственный престиж, но и престиж Маттиаса. Великий советник сумел выдвинуть своего ничтожного господина на историческую роль.