Подобно некоторым своим предшественникам, Фердинанд II также стремился еще при жизни добиться избрания своего старшего сына Фердинанда (III) римским королем и тем самым закрепить титул императора за Габсбургами. Однако на съезде курфюрстов он не проявил особой настойчивости в реализации этого плана и при мерных признаках сопротивления коллегии отказался от него. Если он действительно рассчитывал на успех, то этот результат также следует отнести к числу его поражении в Регенсбурге. В целом решения, принятые в Регенсбурге, означали, что субъекты империи сумели дать успешный отпор планам и притязаниям императора. Особое историческое значение имеет тог факт, что по времени эти решенья совпали с моментом высадки Густава Адольфа на берегах Германии в июле 1630 года. Это вновь поставило Фердинанда в сильную зависимость от субъектов империи. По теперь он мог рассчитывать лишь на католических князей, поскольку весной 1631 года протестантские субъекты империи, собравшись под руководством курфюрста Саксонского на конвент в Лейпциге, приняли решение не оказывать никакой помощи императору до тех пор, пока не будет отменен реституционный эдикт и ликвидирована система императорских контрибуций. Несмотря на тяжелое положение, Фердинанд не собирался идти на уступки. Летом 1631 года курфюрсты Саксонский и Бранденбургский присоединились к Густаву Адольфу. 17 сентября объединенная армия императора и Лиги потерпела тяжелое поражение под Брайтенфельдом, и шведы начали быстро продвигаться в Южную Германию. Военно-политическая ситуация в империи коренным образом изменилась. Преимущества католической партии, достигнутого после победы у Белой Горы, больше не существовало, и Фердинанд осознал, что возникла реальная угроза его положению как императора. Фердинанд пытался противодействовать этой угрозе различными способами. Один из них заключался в более тесном сотрудничестве с Испанией и Святым престолом под знаменем борьбы за общее католическое дело. Однако папа Урбан VIII соглашался предоставить лишь весьма незначительные субсидии, а испанцы были заинтересованы не столько в том, чтобы поддержать Фердинанда, сколько в том, чтобы получить от него самого помощь в войне против Нидерландов. Второй путь, также вполне угодный испанцам, состоял в том, чтобы вновь призвать Валленштейна. С декабря 1631 года по апрель 1632 года Валленштейн собрал и возглавил новую императорскую армию. Ввиду сложности положения возражений со стороны католических князей не поступило (18 октября Густав Адольфа занял Вюрцбург, 22 декабря пал Майнц, 16 мая 1632 года — Мюнхен). Однако Валленштейн потребовал за свои услуги немалую цену, и Фердинанд пошел на значительные уступки в части финансирования армии и личного вознаграждения Валленштейна. Император согласился признать за генералиссимусом практически полную независимость в командовании армией и, наконец, дал ему полномочия на ведение переговоров о мире с курфюрстом Саксонским. Ранке полагал, что уже в этот момент Фердинанд был готов пойти на значительные уступки относительно реституционного эдикта, по эта гипотеза представляется сомнительной. Все вместе это означало, что император, выдав такие полномочия Валленштейну, самым унизительным для себя образом передал значительную часть своей власти человеку, в отношении которого нельзя было быть уверенным, что он использует эти полномочия действительно так, как это задумывал Фердинанд. «Он отправился воевать за императора, но в той же степени и за себя самого» (L. Ranke). Несмотря ни на что, Фердинанд все же сделал выбор в пользу Валленштейна, по это не было признаком личной слабости, а явилось лишь необходимым следствием военно-политической ситуации. При изменении ситуации отношения между Фердинандом и Валленштейном неизбежно должны были измениться, и император должен был ограничить независимость Валленштейна, но вопрос состоял в том, смирится ли Валленштейн с ограничением своей независимости.

В битве при Люцене 16 ноября 1632 года Валленштейн потерпел поражение, но в этом сражении был убит король Густав Адольф. Данное событие императорский двор воспринял как символ благоприятного перелома ситуации, после которого действия шведов должны были во многом утратить свой динамизм. Однако в апреле 1633 года шведскому канцлеру Оксеншерне удалось объединить южногерманских протестантов в «Хайльбронпский союз», который действовал в интересах шведов против императора и католической партии. В этой ситуации тем более непонятно казалось Фердинанду нежелание Валленштейна выступить против шведов в Южной Германии вопреки многократным требованиям императора. Главные силы Валленштейна находились в Богемии и Силезии, и генералиссимус уклонялся от решительного сражения. Кроме того, на протяжении 1633 года Валленштейн вел политические переговоры, причем далеко не всегда имея на то разрешение императора. Так, в переговорах с курфюрстом Саксонским, на которые Валленштейн имел полномочия, он пошел на конфессиональные и политические уступки, далеко выходившие за рамки того, на что был готов пойти Фердинанд. Но Валленштейн этим не ограничился и, уже не имея полномочий, вступил в переговоры с Францией, Швецией и противниками императора, изгнанными из Богемии. Все эго породило при дворе императора серьезные подозрения и предательстве Валленштейна — у Фердинанда были достаточные основания для того, чтобы усомниться в лояльности своего полководца. Когда в январе 1634 года Валленштейн заставил своих офицеров присягнуть в безоговорочной верности ему лично, Фердинанд не мог это интерпретировать иначе, как попытку генералиссимуса обеспечить себе неуязвимость от верховного главнокомандующего, то есть императора. Кризис приближался к развязке. 24 января 1634 года Фердинанд подписал патент (первоначально секретный) на смещение Валленштейна, а 18 февраля издал приказ арестовать Валленштейна как государственного изменника, а в случае опасности убить его. Фердинанд пошел на этот решительный шаг лишь после того, как три главных его советника, граф Траутмансдорф, князь Эггенберг и епископ Вольфрадт на основе анализа имевшейся информации пришли к выводу о том, что государственные соображения требуют именно таких действий, а также после того, как духовник императора Ламормэни недвусмысленно согласился с этим выводом. После этого Фердинанд счел, что получил достаточное прикрытие с политической, правовой и моральной стороны. 25 февраля 1634 года Валленштейн был убит в Эгере. Ни одна живая душа не попыталась защитить полководца или отомстить за него.

Смерть Валленштейна повлекла за собой отстранение Эггенберга, на место которого в качестве главного министра вступил граф Траутмансдорф, доверенное лицо эрцгерцога Фердинанда (III). В это время Фердинанд (III) все более уверенно выдвигался на первый план политической и военной сцепы. Ему было вручено верховное командование армией, чему раньше препятствовал Валленштейн, и поручено ведение переговоров о мире с курфюрстом Саксонским. Этим событиям приписывали «значение, почти равное смене монарха» (F. Stieve). Это верно в том смысле, что данные события послужили началом новых процессов, но неверно, так как никто и не думал отстранять Фердинанда II от власти.

К этому моменту военная ситуация складывалась отнюдь не благоприятно для Фердинанда и католической партии: значительные территории империи были заняты войсками Швеции и ее союзников, а Франция без объявления войны начала наступление в Лотарингии и Эльзасе. Однако с устранением Валленштейна исчезли препятствия, мешавшие переносу главного театра военных действий в Южную Германию и налаживанию взаимодействия между императорской армией и войсками Лиги. Наконец пришел и тот момент, когда Фердинанд мог получить долгожданную помощь от Испании. Испанская армия под командованием кардинал-инфанта Фердинанда и герцога Ферма, направлявшаяся из Милана в Нидерланды, объединилась с войсками императора и Лиги и под командованием Фердинанда (III) и Галласа 6 сентября 1634 года нанесла шведам сокрушительное поражение в сражении у Нердлингена. В результате была занята вся Южная Германия до Рейна, и Хайльброннский союз распался. Победу при Нердлингене облегчило то обстоятельство, что после смерти Валленштейна были возобновлены переговоры о мире между императором и курфюрстом Иоганном Георгом Саксонским, что позволило перебросить императорские войска из Средней в Южную Германию. В свою очередь, эта победа ускорила завершение переговоров, на которых центральное место принадлежало религиозному вопросу, а точнее — проблеме продолжения действия реституционного эдикта. Цель Фердинанда состояла в том, чтобы вырвать Саксонию из рядов противников, а затем достичь примирения и с другими протестантскими субъектами империи, в том числе и с Бранденбургом, создать единый фронт субъектов империи, изгнать шведов и французов с немецкой земли и восстановить всеобщий мир в империи. Этой общей цели императорский двор и сам Фердинанд, ведя многолетние переговоры с Саксонией, подчинили даже непреложные раньше принципы конфессиональной политики. Для Фердинанда большое значение имели при этом сомнения и аргументы его духовника, который потребовал внесения целого ряда изменений в текст договора. И император действительно вынудил саксонских представителей принять эти изменения. Но и у Фердинанда, и у его советников окончательно возобладала воля к достижению компромисса, и даже отец Ламормэни не мог заставить императора взять назад уступки, сделанные им в вопросах конфессиональном политики. В отличие от ситуации 1629 года, победа при Нердлингене не была использована для попытки провести в жизнь программу-максимум в конфессиональной политике. Опыт событий после 1630 года побудил императора искать компромисса, хотя в этом компромиссе он шел не слишком далеко.