Главным и важнейшим элементом его политики можно считать направление, связанное с империей. В этой части политика Иосифа явно отличалась от имперской политики его предшественника и преемника, поэтому мы здесь, вне всякого сомнения, можем говорить именно о собственной политике императора. То, что он придавал этому направлению большую важность, доказывает его позиция на внутрисемейных переговорах перед отъездом брата Карла в Испанию. В этих переговорах Иосиф настоял на том, чтобы герцогство Милан и маркизат Финале, перешедшие после смерти последнего испанского Габсбурга в статус выморочных имперских ленов, остались в империи. Претендент на испанский престол оказался вынужденным согласиться на это, что и засвидетельствовал своей подписью под тайным договором от 5 сентября 1703 года. Правда, во время войны за Испанское наследство Карлу пришлось заявить официальную претензию на эти земли с тем, чтобы не разочаровать своих сторонников в Испании. Остальные имперские лены в Италии, находившиеся в испанском владении, Карл действительно смог сохранить за собой и своими наследниками.

Эти переговоры завершились 12 сентября 1703 года подписанием Pactum mutuae successions (Договор о взаимном наследовании), который раз и навсегда Должен было урегулировать вопросы наследования в семье Габсбургов. Основной мыслью этого документа было сохранение единства Casa de Austria. По в данном конкретном случае из этого принципиального правила делалось исключение, и Карлу предоставлялась возможность основать собственную, испанскую линию династии. Это решение было вызвано тем, что объединение всех габсбургских владений под единой рукой вызвало бы сопротивление союзников, без дальнейшего участия которых в войне победа была немыслима. В этом случае против Габсбургов объединились бы все европейские державы. Поскольку Леопольд I считал себя законным наследником испанского престола, а его прямым наследником был Иосиф, оба они одновременно торжественно и публично отказались от своих прав на испанский трои в пользу младшего сына Карла. В дальнейшем — и в этом состоит основной смысл Pactum mutuae successions — в отношениях наследования между двумя ветвями династии должно было действовать право первородства: при угасании мужской линии одной из ветвей право преемственности переходило к другой. Если же в обеих ветвях не оказывалось наследников мужского пола, то все владения переходили к старшей дочери последнего мужчины-Габсбурга. Этот семейный договор до 1713 года оставался секретным, а затем он в несколько измененном виде был опубликован под именем Прагматической санкции и стал основным законом династии.

При подписании этих документов Иосиф постарался максимально учесть интересы империи. Также не случайным было его участие в кампаниях имперской армии в 1702–1704 годах. Римский король, будущий император однозначно продемонстрировал этим свое намерение вернуть высокий престиж титулу императора. Став императором, он остался верен этой цели. Естественно, первой его заботой было усиление мощи и повышение престижа собственных территорий, но это было необходимо и для придания большего веса роли императора. Поэтому ни в коем случае нельзя отделять австрийскую великодержавную политику от политики имперской. Безусловно, такие люди, как принц Евгений, Вратислав, Зинцендорф и Штархемберг, мыслили скорее австрийскими, а не имперскими категориями, но и они не могли не понимать значения и важности императорской короны для своего монарха и не упускали из виду то обстоятельство, что положение Австрии как великой державы опирается на тесную связь с империей, а может быть, и стало таковым лишь благодаря этой связи. Немаловажным фактором было даже само протокольное превосходство императора над всеми остальными монархами Европы. Правление Иосифа I является, по-видимому, последней реальной попыткой вдохнуть в империю политическую жизнь в смысле усиления позиций императора — имперская политика Карла VI носила, напротив, существенно более оборонительный характер и была не свободна от капитулянтства. Во времена правления Иосифа это было не так, хотя и с некоторыми оговорками. Ибо как же иначе можно объяснить тот факт, что в период наиболее активной имперской политики Иосифа Зинцендорф добился того, чтобы вся дипломатическая корреспонденция велась через австрийскую придворную канцелярию, за исключением корреспонденции между императором и имперскими князьями, которая осталась в ведении имперской канцелярии. Так был документально закреплен приоритет австрийской политики над имперской, поскольку отныне имперский вице-канцлер становился как бы посторонним лицом и периферийной фигурой — пришельцем, явившимся из империи. Император действительно использовал Шенборна в качестве проводника своей имперской политики, и хотя тот был убежденным сторонником и защитником прерогатив императора, по все же так и не был допущен в узкий круг его доверенных людей.

В своих первых рескриптах, адресованных субъектам империи, Иосиф выражался на давно уже забытом жестком языке, угрожая силой взыскать недоимки по различным статьям и настаивая на правах империи, по таким путем он добился очень немногого. Крупные субъекты империи, суверенитет которых был гарантирован Вестфальским миром, почувствовали в этом угрозу и оказали ожесточенное сопротивление скоропалительным начинаниям Иосифа, которому явно не хватало дыхания для состязания на длинные дистанции. Здесь успехи примерно поровну чередовались с неудачами, и ранняя смерть Иосифа не позволяет дать окончательную оценку его замыслам.

Начало его активной имперской политики отмечено неудачей на северо-западе Германии. Он попытался отменить решение, принятое членами капитула Мюнстерского собора, которые большинством голосов избрали епископом падерборнского архипастыря Франца Антона фон Меттерниха, и протащить на это место кандидатуру своего кузена Карла Иосифа Лотарингского, епископа Оснабрюка. Этим Иосиф I попытался поставить заслон политике Голландии, фаворитом которой был Меттерних. Однако в «Мюнстерском деле» против Иосифа объединились не только имперские протестантские государства, такие, как Пруссия или Ганновер, но и большинство католических церковных князей во главе с архиепископом Майнца, и даже его собственный дядя католический курфюрст Иоганн Вильгельм Пфальцский.

Однако в 1706 году Иосифу удалось добиться вынесения решения об имперской опале курфюрста Макса Эмануэля Баварского и его брата, кельнского епископа и курфюрста Иосифа Клеменса. Здесь его не только поддерживал, но, можно сказать, подталкивал дядюшка из Пфальца, так как при этом он получал обратно Верхний Пфальц, отобранный у него Баварией по Вестфальскому миру. Правда, ему вновь пришлось вернуть эту область по Утрехтскому, Раштаттскому и Баденскому мирным договорам.

В 1708 году, на вершине могущества, императору удалось наконец ввести Ганновер в Совет курфюрстов, на чем настаивал герцог и курфюрст Ганноверский Георг Людвиг. Таким образом состоялось полное признание курфюршества Ганновера, дарованное Вельфам в 1692 году императором Леопольдом I. В обмен на это якобы одолжение Иосиф I получил допуск в Совет курфюрстов для Богемии, то есть для себя самого, поскольку до этого времени богемский король мог пользоваться правом курфюрста только на выборах императора. Историки прошлого склонны были усматривать в этом акте уступку императора курфюрсту Ганноверскому, по на самом деле император в результате его получил младшего партнера на северо-западе Германии — по меньшей мере до 1714 года, когда курфюрст Георг Людвиг взошел на английский королевский трон. Однако уже брату и прямому преемнику Иосифа I Карлу VI довелось убедиться в том, что возвышение Ганновера имело не только светлые стороны для Габсбургов.

В долговременном плане династические интересы и династическое мышление князей, и прежде всего курфюрстов, не могли не вступить в противоречие с намерениями Иосифа I оживить роль и повысить престиж и влияние императора. Теперь «можно было рассчитывать только на мелкие государства и князей церкви, потому что лишь для них законы и интересы империи еще что-то значили» (Ingrao, 98). Но даже эта естественная клиентела императора ухитрилась подставить ножку Иосифу I в его споре с Нердлингенским альянсом приграничных имперских округов. Этот союз возродился в 1701 году под руководством курфюрста Майнцского, и его войска составляли ядро имперской армии. Во время мирных переговоров с Людовиком XIV Иосиф I поддержал требования этого союза о создании имперского кордона против Франции, о возврате Страсбурга и Эльзаса и об усилении Лотарингии путем возврата епископств Меца, Туля и Вердена. Альянс поручил императору представить эти требования на переговорах от имени союза для того, чтобы они не выглядели австрийскими (Aretin, 288). Но в то же время союз вступил в переговоры с Генеральными штатами, что привело в 1710-м и 1711 годах к конфликту между императором и курфюрстом Майнцским. В который уже раз в истории Германии возникло противоречие между императором и империей. Имперский вице-канцлер, считавший, что «император и империя должны составлять неразрывное целое» (Hantsch, 134), не сумел уладить этот конфликт при жизни Иосифа.