Глубже, чем другие реформы Иосифа, на жизнь и сознание населения повлияли те нововведения, которые он провел в области религиозной и церковной политики. Будучи соправителем, он не стремился проявить себя в этой сфере. Единственным исключением стал его спор с матерью по поводу мер, применявшихся, начиная с 1675 года, в Моравии по отношению к тайным протестантам, когда дело дошло даже до угрозы его отречения. В остальном же он всегда поддерживал церковно-политические акции Марии Терезии и ее главного управляющего Кауница, которые те проводили в Ломбардии и других провинциях. Однако в 1781 году Иосиф начал проводить в жизнь куда более радикальные принципы. Собственно говоря, религиозная и церковная политика Иосифа не была ни новой, ни оригинальной, она лишь следовала образцам, воплощенным в государствах просвещенного католицизма в Южной и Центральной Европе, что относится, например, к запрету ордена иезуитов в 1773 году. В ходе этой реформы конфессиональная политика, проводившаяся в ряде периферийных провинций, была распространена на всю территорию монархии. Кроме того, эта политика опиралась на реформаторские течения в самой церкви, к которым склонный к янсенизму император испытывал глубокий интерес. Следует заметить, что искренний католицизм Иосифа никогда и никем не подвергался сомнению, чего нельзя сказать о Каунице. Объединив эти принципы с экономическими и социально-политическими соображениями, а также с соображениями полезности, Иосиф сделал так, что в габсбургской монархии возникла собственная система государственной церкви, которую по праву называли «йозефинизмом». В этой системе четко просматривается почерк императора, но суть ее нельзя свести к одному лишь «раннему йозефинизму». Эти мероприятия оставили глубокий след в сознании людей и принципиально изменили духовный климат в монархии. Они пробудили религиозное сознание населения, поляризовали общественное мнение, разделив его на два лагеря — сторонников и противников церковной политики Иосифа. Эти мероприятия глубоко вторглись в дела церковной собственности и церковных капиталов, в жизнь белого и черного духовенства, в сам католический культ и не в последнюю очередь в народное сознание, на котором все еще лежала печать эпохи барокко с ее контрреформаторской направленностью. 13 октября 1781 года был издан Патент о веротерпимости, гарантировавший трем крупнейшим некатолическим конфессиям — лютеранам, кальвинистам и православным, и только им — ограниченную свободу вероисповедания и гражданское равноправие, по сохранял приоритет католицизма как «доминирующей религии» монархии. Вскоре после этого и в полном логическом соответствии с этим 2 января 1782 года император издал следующий Патент о веротерпимости, в котором гарантировал еврейскому меньшинству в своих землях ограниченную терпимость. Действие этого патента распространялось только на евреев Вены и Нижней Австрии. За ним, «с учетом различий законов провинций», последовали дальнейшие эдикты такого рода, и, несмотря на то, что эдикт носил весьма ограничительный характер и исходил из соображений пользы государства, он задал масштаб и для австрийской монархии, и для империи, где вскоре появилось немало законов об эмансипации евреев, началось «улучшение гражданского статуса евреев» (Ch. W. Dohm). Проведение в жизнь эдиктов о евреях, что в действительности было очень скромной подвижкой на пути к их равноправию, натолкнулось на весьма ожесточенное сопротивление чиновников и феодалов на местах. В то же время августейший автор этих документов сделался объектом порой непомерного прославления, причем не только со стороны тех, кого он облагодетельствовал, свидетельством чему является написанная Клопштоком «Ода императору». Но, пожалуй, намного более тяжелые последствия вызвало вмешательство Иосифа и его советников, в первую очередь надворного советника Хайнке, в дела доминирующей католической церкви, которая в результате реформы приняла формы почти государственной церкви, оставив далеко позади испанский и французский образцы. Распоряжением от 12 января 1782 года были упразднены контемплятивные и нищенствующие монашеские ордена, их имущество конфисковано, владения отчуждены и проданы с торгов. При этом было уничтожено немало культурных ценностей. Из вырученных средств создан генеральный религиозный фонд для финансирования благотворительных мероприятий, выплаты жалования священникам и для расширения и интенсификации заботы о душах верующих. Последняя цель относилась к числу любимых замыслов Иосифа и включала подготовку новых просвещенных и лояльных государству священников, для чего была проведена реформа образования, которое теперь находилось в ведении государственных генеральных семинарий. Император даже изменил ритуал католического богослужения, «упростив» его: раздутые и дорогостоящие паломничества и процессии эпохи барокко были либо отменены, либо сокращены до минимума, радикально сократилось количество церковных праздников, предписана более «гигиеничная» организация похорон, вплоть до того, что вместо гробов были введены мешки (1784 год) — мера, которую не удалось реализовать из-за непреодолимого сопротивления населения. Подобно прусскому королю, Иосиф объявил брак гражданским: договором (1783 год), попытался ограничить юрисдикцию местных и заграничных епископов на территории монархии, основав с разрешения курии два новых епископства в Липце и Санкт Пельтене и приведя границы еиисконств Зальцбурга и Пассау в соответствие с границами монархии. Однако эти меры умножили ряды его внутренних врагов внутри церкви, которые сплотились вокруг примаса Вены кардинала графа Мигацци и примаса Венгрии кардинала Баттяня. К ним присоединились многие видные епископы имперской церкви, которые в принципе не особенно возражали против дистанцирования от римской курии в духе «фебронианизма» и «епископализма», к которому стремились Иосиф и Кауниц, но ни в коем случае не могли примириться с сокращением собственных прав и доходов, тем более что такие действия императора противоречили имперскому праву. Попытка паны Пия VI из семьи Браски лично побудить Габсбурга прекратить или, по меньшей мере, ослабить такую церковную политику, для чего он весной 1782 года совершил пышный визит в Вену, не привела к успеху из-за непримиримых позиций обеих сторон. Между традиционным церковным правом и естественным правом эпохи Просвещения возникло острое противоречие, однако и его святейшеству, и его величеству удалось сохранить лицо, а в 1784 году во время краткого пребывания Иосифа II в Риме между ним и папой был заключен конкордат, урегулировавший церковно-политическую ситуацию в Ломбардии.

«Йозефинизм» как система австрийской государственной церкви тесно переплетался с социальной и образовательной политикой императора, в которой одно из главных мест занимала социальная составляющая, характерная для просвещенного правления. Сюда можно отнести строительство многочисленных больниц, приютов для сирот и воспитательных домов, устроенных на самом современном уровне, создание фонда помощи бедным, расширение и энергичную поддержку системы начального школьного образования, созданной еще при Марии Терезии. В то же время высшему образованию не уделялось особого внимания, университеты были лишены традиционной автономии, и их функция сводилась к подготовке государственных чиновников. Учеба в университетах должна была стать уделом «только избранных талантов», но преподавание должны были осуществлять квалифицированные профессора, «без учета нации и религии» и только на немецком языке. Законы о веротерпимости, по замыслу утилитарно мыслившего императора, призваны были не в последнюю очередь служить развитию экономики и систематическому заселению малолюдных восточных окраин монархии. Экономическая политика Иосифа не была ни исключительно протекционистско-меркантилистской, ни чисто физиократической, ни либеральной, он предпочитал лишенное догматизма сочетание этих элементов. Он избегал прямого вмешательства в экономический процесс, но способствовал развитию отечественной «промышленности», прежде всего в центрах мануфактурного производства — Богемии и Нижней Австрии, финансовыми вложениями, ограничением влияния городских цеховых объединений, либерализацией промыслов и внутренней торговли и созданием единого таможенного пространства для богемских и австрийских земель. При этом он ввел высокие защитные пошлины и пошлины на ввоз предметов роскоши для борьбы с иностранной конкуренцией, что, правда, спровоцировало гигантский рост контрабанды, которую так и не удалось подавить из-за недостаточной защищенности границ. Начало эпохи реформ сопровождалось явным экономическим ростом, который был, однако, недостаточным для полного оздоровления хронически дефицитных государственных финансов и неспособной угнаться за ними налоговой системы. Если полный объем налоговых поступлений в 1775 году составил примерно 45 миллионов гульденов, то в 1784 году он возрос всего лишь до 48 миллионов гульденов. В то же время расходы бюджета за тот же период составили соответственно 46 и 50 миллионов гульденов, причем в эти мирные годы 49,5 % и соответственно 54,2 % этих расходов ушли на содержание армии. Возрастание государственного долга для покрытия этих расходов, затраты на его обслуживание, растущие военные расходы и, наконец, война с Турцией в 1788 году свели на нет все попытки оздоровления финансов. При этом Иосиф, увлеченный физиократическими идеями, объявил аграрную и налоговую реформы краеугольными камнями своей социально-политической программы. В этом он видел главный рычаг коренного структурного изменения монархии за счет привилегий дворянства, которому он давно уже объявил войну. Первым шагом стали введенные еще в позднетерезианскую эпоху законы о защите крестьянства, которые вначале действовали только на юго-востоке империи. В патенте о подданстве от 1 ноября 1781 года их действие было также распространено на богемские провинции. Этот патент отменял «крепостное право», и без того уже ставшее анахронизмом в немецких наследственных владениях, заменяя его «разумным наследственным подданством», что в принципе давало крестьянам личную свободу и право свободного передвижения в определенных пределах. Последующие императорские декреты расширили эти права, распространили их на другие провинции, в том числе в 1785 году и на Венгрию. Иосиф, однако, на этом не остановился и попытался ограничить дисциплинарную власть землевладельцев над их подданными и ввести судебное преследование господского произвола (патент от 1 сентября 1781 года). Он проводил постепенную отмену барщины, что ему полностью удалось в отношении казенных имений, а также городских и церковных местностей в 1781 и 1783 годах (отмена робота). Самой революционной частью финансовых и социальных реформ Иосифа, той частью, на которой он в конце концов и споткнулся, была попытка всеобъемлющего упорядочения земельных владений и налогов, взимаемых с них. Он исходил из физиократической концепции единого и равного для всех землевладений земельного подоходного налога, предполагаемый объем которого должна была определить специальная придворная комиссия по регулированию налогообложения и ее исполнительные органы на местах. Начиная с 1784 года велось составление земельного кадастра с подразделением земель на господские и крестьянские. Затем определялась примерная доходность земель. При этом комиссия стремилась но возможности унифицировать эти показатели, учитывая, естественно, различия между провинциями и местностями. На основании этих изысканий были установлены единые ставки налога: 12,33 % от валового дохода для крестьян и 17,66 % — для землевладельцев. Эту налоговую политику Иосиф хотел закрепить, установив раз и навсегда размер денежной повинности крестьянина по отношению к его господину. Окончательный вариант этого патента о налогах и податях был опубликован лишь в феврале 1789 года. Принятие этого закона носило характер процесса, в него постоянно вносились дополнения и поправки. Закон бил в самое сердце дворянских привилегий, сопротивление этого сословия нарастало, его союзником стала высшая бюрократия, применившая тактику бесконечных проволочек, и это радикальное вторжение в феодальный общественный и экономический порядок так и не получило силы закона при жизни Иосифа. Противники вынудили императора, загнанного в безвыходную ситуацию неблагоприятным течением внутри- и внешнеполитических событий, капитулировать. 28 января 1790 года он признал свое поражение перед венгерскими сословиями — отстоять ему удалось лишь отмену крепостного права. Все прочие реформы в Венгрии были отменены, стоившие стольких сил и средств земельные кадастры почти повсеместно сожжены, корона св. Стефана как символ нации была возвращена в Венгрию.