Один из пунктов, приведенных великим герцогом в качестве аргумента против заключения договора, состоял в необходимости оставления доходов монарха в стране. Он напомнил брату о первом тяжелом конфликте между ними. В 1765 году Иосиф, став единственным наследником императора, использовал свое огромное частное состояние для погашения части процентов но государственным долгам. Для того, чтобы получить всю сумму, он хотел немедленно перевести в Вену два миллиона гульденов, инвестированных в Тоскане. Леопольд попытался урезонить императора, ссылаясь на то, что такая мера приведет к тяжелейшему финансовому кризису. Однако Иосиф не внял аргументам и продолжал наставать на своем требовании, которому Флоренция в конце концов вынуждена была уступить. Этот случай, конечно же, не способствовал улучшению отношений между обоими монархами, хотя Леопольд в письмах к Иосифу не давал воли своим чувствам. Позднее это позволило историкам говорить о «теплых отношениях» между братьями, что, конечно же, было далеко от истины.

Леопольд очень серьезно и добросовестно относился к своим обязанностям правителя. Для того, чтобы полностью завоевать симпатии подданных, он со временем избавился от австрийцев, которых приставили к нему в Вене, тем более что те весьма оперативно информировали мать и брата обо всех его делах, и назначил на их места местных уроженцев. При этом он проявил недюжинный талант в выборе достойных людей. В конце каждого месяца под его председательством проводилось что-то типа заседания совета министров, на котором должны были присутствовать все его сотрудники. Здесь он выслушивал самые разнообразные мнения и поэтому всегда полностью владел информацией. Кроме того, он постоянно приказывал составлять для себя письменные доклады о ходе реформ, их успехах и неудачах, что позволяло оперативно принимать меры в случае последних. Он очень тщательно готовил все указы и постановления, которые вызывали большой интерес за границей, многие из них были переведены на другие языки и послужили основой для соответствующих законов других государств. Леопольд также не гнушался зарубежным опытом. Так, проводя реформу образования, он взял за образец аналогичную реформу, проведенную его матерью. Он планировал провести конституционную реформу, для чего приказал собрать тексты конституций отдельных штатов США, однако довести эту реформу до конца уже не успел.

Реорганизацию своего государства великий герцог проводил с большой тщательностью. Невозможно указать конкретные даты начала отдельных реформ, поскольку многое, причем в весьма широком спектре, проводилось одновременно.

Была введена свобода внешней и внутренней торговли, благодаря чему Тоскана, несмотря на несколько неурожайных лет, больше не испытывала трудностей с продовольствием. Все ввозные, вывозные и транзитные пошлины были унифицированы и сведены к единому сбору. Была построена сеть каналов и дорог, за счет чего резко улучшилось транспортное сообщение, осушение болот позволило ввести в сельскохозяйственный оборот новые земли. Особо остро стояла проблема бедности, которой Леопольд посвятил меморандум под названием «Pensieri sopra il modo di soccorrere i poveri in Firenze e lo Stabilomento di una Casa di Correzione» (Размышления о способах помощи беднякам во Флоренции и учреждении исправительного дома). Леопольд всегда вначале опробовал запланированные мероприятия в каком-либо одном месте и лишь затем начинал распространять их но всей стране. С улучшением положения бедноты тесно было связано улучшение медицинского обслуживания. Здесь на первом месте стояла гигиена — в 1778 году во Флоренции открылась общественная бесплатная баня. Великий герцог занимался улучшением водоснабжения и открывал больницы. Примером для многих стран послужил изданный Леопольдом в 1774 году закон, согласно которому душевнобольные признавались именно больными, а не одержимыми дьяволом.

Великий герцог в душе был пацифистом, и его очень привлекала идея замены регулярной армии гражданской милицией. Он считал, что это и дешевле, и полезнее для экономики страны. В будущем он намеревался сделать Тоскану нейтральной страной и не участвовать в конфликтах между европейскими державами. В 1778 году традиционный нейтралитет Ливорно был распространен на всю территорию великого герцогства («costituzione fondamentale pepetua» — основополагающее и вечное состояние). Леопольд унифицировал и упростил судебную систему, отменил пытки и смертную казнь, покончил с произволом судов. Конечно же, далеко не все проходило гладко, о чем свидетельствовали беспорядки в Прато, после которых вновь была введена смертная казнь.

В своем сочинении «Notes sur l’education» (Заметки об образовании) Леопольд писал о том, как важно пробудить в молодом человеке тягу к знаниям. Для этого открывалось множество начальных народных школ, к школьному делу привлекались просвещенные монастыри: «Я хотел вернуть монастырям их изначальное назначение: распространять в мире религию и добродетель». Леопольд ввел положения, затруднявшие поступление в монастыри новых монахов и монахинь, с тем, чтобы их число не выходило за разумные пределы. В то же время государство проявляло большую терпимость к тем, кто не принадлежал к католическому вероисповеданию, — протестанты и евреи пользовались теми же правами, что и католики, и были допущены ко всем государственным и общественным должностям.

«Прощальным подарком» Леопольда Тоскане стала реформа государственных долгов. Он оставлял процветающее герцогство, чтобы принять управление монархией, находившейся в плачевном состоянии. В австрийских Нидерландах полыхало восстание, Венгрия была на грани восстания, война с Турцией все еще продолжалась, вполне вероятной была новая война с Пруссией. Сословная и церковная оппозиция открыто выражали свое недовольство, Кауниц, которому в то время уже было 79 лет, подготовил проект доклада, который так не попал на глаза Леопольду, где после резкой критики в адрес Иосифа II, писал: «Вашему величеству следует незамедлительно обнародовать принципы справедливой, нерасточительной, умеренной, не вынашивающей опасных замыслов и дружественной… монархии». Однако для нового монарха не менее важной была позиция по отношению к Священной Римской империи и свое положение в ней.

Предстоящие выборы императора многие князья сочли благоприятным моментом для того, чтобы наконец отобрать императорскую корону у Габсбургов, но подходящий контркандидат не находился. Ходили слухи о том, что Леопольд лично не особенно заинтересован в короне, и если в качестве платы за голоса курфюрстов будут предъявлены территориальные претензии, то Австрия отступится, и Карл Теодор Пфальц-Баварский сможет выставить свою кандидатуру. Если верить сообщениям того времени, при выборах императора редко происходила такая, отчаянная борьба, как в 1790 году. Курфюрсты решили окончательно превратить императора в «первого среди равных» (Primus inter pares), Габсбурги должны были отказаться от всех привилегий, а князья — закрепить полноту власти над своими территориями. Однако, когда дошло собственно до голосования, все эти замыслы не состоялись, и в избирательной капитуляции было лишь подтверждено право субъектов империи на участие в обсуждении и принятии решений. У императора также было отнято право свободно распоряжаться деньгами и военной помощью империи.

В течение длительного времени отношение Вены к империи характеризовалось в основном неприязнью ко всему, что шло оттуда. В последние годы царствования Иосифа II концепции имперской политики вовсе не существовало. С приходом к власти Леопольда кое-что изменилось. Он поставил перед собой две цели; сохранение императорской короны за династией Габсбургов и возобновление собственной имперской политики. Прежде всего, в Райхенбахе 27 июля 1790 года был заключен договор между дотоле непримиримыми врагами — Пруссией и Австрией. Кауниц был против, так как считал, что следует «всегда быть готовым отомстить за то зло, которое Пруссия причинила австрийскому государству». Леопольд обязался отказаться от территориальных приобретений после окончания все еще продолжавшейся войны с Турцией. Прусский монарх, со своей стороны, отказался не только от планов увеличения территорий за счет Польши, по и от поддержки всех антигабсбургских движений, прежде всего в Австрийских Нидерландах и в Венгрии. По Систовскому мирному договору 1791 года, все же были предусмотрены локальные корректировки границы между Австрией и Османской империей. Признание Пруссии как второй доминирующей силы привело к полному изменению ситуации в империи. Князь-епископ Вюрцбургский констатировал; «Если Австрия и Пруссия объединились, значит, наступил конец империи». Европейское равновесие, объединение великих держав — понятия, которыми еще мыслил Кауниц, — исчезли. Выросло новое поколение советников. Если, проводя программу реформ в Тоскане, великий герцог мог опереться на таких людей, как Помпео, Нери, Франческо Мария Джанни или Анжело Таванти, то теперь к ним добавились граф Иоганн Филипп Кобенцль, Антон фон Шпильман и Карл Антон фон Мартини.