30 сентября Леопольд был избран императором, а через шесть дней было заключено перемирие с турками, и коронация состоялась 9 октября во Франкфурте уже в состоянии мира. Этим торжествам суждено было стать последним всплеском величия Священной Римской империи. Все надеялись на долгое мирное царствование доброго и мудрого императора, «нового Тита». Через год (б сентября 1791 года) была исполнена опера Моцарта «La clemensa di Tito» («Милосердие Тита»), написанная по заказу богемской аристократии.

В период царствования Иосифа начались восстания в Австрийских Нидерландах, которые явились протестом против религиозной политики императора, административного и судебного уравнивания этой провинции с наследственными владениями и последовавшей отмены Брабантской хартии. В результате были провозглашены «Соединенные Штаты Бельгии». Леопольду удалось восстановить прежнее положение, и в трактате от 10 декабря 1790 года монарх пообещал вернуть те вольности, которые существовали во времена правления его матери.

Он также пошел на уступки венграм, модифицировал некоторые реформы своего брата — например, вновь сделал официальным языком латынь — и 15 ноября 1790 года в Пресбурге был коронован венгерским королем.

Новому самодержцу было ясно, что монархию могут спасти лишь уступки, что процесс избыточной централизации необходимо остановить и обратить вспять, а политическое управление отделить от финансового. Попытки применить тосканский опыт оказались неудачными из-за различий экономического и социального устройства австрийских провинций. Осознав это, Леопольд оставил в силе некоторые реформы Иосифа, например, наиболее важные для крестьянского сословия, а также нововведения в сфере образования, то есть в той области, в которой император лучше всего разбирался. Незначительные коррективы были внесены в церковную политику (отмена генеральных семинарий). Для реализации своих гуманистических воззрений в сфере уголовного права и организации полиции Леопольд в 1791 году поручил Йозефу фон Зонненфельсу разработать новый полицейский устав для Вены. При этом Зонненфельс опирался на тосканский опыт.

Реформы Леопольда способствовали процветанию Тосканы, по те реформы и идеи, которые он проводил, будучи императором, не пережили его, так как его сын и наследник отошел от этого курса. Император уже не смог бы написать документ, подобный своему тосканскому отчету «Governo della Toscana, sotto il regno di Sua Maesta il Re Leopoldo» (Управление Тосканой в царствование Его Величества короля Леопольда).

Будучи «провозвестником принципов конституционного и правового государства, самоуправления и демократии», Леопольд с симпатией, можно сказать, даже с энтузиазмом отнесся к идеям начальной фазы Французской революции. Трезво наблюдая за этими событиями и отдавая себе отчет в возможных опасностях, он рассчитывал на то, что французский король будет действовать разумно и сумеет пойти навстречу пожеланиям народа, хотя и был не очень высокого мнения о политических способностях своего шурина. В отношении Пруссии, морских держав и Турции император проводил политику дипломатических компромиссов. Той же линии он намеревался придерживаться и в отношении Франции, но этого не пожелали понять ни Мария Антуанетта, ни французские эмигранты во главе с графом Артуа. Однако император отверг все попытки сдвинуть себя на позиции абсолютизма и реакции и посчитал невозможным оказание помощи контрреволюции. Государственные интересы и соображения целесообразности возобладали над родственными чувствами и соображениями помощи ближним — так же он поступил по отношению к Иосифу II в последние недели его жизни. Лишь после того, как побег королевской четы в Варенн завершился фиаско (20–21 июня 1791 года), император 6 июля послал ноты идентичного содержания Англии, Испании, России, Пруссии, Неаполю и Сардинии с призывом присоединиться к нему для того, чтобы «восстановить честь и свободу короля и положить конец эксцессам французской революции». Невмешательство большинства адресатов позволило создать лишь «systeme de Pattente et de l’observation» (систему выжидания и наблюдения). После того, как Людовик XVI в сентябре 1791 года признал конституцию, у императора появилась надежда на то, что королевская власть как институт и конституционная монархия спасены и король вместе с умеренными сможет победить радикалов.

В конце августа Леопольд и король Пруссии Фридрих Вильгельм II подписали в Пильнице конвенцию, по которой обязались при поддержке других европейских держав оказать помощь французской королевской династии в случае опасности. С момента избрания императором Леопольд считался официальным защитником от революции, поскольку в его избирательную капитуляцию был внесен пункт, направленный против революционной пропаганды и литературы, и, кроме того, он пообещал субъектам империи оказать помощь в восстановлении прав, нарушенных французским Национальным собранием. Политика, проводившаяся Леопольдом, оставляла рейнских курфюрстов беззащитными против революций, и они начали оказывать поддержку эмигрантам, от которых отвернулся император. На рубеже 1791 —92 годов и Леопольд, и Кауниц были вынуждены пересмотреть свою политику, главной целью которой до сих пор считалась изоляция Франции как доминирующей силы на континенте: Государственное совещание 17 января постановило отойти от системы наблюдения и рассмотреть возможность применения более энергичных мер против Франции. Однако император все еще не был склонен к воинственным действиям, хоть и предостерег парижское Национальное собрание от дальнейших шагов против империи. К уже существовавшим договорам с Пруссией 7 февраля 1792 года добавилось соглашение об оборонительном союзе, в соответствии с которым каждая из сторон обязывалась в случае агрессии выставить 20 тысяч человек. Через 10 дней Леопольд направил Франции ноту, в которой написал, что он склонен к умеренности, ибо исполнен сострадания к несчастьям этой страны. Эта фраза вызвала во Франции бурю возмущения.

«Новый император — по всей видимости, просвещенный, образованный и способный человек», — полагали в 1790 году. Леопольд, которому в то время исполнилось 43 года, находился под влиянием идей Монтескье и физиократов, и на него возлагались очень большие надежды. Едва лишь эти надежды начали осуществляться, как в полдень 1 марта 1792 года император внезапно скончался от «воспаления верхней доли левого легкого с гнойным плевритом». Смерть Леопольда была столь неожиданной, что немедленно поползли слухи о якобинском или масонском заговоре. Протокол вскрытия сухо констатировал: «Acutissimarn inflamationem optimum Monarcham inter pauсos dies e medio sustulisse» (острейшее воспаление в течение немногих дней унесло от нас нашего обожаемого монарха). Вскоре, 15 мая, за ним последовала и императрица. Леопольд был похоронен в Склепе капуцинов. Памятнику, поставленному ему Францем II в Церкви августинцев, гак и суждено было остаться надгробным монументом.

Царствование императора и властителя наследственных земель Габсбургов Леопольда II было слишком коротким и неспокойным для того, чтобы он смог и здесь полностью развернуть свои талант. «Я думаю, что суверен, даже если он стал таковым но праву наследства, является всего лишь делегатом парода, над которым он поставлен, и обязан все свои труды, заботы и бессонные ночи посвятить народу… Я думаю, что исполнительней! власть должна принадлежать суверену, а законодательная — народу и его представителям», — писал он в 1790 году сестре Марии Христине. Так, может быть, и он был революционером на императорском тропе? «Pietate et concordia» (смирение и согласие) и «Opes regum corda subditorum» (делами царей руководит сердце) — эти девизы сопровождали Леопольда в Тоскане и Вене. Он больше всего хотел сохранить мир, но незадолго до смерти написал: «Если французы хотят войны, то они ее получат и увидят, что если нужно, то Леопольд Миролюбивый умеет воевать. И платить за это придется им». Вскоре началась война, которая сопровождала его преемника Франца II на протяжении многих лет его царствования.